Bactériologie des infections respiratoires Emilie MARTIN Assistante Hospitalo-universitaire Laboratoire de Bactériologie CH Lyon Sud FGSM 3, 24 Septembre 2012

Généralités Infections respiratoires très fréquentes – Morbidité importante – Mortalité importante (1 ière cause infectieuse chez pers. âgées) Infections touchant tous les âges et tous les terrains cliniques (immunodépression, intubation-ventilation, dilatation des bronches…) Agents pathogènes variés: virus, bactéries et plus rarement champignons et levures Pathologies spécifiques non traitées ici: tuberculose, coqueluche, grippe, mucoviscidose… 2

Rappels anatomo-cliniques Voies aériennes supérieures (hautes) – Rhinopharynx: siège d’une flore abondante variable selon l’âge et le terrain. – Bactéries commensales (potentiellement pathogènes): strepto , Neisseria spp., Corynebacterium spp., Haemophilus spp., Staphylococcus spp.… parfois Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae Voies aériennes inférieures (basses) – Bronches et alvéoles pulmonaires normalement stériles Défenses mécaniques: toux, cils Défense humorale : IgA, lysozyme Défense cellulaire: macrophages, polynucléaires… 3

Classification Infections des voies aériennes supérieures – Angine – Rhinopharyngite – Otite – Sinusite Infections des voies aériennes inférieures – Bronchite aiguë – Exacerbation aiguë de broncho-pneumopathie chronique obstructive (BPCO) – Pneumonie ou pneumopathie aiguë Non abordées ici 4

Classification Bronchite aiguë – Infection très fréquente (10 millions/an en France) – Le plus souvent virale dans un contexte épidémique – Diagnostic uniquement clinique – Guérison en 10 j – Pas d’antibiotique Exacerbation aiguë de BPCO – Environ 2 millions/an – Diagnostic difficile – Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2 – Infection bactérienne probable si crachats purulents: Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Branhamella catarrhalis et plus rarement Pseudomonas aeruginosa. 5

Classification Pneumonie ou pneumopathie aiguë – Infection du parenchyme pulmonaire – Environ à cas/ an en France – Diagnostic difficile: Arguments cliniques: toux, dyspnée, douleur thoracique, expectorations, fièvre, râles crépitants Arguments radiologiques: image lobaire, inflitrat interstitiel… Arguments microbiologiques 6

Etiologie des pneumopathies Pneumopathies essentiellement virales chez le nourrisson (VRS, rhinovirus, adénovirus, grippe…) et bactériennes dès 3 à 6 ans. Etiologies bactériennes variables: – communautaire/ nosocomiale – Âge et terrain du patient (immunodépression) – Mode de contamination (après bactériémie, par contiguïté, par inhalation…) Pneumopathies communautaires (PAC) – S. pneumoniae, H. influenzae, B. catarrhalis, L. pneumophila, entérobactéries, S. aureus.. – M. pneumoniae, C. pneumoniae (formes atypiques chez enfant et jeune adulte) Pneumopathies nosocomiales (sous ventilation notamment) – S. aureus, P. aeruginosa, entérobactéries, germes anaérobies… 7

Etiologie des pneumopathies 8

Diagnostic bactériologique Diagnostic direct par culture: examen bactériologique des secrétions broncho- pulmonaires (ECBSBP) Diagnostic rapide: – recherche Ag – Biologie moléculaire sur prélèvement Diagnostic indirect: sérologie 9

Diagnostic direct par culture bactérienne Objectif double – Identifier la ou les bactéries en cause parmi la flore – Etudier la sensibilité de la bactérie isolée aux antibiotiques Le prélèvement – Variable selon l’importance clinique, le contexte (ambulatoire, intubation, immunodépression), le résultat attendu (atypiques, pneumocoque…) – Transport rapide au laboratoire (germes fragiles et prolifération des bactéries commensales) 10

Diagnostic direct par culture bactérienne Un examen direct (ED) réalisé sur le prélèvement – Le résultat de l’ED (leucocytes et cellules épithéliales) permet de savoir si le prélèvement est contaminé par de la salive (crachat et aspiration) – Les résultats de l’ED peut également orienter le clinicien. La culture des prélèvements (crachats, AET, LBA…) se fait sur des milieux de cultures riches (ex: gélose au sang) et milieux spécifiques de certaines bactéries (milieux contenant des antibiotiques).  Interprétation/seuil de positivité variable selon le type de prélèvement NB: Demande spécifique pour certains pathogènes : L. pneumophila, M. tuberculosis, Nocardia spp.  utilisation de milieu de culture spécifique ( ou d’autres techniques de diagnostic) 11

Expectorations/crachats Recueil – Le matin, au réveil, à jeun, après rinçage buccodentaire à l’eau distillée stérile ou lors d’un effort de toux Qualité du prélèvement – Plvt contaminé par la flore oropharyngée – Numération leucocytes et cellules épithéliales – Refus des prélèvements trop contaminés  pas de mise en culture Seuil de positivité des cultures – 10 7 UFC/ml Avantages/Inconvénients – Facile, non invasif, réalisé par le patient lui-même – Contamination importante 12

Aspiration endotrachéale (AET) Recueil – Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par sonde d’intubation Qualité du prélèvement – Idem crachats Seuil de positivité des cultures – 10 5 UFC/ml Avantages/inconvénients – Facile, non invasif – Prélèvement réalisé à l’aveugle, contamination probable 13

Lavage broncho-alvéolaire (LBA) Recueil – Injection et ré-aspiration de sérum physiologique (100 à 200 ml) sous fibroscopie Qualité du prélèvement – Tous sont acceptés Seuil de positivité des cultures – 10 4 UFC/ml Avantages/inconvénients – Exploration d’un vaste territoire pulmonaire (bronchioles distales et alvéoles) 14

Mini-LBA Recueil – Injection et ré-aspiration de sérum physiologique en quantité plus faible (20 ml) dans un double cathéter Qualité du prélèvement – Tous sont acceptés Seuil de positivité des cultures – 10 3 UFC/ml Avantages/inconvénients – Prélèvement protégé, pas de fibroscopie, mieux supporté que le LBA – Prélèvement réalisé à l’aveugle 15

Brossage bronchique protégé (BBP) Recueil – Méthode de référence – Brosse de nylon placée à l’intérieur d’un double cathéter (sous fibroscopie) Qualité du prélèvement – Tous sont acceptés Seuil de positivité des cultures – 10 3 UFC/ml Avantages/inconvénients – Prélèvement protégé et précis (fibroscopie) – Prélèvement invasif, faible quantité de secrétions 16

Diagnostic rapide Recherche d’antigènes urinaires – Tests immunochromatographiques – Facile à réaliser et rapide 17

Diagnostic rapide Recherche d’antigènes urinaires – Ag urinaire de Legionella pneumophila Détecte uniquement L. pneumophila sérogroupe 1 Bonne performance du test (spécificité ++) Faire des prélèvements respiratoires en parallèle pour obtenir la souche – Ag urinaire de Pneumocoque Performances du test médiocre Ag +: portage des < 3 ans, BPCO, excrétion prolongée après infection Utilisation uniquement recommandée en réanimation 18

Diagnostic rapide Biologie moléculaire – Recherche directe de l’ADN bactérien sur les prélèvements respiratoires – Bactéries exigeantes et/ou difficiles à mettre en évidence: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycobacterium tuberculosis – Techniques rapides, kits commercialisés, personnel formé à la biologie moléculaire 19

Diagnostic indirect (sérologie) Eventuellement intéressant dans certains cas: – C. pneumoniae, M. pneumoniae, L. pneumophila Délai d’apparition des anticorps: – diagnostic souvent rétrospectif 20

Démarche diagnostique globale Le diagnostic repose d’abord sur la clinique et l’imagerie! Place du diagnostic microbiologique variable: – PAC sans hospitalisation: pas de prélèvement – Pneumonie avec hospitalisation (hors réa): hémocultures + plts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella – Pneumonie avec hospitalisation en réa: hémocultures + plts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella + Ag pneumo 21

Traitement Fonction de la sévérité, du terrain, de la bactérie… Suivi des recommandations: – SPILF 2006 – Mise au point AFSSAPS 2010 Principes de base: – Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement – Réévaluation à 48h – Adaptation de l’antibiothérapie à la bactérie retrouvée et antibiogramme Ex: PAC adulte sain ambulatoire sans signe de gravité  pas d’hospitalisation, pas de prélèvement, tt: amoxicilline Echec à 48h: macrolide ou lévofloxacine ou pristinamycine ou télithromycine, hospitalisation si 2 ième échec 22