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Insérez ici un Titre Insérez ici un sous-titre. Plateforme Biopuces de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Structure de service et de développement INSA.

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1 Insérez ici un Titre Insérez ici un sous-titre

2 Plateforme Biopuces de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Structure de service et de développement INSA - 135, Avenue de Rangueil – Toulouse

3 Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact PLAN

4 Plateforme Biopuces Créée 01/09/99, opérationnelle 2000 Service Expertises et conseils Production Analyses Développement Puces à Protéines et à sucres Biomathématique Chimie de greffage Nanobiotechnologie 2 missionsPLAN En procédure de démarche qualité Iso9001vs2000 (pour accreditation Juillet 2008) Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact

5 Les acteurs du service Dr. Serguei Sokol, IR-INRA; Biostat/Biomath Céline Declercq, IE, CDI SAIC Webmaster, communication, suivi Qualité-traçabilité. Véronique le Berre, CR1-CNRS: responsable technique Lidwine Trouilh, IE, CDI-SAIC, service Biopuces Pr. Jean Marie François, Directeur Delphine Labourdette, I.E.; CDI-SAIC; oligos design,Adm System, Analyse dimages PLAN Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact

6 supports - Agilent 2100 Bioanalyzer pour le Control/Qualité RNA - Nanodrop pour le contrôle des marquages des cDNA ou cRNA Hybridization: Discovery/Ventana, agilent, cassettes Telechem Scanners :Axon GenePix 4000A et 4000B, Innocan 700, Phosphoimager Commercial Software : XDotsReader Cose, GenePix Pro Axon, Mapix, ImageMasterArray Amersham Bioinformatic software : Bioplot in house, Bioclust in house, GeneSpring, SiliconGenetics Quantifier les acides nucléiques Fluoroskan spotters:ChipWriter Pro/Biorad Qarray mini / Genetix Equipements disponibles PLAN Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact

7 Bilan - depuis 2000 PLAN Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact

8 Projets: démarche et suivi des expériences PLAN Demande du client Réponse du client Expertise – Plan expérimental et cahier des charges Fiche Recueil Besoin Client Devis Fiche Projet Facturation Fiche Projet signée avec Laboratoire Public et privé Processus Réalisation selon le cahier des charges Rapport (données dexpression brutes) Contrat laboratoire Privé (Juriste Saic) Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact

9 Spotting Marquage Hybridation Scan Image analysis Contrôle ARN Fournis par le client Etapes réalisées par la plateforme Analyse statistique: logiciel Bioplot – Bioclust ou autre Biologistes Dépôt avec le spotteur Q-array mini/Genetix ou microarrays prêtes pour lutilisation. Bioanalyzer/Agilent (microfluidic Lab-on-a-Chip technologie) 28S/18S ratio >1.7 Les ARN sont reverse transcrits avec le kit pronto/promega direct labelling kit et marqués en cy3 et cy5 ou autre technique appropriée au type de lame. Vérification de lincorporation des dye avec le Nanodrop machine automatique Discovery/Ventana ou four agilent ou encore hybridation manuelle en chambre corning Scan: Scanner Gene Pix 4000A or 4000B – Innoscan 700. Génèrent des fichiers.tif Gene Pix Pro Mapix - Feature extraction InterprétationsBiologiques Procédure expérimentale et contrôle qualité

10 Plateforme Biopuces Genopole Toulouse Midi-pyrénées Genopole Toulouse Midi-pyrénées du Génome à la Fonction Laboratoire d'Analyses et d'Architecture des Sytèmes (LAAS-CNRS) Développement d'un robot spotteur Développement bioinformatique Bioplot, Bioclust, Base de données (LAAS-CNRS) Développement Biosenseurs Support au choix Dendrislide Laboratoire de Chimie de Coordination (LCC-CNRS) Development de la chimie de surface

11 Nouvelles acquisitions PLAN Innoscan mInnoscan m Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Agilent Lame Agilent Chambre dhybridation four Feature extraction Gaskets slide (joints)

12 PLAN Acquisitions Futures Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Combimatrix: Combimatrix: Puces dédiées Synthétiseur Jusquà 50 mers (idéal 35 mers) Formats disponibles: 4x2K (4 arrays, 2240 probes/arrays) 12K 1 array, probes 90K 1 array, probes Chambre dhybridation Lecteur Détection électrochimique Expression Variability Affymetrix DNA RNA 1.28cm Sequence Variability

13 Contact Infos sur le site: Contact: Celine Declercq: insa-toulouse.fr tel PLAN Site web: -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service Léquipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact


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