Titre du dossier JOURNÉE IMU MÉTROPOLE ATELIERS ET PROJETS SCIENTIFIQUES 24 octobre 2013 Amphi Lespinasse - INSA de Lyon.

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1 Titre du dossier JOURNÉE IMU MÉTROPOLE ATELIERS ET PROJETS SCIENTIFIQUES 24 octobre 2013 Amphi Lespinasse - INSA de Lyon

2 IMU-MIC : Intelligences des mondes urbains et risques sanitaires : cas des expositions aux agents infectieux véhiculés par l’eau de pluie Coordinateur scientifique : Benoit COURNOYER (LEM) Disciplines : Génie civil, Hydrologie urbaine, Urbanisme et Technique, Informatique, Science de l'Environnement, Ecologie et Microbiologie Laboratoires : LEM / LGCIE / EVS / LEHNA / Partenaires praticiens : Direction de l'eau du Grand Lyon, GRAIE Soutien IMU : 1 thèse Durée du projet : 36 mois http://imu.universite-lyon.fr2

3 Problématique Vers milieu récepteur bassin Réseau de conduites

4 Vers milieu récepteur / réseau à débit limité bassin Problématique Changement de pratiques en matière de gestion des eaux de pluie

5 bassin Problématique Usages / Pratiques de la ville Bassin Risque infectieux lié à ces modes de gestion des EP ?

6 Infiltration bassin Risque infectieux lié à ces modes de gestion des EP ? Problématique USAGES Nouveaux usages des systèmes eux-mêmes

7 Rojo & Martinez, 2010 Bactéries pathogènes opportunistes et environnement Gastro-entérites Aeromonas hydrophila, E. coli 0157:H7 Otites, pneumopathies − P. aeruginosa, B. cepacia − S. aureus − L. pneumophila - Nocardia Infections cutanées Aeromonas sp., etc

8 Objectifs  Etudier l’incidence de ces nouveaux modes de gestion des sur la prévalence d’agents pathogènes : Cas des bassins de rétention/infiltration en milieu urbain (en lien avec les usages / pratiques au sein d’un BV)  Mise en place d’un groupe de travail multidisciplinaire / production d’une synthèse sur la microbiologie urbaine

9 bassin Tâches /Moyens 1.Identification des sources de polluants et pathogènes par le biais d’une étude des usages, comportements et pratiques sur un bassin versant industriel (EVS –LGCIE – LEM – LEHNA – Grand Lyon) 2.Ingénierie des bassins de retenue : sédimentation et rétention – flux d’eau, de sédiments, de polluants, ecotoxicité (LGCIE – LEM – LEHNA – Grand Lyon) 3.Répartition (présence / virulence) des agents pathogènes dans un bassin de retenue et BV industriel (LEM)

10 bassin Tâches /moyens 1.Identification des sources de polluants et pathogènes par le biais d’une étude des usages, comportements et pratiques sur un bassin versant industriel (EVS) 2.Ingénierie des bassins de retenue: sédimentation et rétention – flux d’eau, de sédiment et polluants eco- toxicité (LGCIE – LEM – LEHNA – Grand Lyon) 3.Répartition des agents pathogènes dans le bassin de retenue et BV industriel (LEM) Groupe de travail a été initié 1 er jet de la synthèse présentée : Les microbes dans la ville J. Freney, A. Doléans-Jordheim, S. Frioux, B. Cournoyer (Séminaire du 22 /11/ 2013 – Thème 2) Amorce d’enquête sur les sources en lien avec le projet PRATIC Groupe de travail a été initié 1 er jet de la synthèse présentée : Les microbes dans la ville J. Freney, A. Doléans-Jordheim, S. Frioux, B. Cournoyer (Séminaire du 22 /11/ 2013 – Thème 2) Amorce d’enquête sur les sources en lien avec le projet PRATIC

11 bassin Tâches /moyens 1.Identification des sources de polluants et pathogènes par le biais d’une étude des usages, comportements et pratiques sur un bassin versant industriel (EVS –LGCIE – LEM – LEHNA – Grand Lyon) 2.Ingénierie des bassins de retenue: sédimentation et rétention – flux d’eau, de sédiment et polluants eco-toxicité (LGCIE – LEHNA – Grand Lyon) 3.Répartition des agents pathogènes dans le bassin de retenue et BV industriel (LEM) Thèse Claire Bernardin Hydrologie Urbaine / Microbiologie Thèse Claire Bernardin Hydrologie Urbaine / Microbiologie

12 Ingénierie des bassins de retenue : sédimentation et rétention de polluants chimiques (LGCIE – LEM – LEHNA – Grand Lyon – OTHU) Responsables : Sylvie Barraud, Yves Perrodin Participants : Céline Becouze-Lareure, Carolina Gonzalez-Merchan, Gislain Lipeme-Kouyi Objectifs : Identifier le fonctionnement du bassin de retenue en matière de : -Composition physico-chimique des effluents et des sédiments et ecotoxicité -Processus et localisation des zones d’accumulation des sédiments contaminés -Hydrologie du BV et hydrodynamique du bassin

13 Support de la recherche : Bassin Django Reinhardt (OTHU) 7 12 4 12 Sédimentation après curage Ref

14 Pièges à sédiments (TP)

15 Répartition des agents pathogènes dans le bassin de retenue et BV industriel Responsables : Didier Blaha et Benoit Cournoyer Participants : Claire Bernardin, Sébastien Ribun, Céline Becouze-Lareure, Carolina Gonzalez-Merchan, Laurence Marjolet, Evelyne Borges, Gislain Lipeme-Kouyi Objectifs : 1- Définir les contours du microbiote des bassins de retenue 2- Suivre les espèces bactériennes dominantes et déduire les éléments clés de leur développement par analyse des liens avec les jeux de données de la tâche 2 3- Evaluer la dangerosité d’isolats d’espèces pathogènes de Nocardia sur modèle animal 4- Identifier les sources de contaminants microbiologiques (coll. tâche 1) En lien avec les évènements pluviométriques et le fonctionnement du syst. Et la qualité physico-chimiques des polluants présents Thèse Claire Bernardin Hydrologie Urbaine / Microbiologie

16 1-Définir les premiers contours du microbiote des bassins de retenue (Réalisé) ADN = information génétique (nombreux caractères) Gène cible amplifié (ADNr 16S)  Prélèvements 2010 et 2012 (n=14): Environ 18000 séquences par point Métagénomique

17 – 6 points échantillonnés le 02 octobre : T0 projet IMU-MIC  Etude microbiologique complète en cours, biomasse totale, identification des 5 genres ciblés  Etude chimique en cours également (mesures physiques, C org. et N total, métaux, pesticides, HAP etc..) – Echantillonnage après une pluie  2 Prélèvements à l’entrée du bassin (pluie du 4 et du 5 octobre)  Prélèvement dans le piège du point 2 (eau de surface et sédiment) 2- Suivre les espèces bactériennes dominantes et déduire les éléments clés de leur développement par analyse des liens avec les jeux de données de la tâche 2 (Démarré 10/2013)

18 Résultats préliminaires – Tendance à confirmer :  Présence des genres et espèces recherchées dans les points du bassin  Reste à estimer la concentration en bactéries et à faire le lien avec les mesures chimiques.  Dégager des corrélations entre paramètres physico-chimique / hydrologique du bassin et présence/abondance des bactéries pathogènes étudiées  Indicateurs chimiques de la présence de bactéries potentiellement pathogènes

19 – Travail sur souches de laboratoire  Validation du protocole  Test de souches de références du laboratoire – Travail sur des isolats du bassin  Attente des résultats de la campagne T0 – Valorisation des résultats  Article en cours de rédaction sur la mise au point du modèle infectieux 3 - Evaluer la dangerosité d’isolats d’espèces pathogènes de Nocardia sur modèle animal (Démarré 03/2013)

20 Thèse IMU-MIC en cours depuis mars 2013 Interactions étroites entre les partenaires - enquête, campagnes d’échantillonnage & métrologie Groupe de travail initié Résultats Relation entre gestion des eaux (en lien avec les activités – en cours) et la sécurité sanitaire en milieu urbain : cas des bactéries pathogènes Poursuite de l’aventure avec le projet “PRATIC” (S. VAREILLES) Synthèse – Microbes en Ville Devrait être soumise fin 2013 / Séminaire atelier 2 – 22 novembre 2013 Conclusion & synthèse / action IMUMIC

21 Remerciements  Labex IMU  ANR CABRRES  Région Rhône-Alpes  Grand Lyon / Agence RMC  OTHU / Observatoire de Terrain en Hydrologie Urbaine  Tutelles : INSA, VetAgro Sup, UCBL, CNRS