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Une autre méthode de génomique inverse : TILLING (targeted induced local lesins in genomes, Comai, Henikoff, 2001) Applicable a tous organismes, produit.

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1 Une autre méthode de génomique inverse : TILLING (targeted induced local lesins in genomes, Comai, Henikoff, 2001) Applicable a tous organismes, produit des séries alléliques, backcross nécessaires (plusieurs mutations / génome)

2 Exploitation de la variabilité naturelle Core-collection Identification des facteurs génétiques impliqués dans les caractéres complexes par analyse de la variabilité génétique au sein dune espéce Arabidopsis: plusieurs centaines décotypes (isolats géographiques de lHimalaya au Cap Vert) -> séquencage de quelques régions uniformément réparties dans le génome chez 265 écotypes-> sélection de 48 écotypes représentant la quasi totalité de la variabilité génétique de lespéce. Applications: séquencage systématique de gènes candidats et identification des alléles associés a des adaptations environnementale (génétique dassociation du génotype au phénotype) Froid, sécheresse

3 Life after transcription: Genome wide analysis of translational regulations Multiple mechanisms Multiple roles (viral expression,metabolism,development, cell growth and division). Require appropriate methods for analysis Interaction with small RNA Degradation (RNA silencing) Translation inhibition Access to translation factors 40S eIF2eIF A 5 4E 4G 4A PAB P 3 uORFs/reinitiation

4 Sucrose gradient 40S 60S 80S polysomes monosomes Sédimentation 260nm Total RNA Polysomal RNA -stress +stress Large scale analysis of mRNA translation during stress Microarrays: Sugar: Rhobio/Biogemma company; Sarda Freyssinet et al, Evry, oligos (Operon) Cadmium: URGV Evry; Renou et al, GeneSpecificTags (CATMA Consortium) Comparison of polysomal RNA to total RNA ratio for each mRNA in different physiological conditions

5 Cadmium intoxication Time (hours) PCV (%) Control 200uM 300uM Cadmium addition A Glutathion Phytochelatins phytochelatin production 0 0,5 1,5 2,5 3,5 control Cadmium C Arabidopsis cells Polysome purification RNA extraction Microarray analysis

6 Homodirectional regulation ARN totaux ARN polysomaux -Cd +Cd TTem TCad PTem PCad TCad PCad TTem PTem Decrease in total RNADecrease in polysomal RNA

7 -Cd +Cd Total RNA Polysomal RNA TTem TCad PTem PCad TCad PCad TTem PTem Homodirectional regulation Increase total RNAIncrease polysomal RNA

8 Translational regulation -Cd +Cd Total RNA Polysomal RNA TTem TCad PTem PCad TCad PCad TTem PTem No variation in total RNAPolysomal RNA decrease

9 TTem TCad PTem PCad TCad PCad TTem PTem -Cd +Cd ARN totaux ARN polysomaux Translational regulation No variation in total RNAPolysomal RNA increase

10 TTem TCad PTem PCad TCad PCad TTem PTem Uncoupling -Cd +Cd Total RNA Polysomal RNA Total RNA decreaseNo variation polysomal RNA

11 TTem TCad PTem PCad TCad PCad TTem PTem -Cd +Cd Total RNA Polysomal RNA total RNA increase No variation polysomal RNA Uncoupling

12 Class 1: Homodirectional variation: Cadmium: 23%, Sucrose 17% Class 2: Translational regulation: Cadmium 7%, Sucrose 76% Class 3: Uncoupling: Cadmium 70%, Sucrose 7% Class 2 and 3 define subcellular sites for accumulation of mRNA Polysomal RNA Total RNA Polysomal RNA Total RNA - stress + stress - stress + stress - stress + stress UPDOWN Different stresses leads to different types of translational responses

13

14 les ARNm sont localisés et traduits dans des régions cellulaires particuliéres->gradients

15 Comparative Genomics Identifies a Flagellar and Basal Body Proteome that Includes the BBS5 Human Disease Gene (Cell, 117 p ) Flagelles: structures complexes ( proteines) Plantes: cellules non-flagellées Algues, animaux: cell. flagellées Proteome humain + proteome chlamydomonas - proteome arabidopsis= ensemble des composants du flagelle!!!! Génomique comparative

16 4E 4G 4A PABP 40S 2 1 1A 3 AAAAA 5 Protein synthesis: initiation AUG 4E+4G+4A=eucaryotic initiation complex 4F (eIF4F)


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