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BCM311 - TP de biochimie II Automne 2014. Évolution des TPs - vers autonomie  BCM111 - TP conventionnel – projet décrit, méthodes données, matériel préparé.

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1 BCM311 - TP de biochimie II Automne 2014

2 Évolution des TPs - vers autonomie  BCM111 - TP conventionnel – projet décrit, méthodes données, matériel préparé  BCM311 - TP semi autonome – projet décrit, méthodes données

3 Pourquoi des T.P. semi-autonomes  Rendre autonome  Apprendre à planifier  Apprendre à évaluer des résultats  Apprendre de ses erreurs  Comprendre ce que vous faites Mime la vraie vie

4 T.P. semi-autonome - fonctionnement  préparation des solutions  par équipe  par table  par groupe  entretien des appareils  dîner  labo partagé avec d'autres cours  continu des tiroirs  étiquetage des échantillons entreposés préparation et distribution

5 Plan de la présentation  équipe de support  Plan de cours - dans mes mots  BCM311 - les séances  fonctionnement et ressources  formation des équipes  pause café  sécurité - vidéo

6 Équipe de support  Professeur: Daniel Lafontaine (D8-3064)  Coordonnateur: Will Home (D8-2059)  Auxiliaires d'enseignement: Jade Degrandmaison (ATCase) Alexandre Paradis (biomol) Marie-Ève Pépin (LDH)  Techniciennes: Guylaine Nolet (ATCase+LDH) Chantal Masse (biomol)

7 Plan de cours - objectif général  faciliter l’acquisition des connaissances sur le métabolisme et les macromolécules biologiques LDH LDH foie muscle sang cycle de Cori

8 Objectifs spécifiques  mieux connaître les grandes voies métaboliques  établir les relations qui existent entre ces voies métaboliques  connaître et appliquer les techniques modernes de la biochimie

9 Objectifs spécifiques  développer l'esprit d'analyse et de synthèse  porter un jugement sur les résultats de ses expériences  apprendre à communiquer des informations scientifiques

10 Les laboratoires  journées complètes en laboratoire  3 gros laboratoires de 2-3 jours chacun  sujets différents  laïus (D4-2019)  préparation des solutions  manipulations (+analyses)  ménage + vérification du cahier  dîner

11 ATCase  2 journées (11 et 18 septembre)  préparation de l'enzyme  cinétique allostérique

12 ATCase - contrôle d'activité

13 ATCase - cinétique V max /2 +ATP native +CTP

14 Biologie moléculaire  3 journées (25 septembre, octobre)  préparation d'ADN plasmidique  enzymes de restriction (carte de restriction)  PCR  gel d'agarose  extraction et analyse d’ARN de foie de lapin

15 Biologie moléculaire - REN et cartes

16 Biologie moléculaire - PCR

17 Biologie moléculaire - extraction d'ARNt foie de lapin

18 Purification de protéines  3 journées ( octobre, 6 novembre)  extraction et purification de la LDH de lapin  homogénéisation  précipitation au (NH 4 ) 2 SO 4  colonne d'affinité bleu sepharose  comparaison des niveaux dans les tissus  "Western blot" (gel SDS-PAGE)  gel natif (gel d'activité, isoenzymes)

19 Purification de protéines - gel SDS-PAGE LDH purifiée

20 Purification de protéines - gel SDS-PAGE Gel Blot LDH

21 Purification de protéines - gel natif

22 Examens  deux journées (13 et 20 novembre)  examen pratique  examen écrit

23 Pondération En équipe 15%rapport ATCase 15%rapport et comptes rendus LDH 10%comptes rendus biologie moléculaire 5%cahier de laboratoire Individuel 10%travail de session 10%examen pratique 35%examen écrit À noter: heure de remise est TOUJOURS 8H30 à l'exception des comptes rendus de biologie moléculaire modification de la note: limite d'une semaine après la remise

24 Pondération - plagiat  mentionnez vos sources  déclaration d'intégrité

25 Travail de session  protocole pour la purification d’une enzyme Objectifs:  travailler individuellement  utiliser la littérature scientifique  analyser un article scientifique  voir autres techniques de purification

26 Travail de session - l'hypothèse  votre patron pense faire des études sur l'enzyme assignée  vous demande de faire les recherches préliminaires sur les méthodes de purification et de dosage

27 Travail de session  trouvez un article récent (après 1991) sur comment purifier une enzyme assignée  faut être de la source originale (c.-à-d. pas de clonage/expression)  résumer la méthode de purification  résumer la technique pour la doser  liste du matériel requis (i.e. non-commun)  vérifiez si la protéine a déjà été clonée

28 Travail de session - organisation 6 sections 1. Introduction 2. Purification (organigramme) 3. Quantification (dosage) 4. Matériel 5. Discussion 6. Documentation

29 Travail de session - détails Dates  attribution11 septembre  approbation de l’article 9 octobre  remise13 novembre

30 Cahier de laboratoire  5% de la note finale  lien direct avec la qualité des rapports  organisé + clair  rédigé au laboratoire (i.e. protocole + résultats – utilisez des tableaux)  faire vérifié + signé avant que vous quittiez  voir détails dans les notes de cours

31 Cahier de laboratoire  utilisez des tableaux De quoi ??

32 Cahier de laboratoire - tableaux C'est quoi ??

33 Cahier de laboratoire  exemples de calculs  présence des unités à toutes les étapes  réponse claire avec les unités

34 Cahier de laboratoire  si vous faites une erreur...

35 Fonctionnement et ressources  site internet

36 Fonctionnement - comportement  appareils en commun  banc  paillasse (faire approuver avant de quitter)  laїus  verrerie

37 Verrerie  verrerie sale  pipettes sales

38 Verrerie  enlever les bouchons des bouteilles  enlever les pieds des cylindres gradués  enlever toutes les étiquettes  immédiatement rincer toute trace d’agarose  récupération

39 Verrerie  enlever les bouchons des bouteilles  enlever les pieds des cylindres gradués  enlever toutes les étiquettes  immédiatement rincer toute trace d’agarose  récupération

40 Verrerie  récupération  verre brisée  éprouvettes jetables

41 Fonctionnement - ménage quotidien  labo partagé avec d'autres cours  liste dans votre tiroir  avant de partir  sera vérifié  embouts ne pas mettre dans le tiroir boîte moitié vide - retournez au buffet boîte vide - remplissez (gants) et envoyer à stériliser

42 Ménage quotidien 1.Vos solutions sont étiquetées (cours, date, contenu, No d'équipe, initiales) et à 4 o C (places désignées par cours et tables). Manque d’échantillon = perte de points. 2.La verrerie utilisée est rincée et déposée dans les bacs de verrerie sale. 3.Les boîtes d'embouts sont remplies (portez des gants, envoyé à l'autoclave au besoin). 4.Les bacs de glace sont vidés.

43 Ménage quotidien 5.Les poubelles de table sont vidées (remplacer le sac seulement si sale). 6.Tout matériel se retrouve dans les tiroirs dans les quantités indiquées. 7.Les instruments sont fermés, propres et rangés. 8.Remplir les flacons laveurs. 9.Les paillasses sont propres - désinfectant.

44 Ménage quotidien 10.Les bancs sont replacés sous les tables. 11.Vos effets personnels partent avec vous. 12.Vos mains sont propres.

45 Fonctionnement - retards  pas tolérés  laïus commence à 8h30 (porte sera fermée)  remise des travaux - 8h30 (sauf biomol)  note = 0 si en retard

46 Fonctionnement - préparation  longues journées  arriver préparé: lecture -notes de cours -site web (changements, consignes) -calculs (au besoin)  écouter pendant le laїus

47 Jour 1 - ATCase I lecture préparatif  section d’Introduction générale  théorie du laboratoire ATCase  révision de cinétique (Annexe I, site web)  protocoles pertinents (I-III, p )  télécharger le logiciel GraphPad  toujours apporter vos portables  solutions à préparer  calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

48 GraphPad  logiciel pour faire les graphiques  il faut le télécharger sur votre portable  ID/10982/subscription/LGQXKGLA

49 GraphPad Remplir les champs

50 Jour 1 - ATCase I lecture préparatif  section d’Introduction générale  théorie du laboratoire ATCase  révision de cinétique (Annexe I, site web)  protocoles pertinents (I-III, p )  télécharger le logiciel GraphPad  toujours apporter vos portables  solutions à préparer  calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

51 Jour 1 - ATCase I lecture préparatif  section d’Introduction générale  théorie du laboratoire ATCase  révision de cinétique (Annexe I, site web)  protocoles pertinents (I-III, p )  télécharger le logiciel GraphPad  toujours apporter vos portables  solutions à préparer  calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe standard et [aspartate] pour les dosages

52 Jour 1 - préparation du cahier  achat  noms, # équipe, # des pages, table de matières  titre  date  objectif  référence  protocole écrit AU LABORATOIRE

53 Fonctionnement - sécurité acides-bases entreposage de concentrés produits chimiques centrifuges et rotors

54  sarrau et lunettes obligatoire en tout temps  gants (plus fourni par le département)  1 minuteur/étudiant (cellulaire) Fonctionnement - sécurité

55  aujourd'hui à 11h30  D Fonctionnement - sécurité vente 5 ou 8 $ 14$ 22$ (nitrile, bte de 250)(régulières; par-dessus)

56  règlements (p. Introduction-10)  BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire  Internet:  Installations  évacuation Fonctionnement - sécurité 811

57  règlements (p. Introduction-10)  BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire  Internet:  Installations  évacuation  Vidéo: « Sécurité en laboratoire » (30 min) Fonctionnement - sécurité 811

58  1 par équipe (p.LDH-67)  remettre la semaine prochaine (8h30) Compte rendu LDH I - solutions

59  1 par équipe (p.LDH-67)  remettre la semaine prochaine (8h30) Attention  quantités (faut que ça soit réalisable, au besoin utiliser des solutions mères, etc.).  détails de la préparation  précautions à prendre Compte rendu LDH I - solutions

60  plusieurs solutions sont dans du Tris-Cl 50mM pH7,4 (et seulement 10 ml est demandé)  simplement dissoudre le peu de grammes du produit requis dans ce tampon  ne pas peser le Tris de nouveau à chaque reprise  respecter le volume demandé Compte rendu LDH I - solutions

61 Ex.: 10 ml de Tris-Cl 50 mM pH 7,4 / NADH 1mM  10 ml Tris-Cl 50 mM pH 7,4  7,1 mg NADH et non  60,6 mg Tris  7,1 mg NADH  Dissoudre dans <10 ml, ajuster pH à 7,4, compléter le volume à 10 ml avec de l'eau. Solutions dans TRIS-Cl 50 mM pH 7,4 Pas évident avec 10 ml !

62  même chose = 1 volume + 4 volumes solvant, car on voit le mot dilution Dilutions 1/5 et 1:5 Solutions 1:5  si on voit le mot solution (e.g. pour CCM)  1:5 = 1 part + 5 parts des 2 composées (c.-à-d. un rapport des volumes) Ex. solvant pour CCM des lipides en BCM : 34 : 8 : 35 CHCl 3 Et 2 O H 2 0 triéthylamine

63  remettre compte rendu LDH#1 (1/équipe)  apporter vos portables  télécharger GraphPad sur vos portable (instructions dans les notes de cours)  calculs de [carbamyl asparte] et [aspartate]  lunettes de sécurité, gants et minuteurs (aujourd'ui au D à 11h30, chèque payable à l’Université de Sherbrooke)  cahier Rappels - semaine prochaine

64 BCM311 - Questions ? Automne 2013

65 Formation des équipes  formations des équipes  pause de 15 min  vidéo sur sécurité en laboratoire


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