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Ecole de santé publique de Nancy Construction dun outil de recueil pour une enquête C LOTILDE LATARCHE Module Santé Publique IFCS.

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1 Ecole de santé publique de Nancy Construction dun outil de recueil pour une enquête C LOTILDE LATARCHE Module Santé Publique IFCS

2 2 Ecole de santé publique de Nancy Plan du cours 1- Protocole 2- Recueil de linformation Objectif = données de qualité 3- Préparation des données Codage, Saisie, Contrôles 4- Analyse statistique 5- Présentation des résultats les étapes dun enquête Les étapes dune enquête

3 Ecole de santé publique de Nancy Recueil de linformation

4 4 Ecole de santé publique de Nancy Le protocole Document écrit qui comporte Description du problème étudié (bibliographie….), le(s) objectif(s) de l étude, le cadre de l étude La population (échantillon) Les moyens disponibles et les délais prévus Les autorisations / informations : patient, médecins,CPP, CNIL Le questionnaire ou bordereau ou CRF

5 5 Ecole de santé publique de Nancy Objectif du recueil de données Qualité des données = qualité des résultats Doit permettre les analyses Obtenir 1 fichier « propre » lisible par le logiciel danalyse Tenir compte des coûts Directs Indirects (temps)

6 6 Ecole de santé publique de Nancy Identification Données de santé = données sensibles Vie privée Confidentialité - Secret professionnel Le patient doit être informé de leur utilisation Protection Questionnaire et fichiers informatiques Anonymisation Accès Durée de conservation

7 7 Ecole de santé publique de Nancy Identification Données directement ou indirectement nominatives : soumis à déclaration CCTIRS + CNIL Pas de données nominatives + données de santé dans le même fichier informatique Nécessité de garder des données nominatives ? (suivi de cohorte) Séparer les données nominatives permettant le suivi / données de santé qui seront analysées Créer un numéro denquête pour faire le lien Liste de correspondance conservée de manière sécurisée Possible : –initiales du nom et du prénom –Date de naissance –mois + année de naissance suffisant le plus souvent –Si besoin de la date complète : le justifier (ex : néonatalogie)

8 8 Ecole de santé publique de Nancy Déclaration CNIL Obligatoire si données nominatives ou indirectement nominatives dans le doute demander un avis Dans le domaine de la santé : CPP ou CCTIRS Prévoir les délais de réponse Site internet (+++) cnil.fr et cctirs.fr

9 9 Ecole de santé publique de Nancy Information / Consentement du patient Dépend du cadre réglementaire de la recherche Information = minimum ! Il existe des dérogations au devoir dinformation Doivent être justifiées Lettre dinformation Intelligible !

10 10 Ecole de santé publique de Nancy Outils pour le recueil de données Questionnaire : papier : fiche de recueil, codage Informatisé Saisie des données : informatique tableur (Excel, …) base de données (4D, Acces,Epi-Data ….) Analyse des données : informatique Logiciel de stat (SAS, Epi-Info…) Présentation des résultats : Excel, Word, PowerPoint

11 11 Ecole de santé publique de Nancy Questionnaire : structure 3 parties Identification du sujet : N° observation, éventuellement n° de centre ou d enquêteur Inclusion : vérification des critères dinclusion et dexclusion du protocole Critères étudiés( cf le protocole) On ne recueille que ce que lon a prévu dexploiter...

12 12 Ecole de santé publique de Nancy Questionnaire : forme (1) Présentation soignée +++ Consignes de recueil, explications si possible sur le questionnaire, claires Guide de remplissage Faire figurer les unités de mesure ex : poids en g ou en kg Partie réservée au codage codage dans un 2 ème temps

13 13 Ecole de santé publique de Nancy Questionnaire : forme (2) Attention à la longueur du questionnaire si entretien ou auto-questionnaire mn Parties logiques repères utiles pour retrouver les variables au moment de l exploitation et simplifier les vérifications Plusieurs pages papier : prévoir le « maintien » du questionnaire, identification des pages

14 14 Ecole de santé publique de Nancy Questionnaire : forme (3) Cases à cocher : disjointes intubation masque spontanée intubation masque spontanée Réponse type oui/non sans ambiguïté nonoui 1) Aimez vous le chocolat ? Codage

15 15 Ecole de santé publique de Nancy Questionnaire : forme (4) En général pas ditem mixte Travail +Maison Maison Travail 1) où fumez vous ? nonouiCodage Maison Travail nonoui Maison Travail

16 16 Ecole de santé publique de Nancy Questionnaire : forme (5) La forme guide la réponse Poids de naissance Age gestationnel Date de naissance g Ou SA + jours

17 17 Ecole de santé publique de Nancy Questionnaire : forme (6) Nombre de réponses possibles classiquement : nombre pair … à discuter ex : êtes vous content de ce cours ? Content Très content Assez content Pas content Mécontent Très content Valeur « refuge »

18 18 Ecole de santé publique de Nancy Les questions Formulation du libellé influence les résultats attention aux termes techniques incompréhensibles…. Fermées items prévus suggestifs mais limitent pb mémorisation exhaustifs : couvrent lensemble des réponses possibles (prévoir une case « autre ») pb interprétation « autre » liste peut être longue

19 19 Ecole de santé publique de Nancy Les questions ouvertes exploitation plus difficile, réductrice, subjective Intérêt économiser le temps dentretien, la longueur du questionnaire, la fatigue du répondeur expliciter des réponses fermées (question complémentaire « pourquoi ? » pour vérifier la qualité de linformation (bonne compréhension du reste du questionnaire ….) information spontanée

20 20 Ecole de santé publique de Nancy Les questions : cas particuliers Redondance : pas toujours inutile ex : tabagisme et grossesse croisement des informations Questions « filtres » vérifier la bonne compréhension du sujet valider l authenticité des autres réponses ex : consommation de produits illicites chez les jeunes « noyer » la question d intérêt entre des questions anodines ex : consommation de tranquilisant au cours de la grossesse

21 21 Ecole de santé publique de Nancy Ordre des questions Dépend du type d enquête Respecter la logique de l enquêteur et de lenquêté si enquête sur dossier médical, les questions doivent suivre la logique du dossier limiter les allers-retours dans le questionnaire (risque de valeurs manquantes, perte de temps) Enquête par interview Au début : questions simples : mise en confiance Au milieu : questions les plus difficiles ou les plus délicates A la fin : l attention diminue, terminer par des questions simples et « positives »

22 22 Ecole de santé publique de Nancy Test du questionnaire OBLIGATOIRE = pré-enquête A prévoir dans le « timing » de l enquête formation des enquêteurs tester sur un échantillon identique à celui de lenquête ET dans les conditions de lenquête compréhension, durée, « impression » des cobayes Vérifier la qualité des réponses Numéroter/dater les versions papiers (+++)

23 23 Ecole de santé publique de Nancy Test du questionnaire (bis) Ce qui est oublié est difficilement rattrapable ensuite Vérifiez que le questionnaire recueille les données nécessaires pour répondre aux objectifs de l enquête Le faire valider par un « expert » du sujet étudié Test

24 24 Ecole de santé publique de Nancy Les variables / Les données Format des variables pour la saisie numérique, caractère, date …. prévu à lavance pour le masque de saisie numérique : précision 1 ou 2 chiffres après la virgule suffisent en général Quantitatives, ordinales, qualitatives particularité : échelle analogique Information ++++

25 Ecole de santé publique de Nancy Préparation de linformation : Codage, saisie, contrôles

26 26 Ecole de santé publique de Nancy Codage Processus de transformation dune information pour la rendre compatible avec un traitement bien défini ne se fait pas au moment du recueil Sauf si recueil informatique, sans texte libre libellé - code : permet vérification Recueil informatisé : saisie du code : faire apparaître libellé outils de codage soit propre à lenquête soit déjà existante

27 27 Ecole de santé publique de Nancy Nomenclatures Nomenclature, thesaurus, classification, catalogue Exemples Classification Internationale des Maladies (CIM10) Classification Communes des Actes médicaux (CCAM) Professions : INSEE Codes communes, canton, département

28 28 Ecole de santé publique de Nancy Codes Code numérique (++) ou caractère économique en temps de saisie et en place « thesaurus » de l enquête Booléen (yes/no) prudence : valeurs manquantes Valeurs manquantes vérification codage spécifique Interprétation des questions ouvertes

29 29 Ecole de santé publique de Nancy Ce qui ne doit pas se faire lors du recueil Transformation de variables regroupement de variables ex : codage pathologie mise en classe Calcul sur les variables durée, âge ex :( date consultation-date naissance)/ Réalisés au moment de l exploitation

30 30 Ecole de santé publique de Nancy Variables particulières (1) Identification clé : jonction de fichier ou multifichier numéro d identification simple ou composé Département N° hôpital N° fiche

31 31 Ecole de santé publique de Nancy Variables particulières (2) format des dates (attention format export / import) jj mm aaaa : précision au jour près jj mm aaaa hh mn : calcul des délais en minute possible le format date permet calcul, extraction du mois, du jour …..

32 32 Ecole de santé publique de Nancy Échelle analogique Recueil réglette : positionnement par le sujet, relevé par l enquêteur par questionnaire Q1 je souffre : Pas du toutCest insupportable

33 33 Ecole de santé publique de Nancy Un exemple de logiciel de saisie : Epi-data

34 34 Ecole de santé publique de Nancy Epidata Gratuit, simple dutilisation téléchargement à partir dInternet, version en français Setup_epidata_fr.exe (1,3 Mo) Setup_epidata_fr.exe Version d'installation d'EpiData 3.1 en français

35 35 Ecole de santé publique de Nancy Fonctions dEpiData Conception du masque de saisie Contrôle à la saisie Saisie Exportation sous différents formats

36 36 Ecole de santé publique de Nancy Conception du masque Ouvrir EpiData 1-questionnaires nouveau fichier.QES Ce fichier correspond au bordereau de recueil Informations à définir Le nom de chaque variable Lintitulé en clair de chaque variable = label Le type de chaque variable

37 37 Ecole de santé publique de Nancy Le fichier.QES Nom de la variable Le plus simple possible Les 8 premiers caractères de la ligne Pas despace, pas daccent Label de la variable À la suite du nom, sur la même ligne Éviter les accents Type de la variable À la suite du label, sur la même ligne Caractère:_ autant que nécessaire Numérique:# autant que nécessaire Date: Aide sur le type de variable: Menu Editer liste de choix

38 38 Ecole de santé publique de Nancy Exemple de fichier.QES

39 39 Ecole de santé publique de Nancy Création du fichier de données, contrôles à la saisie On peut paramétrer le masque à partir du fichier.QES Dans fichier options masque 2-créer fichiers de données Étape quasi instantanée : fichier.QES fichier.REC Fichier.REC = là où seront stockées les données saisies 3-contrôles Création dun fichier.CHK à partir du fichier.REC Range (étendue): valeur min valeur max Legal (valeur autorisée): valeur1 valeur2 Jumps (saut de question): valeur_Q1>nom_Q5 Must enter (saisie obligatoire): Yes/No

40 40 Ecole de santé publique de Nancy Exemple de contrôle

41 41 Ecole de santé publique de Nancy Exemple de masque

42 42 Ecole de santé publique de Nancy Saisir, documenter, exporter 4-saisir des données 5-documenter Descriptif de la structure du fichier.REC NomLibelléTypeTailleContrôles Liste les variables saisies 6-exporter les données EpiData ne permet que la saisie Pour lexploitation statistique Vers différents formats dont SAS

43 43 Ecole de santé publique de Nancy Si vous êtes perdu… Aide introduction à Epidata Document pdf de 5 pages Aide contenu index Pour trouver la syntaxe des différentes commandes

44 44 Ecole de santé publique de Nancy Saisie des données Tableur données peu nombreuses, « simples » relecture et correction faciles pas ou peu de contrôles de saisie Bases de données données nombreuses, multi fichiers contrôles de saisie faciles comparaison de fichiers Qui saisit ?

45 45 Ecole de santé publique de Nancy Masque de saisie Reproduction la plus fidèle possible du questionnaire papier à lécran Définition du format des variables Type de saisie Eventuellement calcul de certaines variables Ordre de saisie Contrôles

46 46 Ecole de santé publique de Nancy Logiciels saisie Base de données relationnelle, contrôles Logiciels « libres » Série EPI INFO Attention à la version 2000, préférer la version 6 EPI DATA : dérivé de Epi Info Même logique et robustesse que la version 6 Plus convivial, fonctionnalité de mise à plat, dexport etc …. Plus complets (payants) Access 4D ….

47 47 Ecole de santé publique de Nancy Cas particulier : tableur Rappel une ligne par sujet une colonne par variable

48 48 Ecole de santé publique de Nancy Tableur : Ceci est inexploitable

49 49 Ecole de santé publique de Nancy Contrôles de saisie Champs obligatoire interdit le passage à la fiche suivante et l enregistrement si non saisi effet pervers : on met nimporte quoi pour avancer Contrôles intra champs valeurs autorisées, minimum-maximum... Contrôles inter champs = cohérence conditionnelle : SI/ ALORS/ SINON OU IF/ THEN/ ELSE Valeur par défaut risque de diminuer l attention

50 50 Ecole de santé publique de Nancy Qualité de la saisie Limiter les erreurs de saisie qualité du questionnaire, du codage, du masque Avantages et inconvénients des contrôles Double saisie saisie des mêmes fiches papiers par deux personnes différentes puis comparaison (automatique) des 2 fichiers obtenus Saisie automatisée : lecture optique ex : certificats de santé

51 51 Ecole de santé publique de Nancy Le formulaire informatique Mode de remplissage « direct » Attention : modalités denvoi Données de santé : envoi sécurisé (messageries sécurisées, webmail sécurisé ….) Pas adapté pour tout …. Principes identiques Contrôles de saisie : +++ Baisse des coûts Vérifications en cas derreur de saisie plus complexes Test et validation du questionnaire : idem

52 52 Ecole de santé publique de Nancy Résultat de la saisie Fichier standard 1sujet (ou unité statistique) = 1 ligne 1 variable = 1 colonne Format déchange : id var2 var3 var4 var5 var6 var variable par colonne 1 sujet par ligne* * pas toujours !

53 53 Ecole de santé publique de Nancy Export des fichiers Export plusieurs possibilités en général attention aux dates, caractères particuliers (ê,ù..) Excel, Epi-Info….

54 54 Ecole de santé publique de Nancy Vérification - début analyse Qualité : exhaustivité – qualité information Analyse univariée de toutes les variables qualitatives : % valeurs manquantes valeurs aberrantes … quantitatives : idem + formes des distributions mises en classes possibles …. Analyse bivariées recherche des erreurs, cas impossibles.. Dénombrement

55 55 Ecole de santé publique de Nancy Structure des fichiers Mono fichier Mère identif. var2 var3….. Enfant 1 identif var2 var3….. Enfant 2 identif var2 var3…… Enfant 3 identif var2 var3…... Multi fichiers Mère CLE. var2 var3….. Enfants CLE identif num enfant var2 var3….. Choix à réfléchir …. Peut être remodifié par la suite

56 56 Ecole de santé publique de Nancy Manipulations de fichiers Base de données ou logiciel exploitation sous fichiers jonction de fichiers : verticale id var2 var3 var id var2 var3 var id var2 var3 var Ajout de sujets

57 57 Ecole de santé publique de Nancy Manipulations de fichiers jonction de fichiers : horizontale id var2 var3 var id var5 var6 var id var2 var3 var4 var5 var6 var Ajout de variables

58 58 Ecole de santé publique de Nancy Analyse statistique

59 Ecole de santé publique de Nancy Principes de bases en Statistiques

60 60 Ecole de santé publique de Nancy I. Echantillon et estimation. Intérêt de léchantillon par rapport à la population cible Choix de léchantillon : représentativité (tirage au sort aléatoire, randomisation, taille) Estimation des paramètres dune population à partir des mesures faites sur léchantillon.

61 61 Ecole de santé publique de Nancy II. Notion de variable Dans une étude statistique, les paramètres mesurés chez les sujets sont appelés : VARIABLES. 2 types de variables : QUALITATIVE (ex : type de pathologie, sexe…) exprime une qualité de l individu et est constituée de différentes modalités (ou classes) exclusives les unes des autres QUANTITATIVE (ex : taille, poids, age…) est une variable qui peut se mesurer.

62 62 Ecole de santé publique de Nancy 1/ Variable qualitative Une variable qualitative sexprime en classes ou en modalités (ex: la variable SEXE a 2 modalités H et F) La répartition de leffectif total dans les classes sexprime en % (fréquences, rapports…, ex : 60% dhommes et 40% de femmes)

63 63 Ecole de santé publique de Nancy 2/ Variable quantitative Appelée aussi variable continue cest une variable qui peut se mesurer et pour laquelle on peut déterminer : Moyenne (μ), médiane Écart-type (σ), étendue (range) « μ » et « σ » sont les paramètres de la variable estimés pour la population à partir du calcul de « m » et « s » réalisé sur léchantillon

64 64 Ecole de santé publique de Nancy Attention! Il est possible de « discrétiser » une variable quantitative exemple : la variable taille recueillie en cm peut être discrétiser en une variable qualitative en 3 classes : 180 cm. MAIS il est toujours souhaitable de recueillir linformation la plus précise et de discrétiser ultérieurement si nécessaire!

65 65 Ecole de santé publique de Nancy IV. Lanalyse statistique (1) Lanalyse descriptive description de léchantillon : pour chacune des variables: nombre de sujets fréquences de chacune des classes pour les variables Qualitatives moyenne et écart-type pour les variables Quantitatives (ou médiane et range)

66 66 Ecole de santé publique de Nancy IV. Lanalyse statistique (2) Exemple : dans un échantillon de 200 patients description :

67 67 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats : Tableaux et graphiques

68 68 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats : tableaux Le tableau de résultat principal doit toujours être mis dans le texte : le tableau nest mis en annexe que sil est simplement descriptif Ne pas faire de tableau (citer les chiffres dans le texte) si vous navez pas beaucoup de chiffres ne doit comporter que des barres horizontales: Le tableau doit pouvoir se lire seul, sans laide du texte être indépendant et doit être appelé dans le texte

69 69 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats : tableaux Variables qualitatives : des fréquences relatives (ou absolues si effectif faible) en pourcentage avec le n total. variables quantitative des moyennes avec écart type,

70 70 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats: Graphiques Rarement dans un rapport écrit :des tableaux dans lécrit et des graphiques pour la présentation orale. Le graphique doit être titré, légendé, numéroté, appelé dans le texte, non redondant et uniforme pour un même travail. Utiliser les mêmes échelles, réalistes et significatives une grande échelle gomme les différences faibles et inversement. Fonctions graphiques d Excel… Le graphique doit être adapté au type de variable.

71 71 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats : Graphiques Variables quantitatives: Courbe de distribution :en abscisse (axe horizontal) la variable à étudier et en ordonnée leffectif. Nuage de points : en croisant deux variables pour visualiser létendue des données. La courbe qui relie les points est informative visuellement. Boite à moustaches: Représenter la médiane, le premier et troisième quartile, le minimum et maximum de la valeur. Représenter la moyenne +/- l écarts type.

72 72 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats : Graphiques

73 73 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats: Graphiques Variables qualitatives: la fréquence Diagramme en barre ou l histogrammes : la longueur est proportionnelle à la fréquence. Camembert : la surface est proportionnelle à la fréquence Sapplique aussi aux quantitatives découpées en classes ce qui correspond à une variable qualitative ordinale.

74 74 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats : Graphiques

75 75 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats: Graphiques

76 76 Ecole de santé publique de Nancy Présentation des résultats: Graphiques

77 77 Ecole de santé publique de Nancy En pratique pour le stage… Construction dun questionnaire Objectif quantitatif Objectif qualitatif (Pourquoi ?, comment?..) Entretien individuel Focus Group Groupe Nominal –Attention, connaissance et expérience des techniques nécessaires Observation


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