Localisation fine de QTL par déséquilibre de liaison Simon BOITARD Durée : octobre 2003-septembre 2006 Laboratoire : BIA (biométrie et intelligence artificielle)

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1 Localisation fine de QTL par déséquilibre de liaison Simon BOITARD Durée : octobre 2003-septembre 2006 Laboratoire : BIA (biométrie et intelligence artificielle) Toulouse Financement : MIA (Mathématiques et informatique appliquées) et Génétique animale. Domaine : Probabilités et statistiques appliquées

2 Localisation fine de QTL par déséquilibre de liaison Encadrement : Brigitte MANGIN (BIA) et Jean-Marc AZAIS (Université Paul Sabatier de Toulouse) Objectifs : Trouver des méthodes statistiques permettant de localiser des QTL et utilisant le LD. Tenir compte des spécificités des populations animales.

3 Définitions et idées clés Localiser un gène = estimer la distance génétique, cad le taux de recombinaison r entre un gène de position inconnue et un ou plusieurs marqueurs. Localisation fine : intervalles de confiance de 5cM a 0.01cM Déséquilibre de liaison : association entre deux allèles situés sur deux gènes distincts.

4 Définitions et idées clés Ex : gène 1 (A ou a), gène 2 (B ou b). On a P(AB) P(A)P(B) dans la population. Intérêt du DL pour la localisation : Il existe une relation entre le DL entre deux gènes et la distance les séparant (r). Avantage du DL : méthodes adaptées à des populations très larges dindividus non reliés entre eux plus de recombinaisons, plus de précision

5 Principe de la localisation par DL Observation dun échantillon de N individus (phénotypes + génotypes aux marqueurs) ; calcul dune vraisemblance fréquence de lhaplotype dans la population considérée. Cest un processus stochastique.

6 Principe de la localisation par DL Estimer r = prendre le max de L(r). savoir calculer L(r), et pour cela connaître la loi de pour tout h. Moyens : o Utilisation du modèle de Wright-Fisher o approximations o imporatnce des paramètres génétiques de la population : sélection, migrations …