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V. Lalande Service de Bactériologie-Virologie Hôpital Saint-Antoine.

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1 V. Lalande Service de Bactériologie-Virologie Hôpital Saint-Antoine

2 Bacille de Koch 1882 Bacille acido-alcoolo-résistant Croissance lente Diagnostic bactériologique: 70% des tuberculoses

3 Auramine O Ziehl-Neelsen X 1000 X400 Sensibilité (2 min) Temps de lecture (2 min) artefact Microscope Fluorescence ou LED

4 Tuberculoses pulmonaires (M+) Tuberculoses pulmonaires (M+) Adulte % Enfant < 20% HIV % Tuberculoses extra-pulmonaires Tuberculoses extra-pulmonaires M % Non spécifique: BAAR Peu sensible : à 10 4 BAAR/ml

5 Milieu solide 3 à 6 sem. Identification biochimique 3 sem. Antibiogramme 3 à 4 sem. Prélèvement Fluidification - Décontamination Culot de centrifugation Délai de 4 à 12 semaines

6 Milieu solide 3 à 6 sem. Identification biochimique 3 sem. Antibiogramme 3 à 4 sem. Prélèvement Fluidification - Décontamination Culot de centrifugation Amplification génique

7 Réponse rapide Réponse rapide (24h) Bonne spécificité (95 – 100%) Manque de sensibilité Manque de sensibilité (M-) faible volume déchantillon Faux négatif (inhibiteur, faible volume déchantillon) Faux positif Faux positif Contamination croisée

8 Nbre détudes incluses Type de tuberculose Sensibilité(%)Spécificité(%) Sarmiento et al Pulmonaires (M-) Piersimoni and Scarparo, 2003 >50Pulmonaires et extraPulm Pai, Méningite0-100 Pai, Pleurésie Amplicor Amplicor Cobas Roche (PCR) AMTDT AMTDT Gen-Probe Amplification-transcript° (TMA) LCx -MTB Abbott Amplification-ligation (LCR)

9 Recommandationsactuelles Recommandations actuelles Ne remplace pas le diagnostic traditionnel Ne remplace pas le diagnostic traditionnel Toujours associée à la culture Toujours associée à la culture Analyse critique Analyse critique Un résultat négatif nexclut pas le diagnostic de tuberculose Un résultat négatif nexclut pas le diagnostic de tuberculose Un résultat positif doit être confronté à la clinique Un résultat positif doit être confronté à la clinique Utilisation préférentielle sur les prélèvements M+ Utilisation préférentielle sur les prélèvements M+ traitement orienté et levée disolement traitement orienté et levée disolement Ne pas utiliser pour le suivi du traitement Ne pas utiliser pour le suivi du traitement ATS, recommandations 1997

10 Quantitative nested RT, Applied Biosytems Quantitative nested RT, Applied Biosytems Takahashi et al JCM, 2008 Xpert MTB, Cepheid Xpert MTB, Cepheid PCR Multiplex (MTB et rpoB S et mutants) M+ (Se : 100%) M-C+ (Se :70%) Spe 96% Inactivation /cartouche unitaire (90 min) ECCMID 2008, Jones et al

11 Milieu solide 3 à 6 sem. Identification biochimique 3 sem. Antibiogramme 3 à 4 sem. Prélèvement Fluidification - Décontamination Culot de centrifugation Milieux liquides Respirométrie 1 à 4 sem.

12 Visualisation des colonies Bact/Alert pHMGIT960 O2 fluo O2 fluo Respirométrie non radiométrique Milieux liquides Lecture hebdomadaire Lecture index de croissance

13 METHODESM+ (Jour)M- (Jour)M+ et M- (J) Bactec MGIT L.Jensen Coletsos Middelb. 7H L.J+Colet+7H

14 L.J 4 tubes = 2,6 = 2,6 30j 20j ID+ ATB 20j 10j ID + ATB 50j60j 24j 15j Liquide +Automate Microscopie + Microscopie - Culture 1 tube = 4,5 1 tube = 4,5

15 Milieu solide 3 à 6 sem. Identification biochimique 3 sem. Antibiogramme 3 à 4 sem. Prélèvement Fluidification - Décontamination Culot de centrifugation Milieux liquides Respirométrie 1 à 4 sem. Identification Par Sondes 2 H Identification par PCR 8 H M+ Identification par PCR 8 H

16 sans PCR, sondes dhybridation pour culture Accuprobe® (Gen-Probe) Accuprobe® (Gen-Probe) : ARN ribosomal M.Tb complex, MAC, M.kansasii, M.gordonae avecPCR, sur prélèvement M+ et sur culture avec PCR, sur prélèvement M+ et sur culture INNO-LiPA Mycobacteria INNO-LiPA Mycobacteria (Innogenetics) : spacer 16s-23s : 16 espèces (dont Mtb complex) Genotype CM/AS Genotype CM/AS (Hain Lifescience) : 23s gene : 31 espèces (dont Mtb complex) Genotype MTBC Genotype MTBC (Hain Lifescience), multiplex PCR: 23s, RD1, gyrB : différentiation Mtb complex

17 Conj. Control- MYC- MTB- MKA-1- MKA-2- MKA-3- MXE MXE - MGO MGO - MAIS- MAV- MIN- MSC- MCH-1 MCH-1 - MCH-2 MCH-2 - MCH M. tuberculosis 2. M. kansasii (I) 2. M. kansasii (I) 3. M. kansasii (II) 3. M. kansasii (II) 4. M. kansasii (III-V) 4. M. kansasii (III-V) 5. M. xenopi 5. M. xenopi 6. M. gordonae 6. M. gordonae 7. M. avium 7. M. avium 8. M. intracellulare 8. M. intracellulare 9. M. scrofulaceum 9. M. scrofulaceum 10. MAIS 11. M. chelonae (I-IV) 12. M. chelonae (III) 13. M. chelonae (I) 14. Pas de Mycobacterium

18 Milieu solide 3 à 6 sem. Identification biochimique 3 sem. Antibiogramme 3 à 4 sem. Prélèvement Fluidification - Décontamination Culot de centrifugation Milieux liquides 1 à 4 sem. Antibiogrammeliquide 2 sem. M+ Détermination par PCR de la résistance RMP et INH 8 H Détermination de la résistance par PCR MODS Culture + ATBgramme

19 Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS) Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS) 12 puits/échantillon dont 8 puits antibiotiques 12 puits/échantillon dont 8 puits antibiotiques Sachet fermé Étuve CO2 Sachet fermé Étuve CO2 Examen microscopique journalier Examen microscopique journalier microscope à inversion de phase microscope à inversion de phase Sensibilité de la culture, délai médian = 7 jours Sensibilité de la culture, délai médian = 7 jours Concordance 100% RMP et 97%INH Concordance 100% RMP et 97%INH Moore D. et al NEJM 2006, Shiferaw et al JCM 2007 Caws et al, PloS ONE 2007,

20 NRA Nitrate reduction assay NRA Nitrate reduction assay Culture en milieu solide + Antibiogramme / colorimétrique Culture en milieu solide + Antibiogramme / colorimétrique Musa et al JCM 2005 Détection de la résistance à la rifampicine Détection de la résistance à la rifampicine Culture en milieu liquide Sel de tétrazolium Culture en milieu liquide Sel de tétrazolium Abate et al JCM 2004

21 PCR Multiplex, prélèvement M+ et culture INNO-LiPA Rif TB INNO-LiPA Rif TB (Innogenetics) : Rifampicine Rifampicine : Gène rpoB + Mtb complex MTBDR MTBDR (Hain Lifescience) : Rifampicine + Isoniazide Gène rpoB et gène katG + Mtb complex MTBDR plus MTBDR plus (Hain Lifescience), multiplex PCR: Gène rpoB et gène katG + gène inhA + Mtb complex Line Probe Assay (PCR) : Line Probe Assay (PCR) : fluoroquinolones Gène gyrA Giannoni et al AAC 2005

22 WT1 WT6 WT5 WT4 WT3 WT2 WT7 WT8 rpoB MUT1 (D516V) rpoB MUT2A (H526Y) rpoB MUT2B (H526D) rpoB MUT3 (S531L)

23 Wild type rpoB WT katG inhA Mutants Mutants Mutants

24 OrigineRMPRINHRINHbasniveauINH haut niveau Causse et al Int J Tuberc lung Dis M+ /41 souches100%(36)94,6%(37) NA Hilleman et al JCM M+ /125 souches98,7%(106)91%(116) NA Lacoma et al JCM éch /62 souches98,3%(51)79%63%(27)86%(21)

25 Des tests rapides pour la tuberculose a bacilles résistants vont être disponibles dans les pays en développement Des tests rapides pour la tuberculose a bacilles résistants vont être disponibles dans les pays en développement Azerbaïdjan, Bangladesh, Côte d'Ivoire, Ethiopie, Géorgie, Indonésie, Kazakhstan, Kirghizistan, Lesotho, Moldova, Myanmar, Ouzbékistan, République démocratique du Congo, Tadjikistan, Ukraine et Viet Nam.


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