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Type de banqueNom de la banqueMéthodes utilisées Banques de données construites Cancer et altérations génétiques Données cytométriques et cancer CGH, FISH,

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1 Type de banqueNom de la banqueMéthodes utilisées Banques de données construites Cancer et altérations génétiques Données cytométriques et cancer CGH, FISH, CGH array Banques de données en ligne The Cancer Genome Anatomy Project Genexplorer Score Santé Méthode SAGE Puces à ADN Epidémiologie Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données

2 Type de banqueNom de la banqueMéthodes utilisées Banques de données construites Cancer et altérations génétiques Données cytométriques et cancer CGH, FISH, CGH array Banques de données en ligne The cancer Genome Anatomy Project Genexplorer Score Santé Méthode SAGE Puces à ADN Epidémiologie Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données

3 Nom de la banqueAdresse du siteMéthode utilisée Cancer et altérations génétiquesCancer et altérations génétiques Mise en ligne à venir sur es/equipes/dyna/trava ux/accueil CGH, FISH, CGH array Données cytométriques et cancerDonnées cytométriques et cancer ftp://ftp.inrp.fr/home/ acces/dynacell/outils/ winmdi/html/cancercyt o.htm cytométrie Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données construites

4 Nom de la banqueAdresse du siteMéthode utilisée Cancer et altérations génétiquesCancer et altérations génétiques Mise en ligne à venir sur es/equipes/dyna/trava ux/accueil CGH, FISH, CGH array Données cytométriques et cancerDonnées cytométriques et cancer ftp://ftp.inrp.fr/home/ acces/dynacell/outils/ winmdi/html/cancercyt o.htm cytométrie Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données construites

5 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Informations sur le phénotype macroscopique du patient Choix du patient Définitions de certains termes

6 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Affichage du caryotype + Éventuellement images - Polyploïdie - Amplification - Translocation

7 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Image CGH + Courbes CGH localisation dune région chromosomique amplifiée ou perdue Rubrique « phénotype chromosomique »

8 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Résultat du CGH array Détermination dun locus amplifié ou perdu Carte génique du chromosome impliqué repérage du locus amplifié ou perdu Hypothèse concernant un gène impliqué Rubrique « génotype »

9 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques Accès à une banque de chromosomes (localisation doncogènes, de gènes suppresseurs de tumeur, dautres gènes) Accès à un lexique (définitions des principaux termes utilisés dans la banque : pathologies, mécanismes… ) Accès à une banque de techniques (permettant lobtention des différentes images présentées : FISH, CGH, CGH array, peinture 24 couleurs) retour

10 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer Un outil… …qui permet dutiliser des données cytométriques… …en affichant un graphique où : - chaque point représente une cellule - sa position dépend de la densité de marqueurs à sa surface

11 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer Des données issues dune série de 36 cas de patients atteints de leucémie ou de lymphome… …utilisables avec le logiciel WinMDI afin de déterminer le niveau dexpression des marqueurs à la surface des cellules sanguines

12 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer La comparaison dune moelle normale et de la moelle dun patient… …permet de déterminer les marqueurs anormalement sous-exprimés ou sur-exprimés et donc de déterminer la nature des cellules ayant proliféré

13 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer AVANTAGES ET INCONVENIENTS Avantages -Des outils dutilisation simple La maîtrise totale de loutil par lenseignant est possible Le travail en autonomie des élèves est envisageable -Des données triées, sélectionnées -Une présentation à finalité pédagogique

14 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer AVANTAGES ET INCONVENIENTS Inconvénients -Champ détude réduit La lourdeur de la construction et de la gestion de telles banques limite leur évolutivité -Enrichissement long -Peu de données disponibles retour

15 Nom de la banqueAdresse du siteMéthode utilisée The cancer Genome Anatomy Projectcancer Genome Anatomy Project SAGE : Serial Analysis of Gene Expression Genexplorer sarcoma/ Puces à ADN Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne Score Santéhttp://www.fnors.org/S core/accueil.htm Epidémiologie

16 Nom de la banqueAdresse du siteMéthode utilisée The cancer Genome Anatomy Projectcancer Genome Anatomy Project SAGE : Serial Analysis of Gene Expression Genexplorer sarcoma/ Puces à ADN Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne Score Santéhttp://www.fnors.org/S core/accueil.htm Epidémiologie

17 Page pour la requête du gène Zone dinscription du gène

18 Résultats de la requête NormalCancer Gradient de couleurs traduisant le niveau dexpression du gène Exemple dorgane pour lequel des données sont disponibles dans le cas normal et en cas de cancer

19 Niveau dexpression du gène Cas des cellules normales Cas des cellules cancéreuses Gène sous expriméGène surexprimé Gène plus fortement exprimé dans ces différents carcinomes Géne faiblement exprimé retour

20 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer Page daccueil du site Accès à la banque et signification du code couleur pour les puces à ADN

21 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer Champ où taper le nom du gène sur lequel porte la requête MENER UNE REQUETE CDK4

22 Liste de différents types de sarcomes Liste des gènes correspondant à la requête Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer Nombre de résultats correspondant à la requête Résultats livrés par les puces à ADN (le code couleur traduit le niveau dexpression du gène) LIRE LES RESULTATS DE LA REQUETE

23 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer Résultats livrés par les puces à ADN Lignées de cellules cancéreuses Gène sur lequel porte la requête Code couleur traduisant la surexpression ou la sous- expression du gène LIRE LES RESULTATS DE LA REQUETE

24 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banques de données en ligne Les avantages et les inconvénients de ces outils - une densité importante dinformations - des informations actualisées et régulièrement enrichies AVANTAGES

25 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banques de données en ligne Les avantages et les inconvénients de ces outils INCONVENIENTS Complexité des informations Multiplicité des liens … Déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques …

26 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation / Banques de données en ligne Les avantages et les inconvénients de ces outils INCONVENIENTS complexité des informations + multiplicité des liens + déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques = des difficultés pour garantir lautonomie des élèves lors de lutilisation d outils comme Genexplorer ou The Cancer Genome Anatomy Project retour

27 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Page daccueil de Score Santé Choix dun grand thème puis dun thème

28 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Choix dun type de cancer Paramétrage de la requête

29 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Choix dun indicateur de santé dans la pathologie retenue Paramétrage de la requête

30 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Choix géographique Paramétrage de la requête

31 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Un exemple de résultat de requête : « cancer de lestomac, nombre de décès chez les hommes dans la tranche dâge ans, dans toutes les régions de France, entre 1995 et 2000 » Le résultat de la requête est un tableau exportable et convertible au format «.xls »

32 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé Il est possible sous Excel de projeter sur une carte géographique ces données statistiques.

33 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé On peut aussi possible projeter sur une même carte des indicateurs différents dans la perspective détablir des corrélations. retour

34 Léducation confrontée aux questions de santé : le Cancer Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer AVANTAGES ET ( INCONVENIENTS) Avantages - Un outil de présentation simple Le travail en autonomie des élèves est envisageable - Des données nombreuses, variées, actualisées - Des transpositions de données chiffrées sous différentes formes graphiques, des corrélations entre différents indicateurs

35 MERCI

36 Les puces à ADN

37 Méthode SAGE : Serial Analysis of Gene Expression

38 Peinture 24 couleurs

39 CGH

40 FISH

41 CGH array


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