Génétique et évolution La variabilité interespèces Outils pour la construction “à haut débit“ d’arbres phylogénétiques Réflexion sur les espèces situées.

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1 Génétique et évolution La variabilité interespèces Outils pour la construction “à haut débit“ d’arbres phylogénétiques Réflexion sur les espèces situées à des carrefours évolutifs

2 Tumor necrosis factor family Phylogenetic tree : Orthologs identification Trends in Immunology (July 2003) Atherosclerotic plaque formation ALPS - LPR/GLD Lymphoproliferative syndrome

3 Détermination de la pression de sélection d’un gène Le rapport Ka/Ks –Ka represente les mutations non synonymes (asynonymous) –Ks represente les mutations synonymes –Ce rapport est communément utilisé pour déterminer le pas de temps de la sélection (“pace of protein evolution” ; Li,1997) Ka/Ks>1 positive selection Ka/Ks=1 neutral evolution Ka/Ks<1 purifying selection

4 Indicatif d’une évolution adaptative ? Un rapport Ka/Ks élevé suggère une évolution adaptative MAIS...... Peut aussi résulter d’un relachement des contraintes fonctionnelles

5 Rapport Ka/Ks de différents gènes

6 Rapport Ka/Ks inversement proportionnel au nombre de tissus où le gène s’exprime

7 Evolution de l’interleukin2 chez les ruminants : un rôle particulier dans le système immunitaire ?

8 Evolution de la taille du cerveau

9 Evolution du gène ASPM chez les primates

10 Quels outils pour SIGENAE ? Comment ? Qui ?

11 Génétique et évolution La variabilité interespèces Outils pour la construction “à haut débit“ d’arbres phylogénétiques Réflexion sur les espèces situées à des carrefours évolutifs

12 Lézard : formation de l’épididyme Salamandre : cellules souches Marsupiaux : mise en place de l’empreinte génétique

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14 Comment mener à bien cette réflexion ?