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Service Commun en Biologie Le SERCOBIO gère actuellement trois services commun : Centre de Microscopie : CMAB (Claude Imbert) SCME (Silvio Gianinazzi)

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1 Service Commun en Biologie Le SERCOBIO gère actuellement trois services commun : Centre de Microscopie : CMAB (Claude Imbert) SCME (Silvio Gianinazzi) Service Commun en Cytométrie de Flux (Anabelle Legrand) Service Commun de Séquençage et de Génotypage (Laurent Philippot) Le SERCOBIO, dirigé par Fabrice Martin-Laurent, lie par une convention l INRA, l Université de Bourgogne, lINSERM, le CNRS et lENSAD. Cette structure gère l investissement déquipements lourds ainsi que leur mise en place et leur fonctionnement dans le cadre de services communs.

2 Service de Séquençage et de Génotypage

3 Le SSG c est quoi? Dernier service commun du SERCOBIO (début de laventure décembre 2000) Le SSG sert à quoi? réalisation de séquences nucléotiques d ADN analyse de fragments d ADN pour le génotypage quantification de gènes (PCR quantitative) utilisation de filtres et puces à ADN (détection/transcription de gènes) développement de techniques nouvelles d études des acides nucléiques participation à l enseignement et à la formation permanente

4 Le SSG c est qui? Intervenants du Campus Universitaire Dijonnais Laboratoire de Malherbologie, INRA Station de Génétique et dAmélioration des Plantes, INRA UMR 692, INRA-UB, Laboratoire Phytopharmacie UMR BBCE-IPM, INRA-UB, UMR CNRS5561, CNRS-UB, Laboratoire dEcologie et dEvolution UMR MGS, Laboratoire de Microbiologie et Géochimie des Sols CESG Intervenants « extérieurs » CHU, Faculté de Médecine, Laboratoire de Génétique moléculaire Promogène (start up hébergée par l Unité INSERM dirigé par Mr Solari) Service de Séquençage et de Génotypage

5 Le SSG c est quoi pour l instant? un séquenceur/génotypeur (Beckman, CEQ2000XL, 2000) deux séquenceurs/génotypeurs de type LICOR (2003, 2004) un lecteur de microarrays Affimetrix (juin 2002) une PCR quantitative ABI7900 Le SSG ce sera quoi à l avenir? 2005 un robot pipeteur 2006 un robot extracteur Service de Séquençage et de Génotypage

6 Les techniques de génotypage T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) Marqueurs micro-satellites (pool-plexage) AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis) A-RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) Marqueur SNP (Single Nucleotide Polymorphism) Tilling Les techniques quantitatives PCR quantitative SYBRGreen et TaqMan Lecture de puces à ADN Service de Séquençage et de Génotypage

7 Comment ça marche ? réservation du séquenceur en ligne via le site web SERCOBIO mise en route, maintenance et gestion des appareils assurés par D BRU (AI MGS), préparation des échantillons, lancement de l analyse, analyse et/ou transfert des données assurés par l utilisateur, Le coût du fonctionnement du séquenceur/génotypeurSSG ? un abonnement de 250 (HT)/an, un coût de 2,30 (HT) par séparation soit 18,40 (HT) pour 8 échantillons, analyse LICOR coût fonction longueur du gel, Service de Séquençage et de Génotypage

8 Quelle perspective pour le SSG ? vers une plateforme RIO: réponse appel offre Localisation dans le bâtiment CMSE


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