Réflexion NGS SBR Mai 2012.

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1 Réflexion NGS SBR Mai 2012

2 Historique Les acteurs du marché Contexte régional Contexte financier Contexte local

3 Historique PF Genomer depuis 2001 :
2001 : 1er séquenceur 2004 : 2nd séquenceur 2009 : 3ème séquenceur Séquencage et génotypage capillaire Demande d’équipement ngs « moyen débit » depuis 3 ans

4 Les acteurs du marché

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7 Les acteurs du marché Roche GS Junior Illumina MiSeq Life ION PGM

8 GS Junior

9 Throughput = 35 million high quality bases per run
Average Read Length = 400bp Reads Per Run = 70, ,000 Accuracy = 99% at 400bp Sample Input = gDNA, amplicons, cDNA, & BACs

10 Illumina MiSeq

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12 Life ION PGM

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15 Mc Gill university : 1800$ + 307$ (rnaseq : 120 millions de reads en pair end)
Biogenouest Nantes : env € une puce 300Gb sur HiSeq1000 Illumina genome network :4500 EUR / 30x human genome Fasteris : 15 millions de reads SR , 50 ou 100pb : 1150 euros 120 millions de reads PR = 4 echant/chanel) , 2x100pb : 9800 euros 180 millions de reads SR = 4 echant/chanel) , 1x100pb : 9000 euros MGX Montpellier : Digital Gene Expression (/échantillon) 754 € 1173 € Chip-Seq (/échantillon) 450 € 721 € Small-RNA (/échantillon) Seq 507 € 778 € RNA-Seq (/échantillon) 404 € 656 € ADN Génomique (/échantillon) 378 € 583 €

16 La suite …

17 Les technologies « SMS » pour « Single Molecule Sequencing » peuvent être regroupées selon trois catégories: Technologies de séquençage en temps réel impliquant la synthèse du brin d’ADN complémentaire via une ADN polymérase. Technologies de séquençage par détection des bases successives d’une molécule d’ADN au travers de nanopores. Technologies de séquençage basées sur des techniques de microscopie. PacBio, Helicos … Noblegen, Starlight, Cracker Bio, NABSys, Halcyon

18 Oxford Nanopore Le MinION (dont le prix serait inférieur à 900 $) est un consommable et séquenceur (les deux à la fois) jetable qui devrait permettre de générer 1 Gb de données Le GridION permet quant à lui de générer, par module,  plusieurs dizaines de Gb / jour

19 Contexte régional

20 ? Rennes Beaulieu Rennes Villejean Nantes (Brest) Equipements GS-FLX
Micro-arrays Hi-Seq 1000 Mi-Seq ION PGM ??? ? Roscoff Equipements 3x 3130XL

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22 Contexte financier Budget de la demande : € env (maintenance + env.) Source de financements : - Idealg (Acquis) = env € dispo - Demande ANR = Metapico €?? - EMBRC : crédits disponibles - Demande BioGenouest : € potentiellement dispo 2eme trim. Sinon demande 2013 : Dead line 25 mai - CG29 : Dead line 31 mai

23 Contexte Local