La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Réflexion NGS SBR Mai 2012. Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Réflexion NGS SBR Mai 2012. Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local."— Transcription de la présentation:

1 Réflexion NGS SBR Mai 2012

2 Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local

3 PF Genomer depuis 2001 : 2001 : 1 er séquenceur 2004 : 2 nd séquenceur 2009 : 3 ème séquenceur Séquencage et génotypage capillaire Demande déquipement ngs « moyen débit » depuis 3 ans Historique

4 Les acteurs du marché

5

6

7 Roche GS Junior Illumina MiSeq Life ION PGM Les acteurs du marché

8 GS Junior

9 Throughput = 35 million high quality bases per run Average Read Length = 400bp Reads Per Run = 70, ,000 Accuracy = 99% at 400bp Sample Input = gDNA, amplicons, cDNA, & BACs

10 Illumina MiSeq

11

12 Life ION PGM

13

14

15 Mc Gill university : 1800$ + 307$ (rnaseq : 120 millions de reads en pair end) Biogenouest Nantes : env une puce 300Gb sur HiSeq1000 Illumina genome network :4500 EUR / 30x human genome Fasteris : 15 millions de reads SR, 50 ou 100pb : 1150 euros 120 millions de reads PR = 4 echant/chanel), 2x100pb : 9800 euros 180 millions de reads SR = 4 echant/chanel), 1x100pb : 9000 euros MGX Montpellier : Digital Gene Expression (/échantillon) Chip-Seq (/échantillon) Small-RNA (/échantillon) Seq RNA-Seq (/échantillon) ADN Génomique (/échantillon)

16 La suite …

17 Les technologies « SMS » pour « Single Molecule Sequencing » peuvent être regroupées selon trois catégories: -Technologies de séquençage en temps réel impliquant la synthèse du brin dADN complémentaire via une ADN polymérase. -Technologies de séquençage par détection des bases successives dune molécule dADN au travers de nanopores. -Technologies de séquençage basées sur des techniques de microscopie. -PacBio, Helicos … Noblegen, Starlight, Cracker Bio, NABSys, HalcyonPacBio, Helicos … Noblegen, Starlight, Cracker Bio, NABSys, Halcyon

18 Oxford Nanopore Le MinION (dont le prix serait inférieur à 900 $) est un consommable et séquenceur (les deux à la fois) jetable qui devrait permettre de générer 1 Gb de données Le GridION permet quant à lui de générer, par module, plusieurs dizaines de Gb / jour

19 Contexte régional

20 Rennes Beaulieu Rennes Villejean Nantes(Brest) EquipementsGS-FLXMicro-arrays Hi-Seq 1000 Mi-Seq Micro-arrays Hi-Seq 1000 Mi-Seq ION PGM ??? ? Roscoff Equipements3x 3130XL

21

22 Contexte financier Budget de la demande : env (maintenance + env.) Source de financements : - Idealg (Acquis) = env dispo - Demande ANR = Metapico 50000?? - EMBRC : crédits disponibles - Demande BioGenouest : potentiellement dispo 2eme trim. Sinon demande 2013 : Dead line 25 mai - CG29 : Dead line 31 mai

23 Contexte Local


Télécharger ppt "Réflexion NGS SBR Mai 2012. Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local."

Présentations similaires


Annonces Google