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Réunion plénière 04/04/2003 p.1 e.dot - Sous-projet 1 Sous-projet 1 Spécification d’un entrepôt de données pour la sécurité alimentaire La sécurité alimentaire.

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1 Réunion plénière 04/04/2003 p.1 e.dot - Sous-projet 1 Sous-projet 1 Spécification d’un entrepôt de données pour la sécurité alimentaire La sécurité alimentaire L’existant Objectifs du sous-projet et réalisations Conclusion

2 Réunion plénière 04/04/2003 p.2 e.dot - Sous-projet 1 L’analyse des risques Création de l’OMC en 1994 Accords de Marrakech –SPS agreement (mesures sanitaires et phytosanitaires) commerce international de la nourriture, protection de la santé des humains analyse des risques L ’analyse des risques nécessite des données de qualité –systèmes efficaces de collecte d’informations (n’existent pas) –données nécessaires : contaminations initiales de matières premières, contaminations de produits finis, informations sur l’effet de facteurs, informations sur l’exposition du consommateur Le but est de pouvoir –réagir rapidement à une crise –prévenir une crise au lieu de simplement réagir

3 Réunion plénière 04/04/2003 p.3 e.dot - Sous-projet 1 Les risques alimentaires Risques physico-chimiques –présence de métaux lourds (ou de dioxyne...) dans les matières premières Risques microbiologiques –présence de bactéries pathogènes (ex. Listeria monocytogenes) dans les matières premières, les usines, le réfrigérateur du consommateur –facteurs qui influencent le comportement des bactéries température, pH, aW (activité de l’eau)

4 Réunion plénière 04/04/2003 p.4 e.dot - Sous-projet 1 Les bases de données existantes En France –bases sur les contaminations chimiques (DGCCRF) et les consommations (INSEE) –bases microbiologiques spécialisées (charcuterie/CTSCCV) privées (viande/Bigard) Dynacard (Danone, integré dans Sym’Previus) Dans le monde –bases européennes sur les contaminations (projets) –bases microbiologiques Grande-Bretagne (Combase) et Etats-Unis (PMP) : données de croissance sur des milieux de culture Nouvelle-Zélande, Australie et Danemark : dédiées à un type de produit (poisson...) ou une bactérie

5 Réunion plénière 04/04/2003 p.5 e.dot - Sous-projet 1 Le projet Sym’Previus Début en novembre 99 / version 1 en 2004 Outil d’aide à l’expertise en hygiène et sécurité alimentaire –pour les industriels de l’agro-alimentaire, les instituts techniques, de recherche et les pouvoirs publics (DGAL) –originalité : résultats sur aliments Objectif : combiner –Base de données expérimentales sur aliment –Logiciel de simulation du développement des micro- organismes

6 Réunion plénière 04/04/2003 p.6 e.dot - Sous-projet 1 Consortium GIS

7 Réunion plénière 04/04/2003 p.7 e.dot - Sous-projet 1 Les objectifs de Sym ’Previus Constituer une base de connaissances qui contient –des données bibliographiques validées et saisies par des experts –des données expérimentales acquises dans le cadre du projet –des données industrielles (contamination initiales…) Créer des requêtes « consolidées », synthèses du comportement d’un micro-organisme Caler les modèles de simulation et confronter les résultats des simulations avec des données expérimentales Quel utilisateur : utilisation sous « contrôle » d’expert

8 Réunion plénière 04/04/2003 p.8 e.dot - Sous-projet 1 Exemple de données de la base Sym’Previus

9 Réunion plénière 04/04/2003 p.9 e.dot - Sous-projet 1 Caractéristiques de la base Sym’Previus 2 types d’information –niveaux de contamination d’aliments par des germes pathogènes –impact de différents facteurs (température, process...) sur le comportement des germes (stabilité, croissance, décroissance) Sources –plus de 550 articles de la bibliographie internationale, sélectionnés par des experts en microbiologie –données industrielles anonymées Structure –schéma relationnel (environ 80 tables) –complexité due à l’hétérogénéité des données sources d ’information variées nombreuses requêtes des membres du groupe de travail qui a validé le schéma

10 Réunion plénière 04/04/2003 p.10 e.dot - Sous-projet 1 Quelques caractéristiques des données 1) Données incomplètes 2) Données imprécises [Zwietering 92] : On products with a low water activity, spore-forming microorganisms can be present (no growth) [Augustin 96] : Decimal reduction time of Listeria monocytogenes in skimmed milk at 63.3°C is between [25.8, 28.2] (in sec) [Rangasamy,1993] : Le niveau de contamination du lait cru par Bacillus cereus est inférieur à 10 CFU/ml 3) De nature très différentes  ne « matchent » pas toujours avec la structure de la BDR

11 Réunion plénière 04/04/2003 p.11 e.dot - Sous-projet 1 Stockage structuré en tables : Base de données relationnelle Stockage faiblement structuré : Graphes conceptuels Information correspondant à la structure de la BD Information en marge de la structure de la BD Système d’interrogation unifiée : MIEL

12 Réunion plénière 04/04/2003 p.12 e.dot - Sous-projet 1 Requête Q = {V, a 1, …, a n,, …, } Réponse A = {, …, } Langage d’interrogation du MIEL

13 Réunion plénière 04/04/2003 p.13 e.dot - Sous-projet 1 Données incomplètes et imprécises  sous-ensembles flous 1) Interrogation élargie par l’utilisateur : représentation de préférences pour les critères de sélection par le moteur d ’interrogation : relation de similarité entre valeurs Res(Whole egg, Egg + salt/sugar) = ) Représentation de données imprécises MIEL Données imprécises Requête floue

14 Réunion plénière 04/04/2003 p.14 e.dot - Sous-projet 1 Exemple de GC de la base

15 Réunion plénière 04/04/2003 p.15 e.dot - Sous-projet 1 Base GC Q = {V, a1, …, an,, …, } Génération de GC requêtes A1 = {w1, …, wn} A2 = {x1, …, xn} A3 = {y1, …, yn} A4 = {z1, …, zn} Projection Interrogation de la base de GC

16 Réunion plénière 04/04/2003 p.16 e.dot - Sous-projet 1 Objectifs du sous-projet 1 Quelques questions auxquelles le sous-projet 1 doit répondre –quels types de données utiles pour l’entrepôt trouve-t-on sur le Web ? –comment faire cohabiter données trouvées sur le Web et données déjà stockées ? –quels traitement veut-on faire sur les données provenant du Web (monitorage) ? Intégration explicite des données aux tables préexistantes ? Interrogation via un schéma global ? –quelles connaissances relatives à la fiabilité des données ?

17 Réunion plénière 04/04/2003 p.17 e.dot - Sous-projet 1 Objectifs du sous-projet 1 Détail des réalisations –analyse des besoins détermination avec experts des manques prioritaires dans la base Sym’Previus analyse du contenu d’autres bases identification des éléments que l’on peut trouver sur le Web –production liste de spécifications listes de mots-clés permettant de guider la recherche sur le Web

18 Réunion plénière 04/04/2003 p.18 e.dot - Sous-projet 1 Réunion du 27 janvier 2003 Présentation de l’existant –BD relationnelle –BK graphes conceptuels Ce que l’on peut trouver sur le Web –présentation de quelques sites intéressants Discussion sur la suite –caractériser les infos intéressantes, caractériser les sites ou pages intéressants, réfléchir à l’extraction des informations intéressantes CR disponible sur le site e.dot

19 Réunion plénière 04/04/2003 p.19 e.dot - Sous-projet 1 Réunion du 11 février 2003 présence de Benoît Leporq, IR INRA Point sur l’avancement du sous-projet 2 Informations que l’on aimerait ajouter dans l’entrepôt –informations concernant le pH, l’aw et la teneur en acides gras des aliments –informations extraites de sites bibliographiques Critères de choix ou de rejet d’une page –titre de revues, description du protocole expérimental, noms des auteurs, noms des bactéries, mots-clés Critères de validité des infos –réputation de certains sites, présence de références bibliographiques, redondance, confrontation

20 Réunion plénière 04/04/2003 p.20 e.dot - Sous-projet 1 Documents produits Liste d’auteurs (1107 noms) Amaro-Lopez;M. Ammar;M.S. Ammendolia;M.G. Andersen;J.K. Anderson;J.G. Hiérarchie de germes pathogènes (158 germes liens) Lactobacillus>Lactobacillus plantarum Listeria>Listeria innocua Listeria>Listeria monocytogenes Hiérarchie de produits génériques (420 noms + traduction liens) Fromage à pâte molle>Camembert Poisson fumé>Carpe fumée Fruits et légumes frais>Betterave Liste de « synonymes » (604 synonymes) Poulet: blanc et aile;blanc et aile de poulet Fromage frais;Cottage cheese Fromage frais;Mozarella

21 Réunion plénière 04/04/2003 p.21 e.dot - Sous-projet 1 Documents produits Liste des produits Liste des auteurs Liste des germes {"pH", "aw", "acide gras", "acides gras", "fatty acid"} {cinétique, croissance, décroissance, survie, kinetic, growth, decrease, survival, inactivation} Combinaisons recherchées

22 Réunion plénière 04/04/2003 p.22 e.dot - Sous-projet 1 Conclusion Des documents permettant le crawling du Web ont été produits L’avis d’un expert français financé par l’INRA a pu être recueilli –afin de déterminer le type d’informations utiles pour l’entrepôt MAIS –la troisième réunion prévue le 2 avril a été annulée (impossibilité de financer le déplacement et les honoraires d’un expert Hollandais) => RETARD


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