Les selles mercredi 22 mars 2017 mercredi 22 mars 2017 1 1

Les infections intestinales mercredi 22 mars 2017 2

1.1. anatomie – physiologie du TD mercredi 22 mars 2017 3

mercredi 22 mars 2017 4

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1.2. Flore normale a. Nature mercredi 22 mars 2017 6

0 à 1000 108 UFC par g 104 à 105 UFC par g 1011 UFC par g (105 en culture car EOS) mercredi 22 mars 2017 7

b. Rôles digestion de molécules comme la cellulose (très partielle chez l’homme). Les produits de fermentation (éthanoïque, éthanol…) peuvent être absorbés. réduction du volume de déchets protection contre les infections : la flore commensale « occupe le terrain  » production de vitamines et des métabolites évoqués ci-dessus dégradation de molécules comme la bilirubine sécrétée par le foie stimulation du système immunitaire mercredi 22 mars 2017 8

c. Origine de la flore Le fœtus est stérile. Il est contaminé très rapidement qu’il naisse par voie vaginale ou césarienne, par la flore de l’environnement et en particulier de la mère. Les premiers biberons ou le sein de la mère apportent évidemment des microorganismes. Dès le premier jour, les E. coli sont détectés dans les selles. mercredi 22 mars 2017 9

1.3. Mécanismes des diarrhées infectieuses 1.3.1. généralités Diarrhées : Vomissements : mercredi 22 mars 2017 10

1.3.2. Origine des flores pathologiques mercredi 22 mars 2017 11

1.3.3. Différents mécanismes pathologiques A. Intoxinations Entérotoxine staphylococcique (botulisme) Toxines de microalgues Mycotoxines mercredi 22 mars 2017 12

1.3.3. Différents mécanismes pathologiques B. Infections Première étape : l’ADHÉSION Deuxième étape : l’action sur les cellules mercredi 22 mars 2017 13

Deuxième étape : l’action sur les cellules a. par des toxines cytotoniques (sécrétoires) mercredi 22 mars 2017 14

b. par destructions cellulaires b1 Toxines en jeu : altération du métabolisme lyse des cellules enzyme perforine désorganisation du cytosquelette mercredi 22 mars 2017 15

b. par destructions cellulaires b2 Réaction inflammatoire : g2 Dissémination : mercredi 22 mars 2017 16

a. Modèle Shigella - Listeria Exemples a. Modèle Shigella - Listeria b. Modèle Salmonella g. Modèle viral mercredi 22 mars 2017 17

1.3.4. BILANS tableau à mettre mercredi 22 mars 2017 18

1.4. Traitement lutte contre la déshydratation lutte contre les microorganismes utilisation d’antidiarrhéiques mercredi 22 mars 2017 19

2. Analyse d’une selle pathologique mercredi 22 mars 2017 20

2.1. Macroscopie L’observation macroscopique permet de noter : la consistance de la selle (liquide, moulée, molle, pâteuse, dure…). Une selle dure n’est évidemment pas diarrhéique. la présence de glaire et/ou de sang la couleur la présence de vers parasites (oxyures, ascaris, ténia…). mercredi 22 mars 2017

2.2. Microscopie Même si l’examen n’est pas toujours « rentable », il est utile. État frais sans coloration : présence de pus, mucus, levures, hématies… présence de parasites comme les AMIBES et GIARDIA pour les protozoaires, ou d’œufs ou larves pour les HELMINTHES. présence de bactéries à mobilité particulière (polaire comme Vibrio ou Pseudomonas, particulière comme Campylobacter…) présence de résidus digestifs Le lugol facilite la détection de l’amidon… La soudan III permet de détecter des lipides anormaux avant ou après chauffage. mercredi 22 mars 2017

présence de bactéries particulières comme les Campylobacter Gram : Équilibre Gram + Gram - présence de bactéries particulières comme les Campylobacter mercredi 22 mars 2017

2.3. Cultures Vu l’importance de la flore commensale : on ne peut isoler et identifier toutes les microorganismes. La coproculture standard comprend, face à une diarrhée aiguë, la recherche de : Salmonella Shigella Yersinia enterocolitica Campylobacter spp. On ajoute dans les cas suivants : mercredi 22 mars 2017

2.3. Cultures On ajoute dans les cas suivants : en cas de voyage récent « en pays tropical » : si syndrome cholériforme : Vibrio cholerae, ETEC sinon d’autres bactéries comme Aeromonas, EIEC… en cas de diarrhée chez des hospitalisés traités par antibiothérapie : recherche de Clostridium difficile et de ses toxines en cas de soupçon de « tiac » (intoxination) à S. aureus : recherche des toxines de S. aureus. en cas de soupçon d’EHEC : recherche des gènes des shiga ou vérotoxines par PCR puis tentative d’isolement des bactéries intestinales. Chez le jeune bébé: recherche EPEC (discuté ). On n’oublie pas : les parasites (nombreux mais sur demande) les virus (Rotavirus en particulier) chez les enfants mercredi 22 mars 2017

problème Depuis de nombreuses années, on recherche les EPEC dans le cas des gastroentérites de nourrissons. MAIS la dernière édition du REMIC n’en parle pas… mercredi 22 mars 2017

2.3.1. Salmonella-Shigella J1 : Isolement sur gélose Hektoen ou chromogène incubé 24 à 48 h à environ 35°C. Pour les porteurs, un mileiu d’enrichissement est ensemencé en parallèle. J2 : Repérage des colonies suspectes (lac, sac, sal - et H2S V). Tester en uréase rapide 5 colonies si possible. Réaliser, pour les colonies uréase -, une galerie miniaturisée à l’aide de l’Urée-Tryptophane. Un antibiogramme est fait en parallèle. Si un bouillon d’enrichissement a été fait, isoler sur Hektoen et recommence la procédure. J3 Lectures et, si Salmonella ou Shigella identifiées, alors sérogroupage mercredi 22 mars 2017

2.3.2. Yersinia enterocolitica Isolement sur gélose Yersinia CIN (peptone, mannitol, désoxycholate, cristal violet, CEFSULODINE, IRGASAN, NOVOBIOCINE (CIN), incubé 48 h à 35°C. Identification des colonies suspectes Antibiogramme et sérogroupage éventuel (Yersinia enterocolitica pour O3 et O9) mercredi 22 mars 2017

2.3.3. Campylobacter l’isolement sur gélose au sang de mouton additionnée d’un cocktail d’antibiotiques incubée à 42°C en atmosphère MICROOAÉROPHILE (SKIRROW : Vancomycine, polymyxine B, Triméthoprime ) Puis identification des colonies suspectes par une galerie biochimique et antibiogramme (Voir cours) mercredi 22 mars 2017

2.3.4. EPEC des nourrissons Depuis de nombreuses années, on recherche les EPEC dans le cas des gastroentérites de nourrissons. MAIS la dernière édition du REMIC n’en parle pas… mercredi 22 mars 2017

2.3.5. Vibrio cholerae J1 : Isolement sur gélose TCBS incubé 24 à 37°C. Ensemencement d’une eau peptonée alcaline repiquée 3 fois à 3 heures d’intervalle sur TCBS (donc J1+3h, J1+6h, J1+9h) J2 : Repérage des colonies suspectes (sac +, et H2S -). Tester en l’oxydase et identifier les colonies suspectes (galerie miniaturisée. J3 : Lectures et, si Vibrio cholerae identifiée, alors sérogroupage mercredi 22 mars 2017

2.3.6. Clostridium difficile Les recherches imposent : la recherche des toxines par immunoenzymologie l’isolement sur gélose au sang de mouton additionnée d’un cocktail d’antibiotiques (amphotéricine B, cyclosérine, céfoxitine) en incubation anaérobie. Puis identification des colonies suspectes (odeur de crottin de cheval…) par une galerie biochimique (Voir anaérobies) mercredi 22 mars 2017

2.3.7. Autres microorganismes Face à une diarrhée, un milieu non sélectif peut montrer de nombreuses colonies d’un agent pouvant être mis en cause comme : des Staphylococcus aureus, des champignons (essentiellement Candida albicans) des Streptococcus agalactiae… ou des Listeria monocytogenes dans des contextes particuliers. mercredi 22 mars 2017

2.3. Virus Seuls les rotavirus sont recherchés, pour les nourrissons ou les enfants en bas-âge par : des tests utilisant des latex des tests immunoenzymatiques au microscope électronique… mercredi 22 mars 2017

2.4. Parasites Les parasites (oeufs d’helminthes et formes végétatives ou kystes de protozoaires sont normalement recherchés sur demande au laboratoire de parasitologie… Le laboratoire de « bactériologie » est évidemment capable de signaler la présence de parasites (examen macroscopique) et des formes évoquées (examen microscopique). Notons la possibilité de découverte de Trichomonas (vaginalis des IST ou intestinalis commensal). mercredi 22 mars 2017

BILAN Face à une diarrhée aigüe , après les examens macro et microscopiques, réaliser les ensemencements suivants (dans le cadre métropolitain) : une gélose Hektoen une gélose Yersinia CIN une gélose de Skirrow en microaérobiose une gélose lactosée au BCP mercredi 22 mars 2017

Merci de votre attention !!!! Bilan … au tableau ! Réalisé par Jean-Noël Joffin août 2006 Au laboratoire de SAINT BRICE ! Critiques : jnjoffin@wanadoo.fr mercredi 22 mars 2017 mercredi 22 mars 2017 37 37