Réunion MODULOME 28/05/2008 Christine ROUSSEAU Inventaire des miHsmar1 dans le génome Humain MODULOME.

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1 Réunion MODULOME 28/05/2008 Christine ROUSSEAU Inventaire des miHsmar1 dans le génome Humain MODULOME

2 Réunion MODULOME 28/05/2008 Objectifs Faire un inventaire de miHsmar1 dans le génome humain Cartographier Synténie avec les primates

3 Réunion MODULOME 28/05/2008 Hsmar1 : définition Eléments transposables Transposons de classe 2 (couper/coller ) Taille minimale pour qu'il puisse y avoir transposition > 90Bp

4 Réunion MODULOME 28/05/2008 Hsmar1 : modèle

5 Réunion MODULOME 28/05/2008 miHsmar1 : définition Petits transposons de taille <= 90 Bp Trop petits pour transposer tous seuls Estimation de leur nombre à 15.000 copies entières ou tronquées dans le génome humain.

6 Réunion MODULOME 28/05/2008 miHsmar 1 : modèle TA ITR1 ITR2 = ~ITR1 0 à 30 Bp 28 Bp ITR 1 = TTAGGTT + GGTGCAAAAGTAATTGCGGTT ITR2 = AACCGCAATTACTTTTGCACC + AACCTAA Copie entière

7 Réunion MODULOME 28/05/2008 MiHsmar 1 : modèle TA ITR1 ITR2 Copies tronquées

8 Réunion MODULOME 28/05/2008 Inventaire : méthode utilisée STAN (Suffix-tree analyser) SVG (String Variable Grammar) : palindromes, insertions, délétions, mismatches Alignement Contrôler la pertinence des résultats par rapport au consensus. Cartographie

9 Réunion MODULOME 28/05/2008 recherche des copies complètes Copie complète = TA + ITR1 + x(0,30) + ~ITR1 + TA ITR1 = TTAGGTT + GGTGCAAAAGTAATTGCGGTT ~ITR1 = AACCGCAATTACTTTTGCACC + AACCTAA Recherche avec STAN de : ITR1 : - recherche sans divergence de TATTAGGTT - recherche de pattern X de 20 à 21 lettres ~ITR1 : - recherche sans divergence de AACCTAATA - recherche de ~X avec une divergence jusqu'à 10 lettres avec X

10 Réunion MODULOME 28/05/2008 Inventaire chromosome 17 Complets : 14, Tronqués : 350

11 Réunion MODULOME 28/05/2008 ITR1 et consensus

12 Réunion MODULOME 28/05/2008 Inventaire chromosome 18 Complets : 28, tronqués : 499

13 Réunion MODULOME 28/05/2008 ITR1 et consensus

14 Réunion MODULOME 28/05/2008 recherche des copies tronquées Copie tronquée = TA + ITR1 ou ITR2 + TA ITR1 = TTAGGTT + GGTGCAAAAGTAATTGCGGTT ITR2 = AACCGCAATTACTTTTGCACC + AACCTAA Recherche avec STAN de : ITR1 : - recherche sans divergence de TATTAGGTT - recherche de GGTGCAAAAGTAATTGCGGTT avec divergence jusqu'à 15 (71 %)

15 Réunion MODULOME 28/05/2008 Chr17 : tronqués : identité avec consensus

16 Réunion MODULOME 28/05/2008 Chr17 : % identité > 50% Tronqués = 135

17 Réunion MODULOME 28/05/2008 Chr18 : tronqués : identité avec consensus

18 Réunion MODULOME 28/05/2008 A affiner Copies complètes : rechercher une divergence sur la séquence de 7 bp (256 complets, post-traitement) Copies tronquées : Gérer les insertions / deletions Nombre de mismatch a mieux définir