La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

INTech 2003 Des Protéines aux Gènes … (Première partie) Jérôme GARIN Laboratoire de Chimie des Protéines CEA/INSERM/UJF (Génopole Rhône-Alpes)

Présentations similaires


Présentation au sujet: "INTech 2003 Des Protéines aux Gènes … (Première partie) Jérôme GARIN Laboratoire de Chimie des Protéines CEA/INSERM/UJF (Génopole Rhône-Alpes)"— Transcription de la présentation:

1 INTech 2003 Des Protéines aux Gènes … (Première partie) Jérôme GARIN Laboratoire de Chimie des Protéines CEA/INSERM/UJF (Génopole Rhône-Alpes)

2 INTech 2003 Lavènement de la Post-Génomique GENES Génomique ( gènes) Maturation Maturation Modif. Post-Trad. Modif. Post-Trad. Demi-vie Demi-vie Localisation Localisation Partenaires Partenaires ARNmPROTEINES TranscriptomiqueProtéomique (10 6 formes protéiques ?)

3 INTech 2003 Les outils de la Protéomique

4 INTech 2003 Trypsine Lys Arg Lys Peptides Lys Lys Arg Digestion des protéines par la trypsine Les outils de la protéomique

5 INTech 2003 Cellule de collisionFragmentation Analyseur ToF Détecteur Source nano-electrospray Quadrupole Sélection des ions Spectrométrie de masse en mode tandem : sélection et fragmentation des peptides Les outils de la protéomique NanoESI-MS/MS

6 INTech 2003 R P Q G P M W E Banques Protéiques ou Génomiques BLASTP tBLASTN tBLASTN EWMPGQPR....VGRRHGSRVSKSAEWMPGQPRPPHLDGSAPGD.... Séquençage des peptides par nanoESI-MS/MS Les outils de la protéomique

7 INTech 2003 Analyses nanoLC-nanoESI-MS/MS (« Shot gun Proteomics ») Les outils de la protéomique Spectres MS/MS Séparation Peptides + concentration (profil UV) nanoLC Colonne capillaire RP (75 µm x 15 cm) MS/MS

8 INTech 2003 Données expérimentales Masse du peptide trypsique (m) Spectre MS/MS + n spectres MS/MS théoriques MASCOT Interprétation des données (haut débit) Les outils de la protéomique Données théoriques Digestion trypsique in silico des banques protéiques Sélection des n protéines pour lesquelles on attend un peptide trypsique de masse m

9 INTech 2003 Protéome (spectres MS/MS) Banques de données protéiques Interprétation des données (haut débit) Les outils de la protéomique

10 INTech : Séquençage dEdman « Haut débit » : 1 protéine/jour … « Haute sensibilité » : 20 picomoles/protéine 2003 : nanoLC-MS/MS « Haut débit » : protéines/jour « Haute sensibilité » : 20 femtomoles/protéine Quelques chiffres …

11 INTech 2003 La Protéomique : un outil dannotation fonctionnelle des Génomes

12 INTech 2003 Pi/TrioseP Ca 2+ ADP ATP Porin ATP/ADP PEP/Pi 2-OG/Malate Proteins Amino acids Characterized activity (known sequence) Cl - /NO - 2 HCO 3 - PorinPorine K + /Na + Ca 2+ ATP ADP H+H+H+H+ SO 4 2- HPO 4 2+ Glycerate/Glycolate Glu/Gln OAA/Mal Mal/Glu Pyrophosphate Glucose CO 2 NO 2 - Characterized activity (unknown sequence) Metals Vitamins Amino acids Fatty acids H2OH2OH2OH2O Predicted activity (unknown sequence) Identification de nouveaux transporteurs chloroplastiques Protéomique et annotation fonctionnelle des génomes

13 INTech 2003 Envelope chloroplaste Peptides trypsiques Trypsine NanoLC-MS/MS Protéines très hydrophobes (solubles en chloroforme/méthanol) SDS-PAGE Identification de nouveaux transporteurs chloroplastiques Protéomique et annotation fonctionnelle des génomes 3 Transporteurs déjà connus 22 Transporteurs hypothétiques Nombreux spectres MS/MS non attribués MASCOT

14 INTech 2003 Protéome (spectres MS/MS) Banques de données protéiques Génome Protéines hypothétiques Gènes hypothétiques Exons hypothétiques Génome Protéome (spectres MS/MS) Identification de nouveaux transporteurs chloroplastiques Protéomique et annotation fonctionnelle des génomes

15 INTech 2003 Yves VANDENBROUCK Myriam FERRO Romain CAHUZAC Gilles ANDRE Jérôme GARIN Jacques JOYARD Norbert ROLLAND Erwan RÉGUER Estelle NUGUES Alain VIARI


Télécharger ppt "INTech 2003 Des Protéines aux Gènes … (Première partie) Jérôme GARIN Laboratoire de Chimie des Protéines CEA/INSERM/UJF (Génopole Rhône-Alpes)"

Présentations similaires


Annonces Google