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Vecteur Site de clonage Taille de linsert IA0AAA KB0AAA/D pNAV (dérivé du pcdna2.1) BstXI3kb IA0AAB KB0AAB pCNS (dérivé du pSU18) BstXI10kb IA0AAC KB0AAC.

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1 Vecteur Site de clonage Taille de linsert IA0AAA KB0AAA/D pNAV (dérivé du pcdna2.1) BstXI3kb IA0AAB KB0AAB pCNS (dérivé du pSU18) BstXI10kb IA0AAC KB0AAC pBBc pBeloBac11 BamH1 HindIII 25kb SEQUENCAGE DES DEUX EXTREMITES DE CHAQUE CLONE TRANSFERT DES DONNEES DANS LE PROJET SEQUENCAGE DES GENOMES DE Cenibacterium arsenoxidans (IA) ET Thiomonas spp. (KB)

2 Comparaison des séquences contre une banque dADN ribosomique (RI>80 & RL>100) Comparaison des séquences contre une banque dIS (RI>80 & RL>100) ASSEMBLAGE SANS CES SEQUENCES Constitution dune banque de séquences répétées de plus de 500pb Comparaison des séquences contre cette banque de répétés (RI>80 & RL>100) RECHERCHE DE SEQUENCES REPETEES PAR NOSFERATU LISTE DE SEQUENCES A ELIMINER DE LASSEMBLAGE TRAITEMENTS DES SEQUENCES LISTES DE SEQUENCES A ELIMINER DE LASSEMBLAGE

3 ASSEMBLAGE SANS LES SEQUENCES RIBO/IS/REPEATS CONSTRUCTION DE LA MOLECULE SANS LES SEQUENCES RIBO/IS/REPEATS RAPATRIEMENT DES SEQUENCES DE MANIERE CIBLEE

4 15324 ASSEMBLAGES INDIVIDUELS DES SEQUENCES RECUPEREES CONCATENATION DES ASSEMBLAGES AB 17 6

5 projetbanquevalides total%tailleutile Cenibacterium arsenoxidans AA ,5965,4761,5 Cenibacterium arsenoxidans AB ,21002,4785,4 Cenibacterium arsenoxidans AC ,3840,2737,5 projetbanquevalides total%tailleutile Thiomonas spp.AA ,8821,8457,9 Thiomonas spp. AB ,61378,6777,4 Thiomonas spp.AC ,51342,7770,1 Thiomonas spp.AD ,01353,0817,7 RESULTATS

6 Templatemean minS.D. minmean maxS.D. maxILIL%TL KB0AAA KB0AAB KB0AAC KB0AAD Templatemean minS.D. miNmean maxS.D. maxILIL%TL IA0AAA IA0AAB IA0AAC Résultats AssemblagesPremier Assemblage (sans Ribo/IS/Repeats) Après récupération des séquences Cenibacterium arsenoxidans6 SC /40 contigs5SC/38 contigs Thiomonas spp.14 SC/234 contigs14 SC/73 contigs

7 Nom projet Nb de seq production Taille estimée (Mb) Date 1er ass Résultats 1er ass Nb Oligos comman des Nb PCRs Nb TN Nb réactions seq finishing Taille réelle (Mb) Couverture Date sortie Cenibacterium arsenoxidans (IA) er avril contigs ,415X 13 dec 04 BILAN DE FIN DE PROJET


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