Prélèvement bactérien Identification.

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1 2.1.1 1. Prélèvement bactérien. 1.1. Identification.
Quel type bactérien s'attend-on à trouver dans cet organe? Donner le nom du type de relation existant entre l'hôte et cette bactérie. 1.1. Identification. 2.1.1 Le gros intestin contient des E. coli. Ce sont des bactéries commensales.

2 2.1.2 1. Prélèvement bactérien. 1.1. Identification.
Quel type bactérien s'attend-on à trouver dans cet organe? Donner le nom du type de relation existant entre l'hôte et cette bactérie. 1.1. Identification. cytoplasme Commenter les observations. membrane plasmque Indiquer le nom des différents éléments visibles au microscope électronique. 2.1.2 peptido glycane Où ce type de germe se trouvent-il généralement dans le corps humain? Que peut-on en conclure? Le gros intestin contient des E. coli. Ce sont des bactéries commensales. Présence de très nombreux Bacillus. Les Bacillus sont caractéristiques de la flore vaginale. Un changement dans sa localisation a permis sa pathogénicité.

3 L’échantillon présente une vitesse de croissance plus rapide.
1. Prélèvement bactérien. Tracer les courbes de croissance sur Excel. 1.1. Identification. 1.2. Croissance. Comparer le comportement des deux bactéries. Calculer les vitesses spécifiques de croissance µ. Angie µ = 0,0180 mn-1 Echantillon µ = 0,0250 mn-1 2.2.1 L’échantillon présente une vitesse de croissance plus rapide.

4 Elles bloquent la synthèse de la paroi. des peptides inter-chaînes.
2. Antibiotique. Donner le nom de ces trois molécules. 2.2. Croissance. 2.1. Effet des Antibiotiques. Quel est leur mode d'action? Expliquer le mécanisme moléculaire. Méthicilline Elles bloquent la synthèse de la paroi. 2.3.1 Elles agissent comme des inhibiteurs compétitifs grâce à leur homologie avec la liaison peptidique des peptides inter-chaînes. Céphalosporine Pénicilline

5 2.3.3 2. Antibiotique. 2.1. Effet des Antibiotiques.
Calculer les vitesses de croissance dans chacun des cas. 2.1. Effet des Antibiotiques. Conclure. 2.3.3 Flore d’Angie Echantillon La flore Angie présente une croissance plus faible que l’échantillon. De plus, cette dernière est résistante aux 3 antibiotiques.

6 2.4.1 2. Antibiotique. 2.2. Résistance. 2.1. Effet des Antibiotiques.
Comment s'appelle cette méthode de mesure. 2.2. Résistance. 2.1. Effet des Antibiotiques. Méthode à deux points. Quel est le rôle du dernier essai (en absence d’enzyme)? Il permet de mesurer la dégradation spontanée. 2.4.1 Pourquoi n'avons nous pas le droit de l'appeler coefficient d'extinction molaire? Calculer la concentration en pénicilline des essais (on néglige l'intervention de l'extrait protéique sur le volume final de la solution). Vpèn Tp Cpén mL µg.L-1 1 15,0 0,9 0,1 13,5 0,8 0,2 12,0 0,6 0,4 9,0 0,5 7,5 6,0 3,0 1,0 0,0 A cause de l’unité. e est en L.mol-1.cm-1. Cpén = Ci x Vpén / Vt On trace la droite étalon. Calculer le coefficient de proportionnalité entre l'absorbance et la concentration en pénicilline. a = 0,09 L.µg-1

7 Ce calcul présente une double difficulté:
2. Antibiotique. Calculer les vitesses initiales spécifiques (c'est à dire uniquement dues à l'enzyme) en Abs.mn-1. 2.2. Résistance. Ce calcul présente une double difficulté: On mesure une dégradation de substrat. Il existe une dégradation spontanée de l’antibiotique. 2.4.6

8 2.4.6 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Calculer les vitesses initiales spécifiques (c'est à dire uniquement dues à l'enzyme) en Abs.mn-1. 2.2. Résistance. Etape 1: mesure vitesse de dégradation. V = (Abs0 – Abs15) / Dt 2.4.6 Vangie 1 = (1,350 – 1,205) / 0,25 = 0,580 Abs.mn-1 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,9 1,215 1,072 0,551 0,8 1,080 0,939 0,433 0,6 0,810 0,676 0,210 0,5 0,675 0,545 0,108 0,4 0,540 0,415 0,015 0,2 0,270 0,163 0,000 1,0 1,070 1,200 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 1,0 1,280 1,313

9 2.4.6 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Calculer les vitesses initiales spécifiques (c'est à dire uniquement dues à l'enzyme) en Abs.mn-1. 2.2. Résistance. Etape 2: mesure vitesse vraie. Vvraie = V – Vspontanée 2.4.6 Vspontanée = (Abs0 – Abs15) / Dt Vspontanée Angie = (1,350 – 1,280) / 0,25 = 0,280 Abs.mn-1 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 1,0 1,280 1,313 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,9 1,215 1,072 0,551 0,8 1,080 0,939 0,433 0,6 0,810 0,676 0,210 0,5 0,675 0,545 0,108 0,4 0,540 0,415 0,015 0,2 0,270 0,163 0,000 1,0 1,070 1,200 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 1,0 1,280 1,313 0,280 0,15

10 2.4.6 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Calculer les vitesses initiales spécifiques (c'est à dire uniquement dues à l'enzyme) en Abs.mn-1. 2.2. Résistance. Etape 2: mesure vitesse vraie. Vspf = V – Vspontanée 2.4.6 VAngie = 0,580 – 0,280 = 0,300 Abs.mn-1 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) V spécifique (Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,300 2,566 0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,292 2,507 0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,282 2,438 0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,257 2,250 0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,240 2,120 0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,218 1,950 0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 0,150 1,393 1,0 1,070 1,200 0,280 0,15 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 1,0 1,280 1,313 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,9 1,215 1,072 0,551 0,8 1,080 0,939 0,433 0,6 0,810 0,676 0,210 0,5 0,675 0,545 0,108 0,4 0,540 0,415 0,015 0,2 0,270 0,163 0,000 1,0 1,070 1,200 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 1,0 1,280 1,313 0,280 0,15

11 2.4.6 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Convertir en µg de pénicilline dégradée.L-1.s-1 Etape 1: Calculer la concentration des tubes. Cpén = Ci x Vi / Vt 2.4.6 Cpén1 = 15 x 1 / 1 V pènicilline Abs0 V spécifique (Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 0,300 2,566 0,9 1,215 0,292 2,507 0,8 1,080 0,282 2,438 0,6 0,810 0,257 2,250 0,5 0,675 0,240 2,120 0,4 0,540 0,218 1,950 0,2 0,270 0,150 1,393 1,0 V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) V spécifique (Abs.mn-1) mL Angie Ech 1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,300 2,566 0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,292 2,507 0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,282 2,438 0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,257 2,250 0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,240 2,120 0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,218 1,950 0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 0,150 1,393 1,0 1,070 1,200 0,280 0,15 V pènicilline Abs0 V spécifique (Abs.mn-1) mL Angie Ech 15 1,350 0,300 2,566 13.5 1,215 0,292 2,507 12,0 1,080 0,282 2,438 9,0 0,810 0,257 2,250 7,5 0,675 0,240 2,120 6,0 0,540 0,218 1,950 3,0 0,270 0,150 1,393 1,0

12 2.4.6 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Convertir en µg de pénicilline dégradée.L-1.s-1 Etape 2: Convertir. V = V spf / 0,09 2.4.6 V pènicilline Abs0 V spécifique (Abs.mn-1) mL Angie Ech 15 1,350 0,300 2,566 13.5 1,215 0,292 2,507 12,0 1,080 0,282 2,438 9,0 0,810 0,257 2,250 7,5 0,675 0,240 2,120 6,0 0,540 0,218 1,950 3,0 0,270 0,150 1,393 1,0 C pènicilline Vitesse spécifique (en µg.L-1.mn-1) µg.L-1 Angie Ech 15,0 3,3 28,5 13,5 3,2 27,9 12,0 3,1 27,1 9,0 2,9 25,0 7,5 2,7 23,6 6,0 2,4 21,7 3,0 1,7 15,5

13 2.4.8 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Calculer les Vm et Km des 2 enzymes grâce aux 4 représentations classiques. 2.2. Résistance. Lineweaver et Burk 1/V = f ( 1/C ) 2.4.8 C pènicilline Vitesse spécifique (en µg.L-1.mn-1) µg.L-1 Angie Ech 15,0 3,3 28,5 13,5 3,2 27,9 12,0 3,1 27,1 9,0 2,9 25,0 7,5 2,7 23,6 6,0 2,4 21,7 3,0 1,7 15,5 Angie Echantillon 4,44 36,11 5 4 Vm = 1 / b (en µg.L-1.mn-1) Km = a / b (en µg.L-1)

14 2.4.8 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Calculer les Vm et Km des 2 enzymes grâce aux 4 représentations classiques. 2.2. Résistance. Hanes - Woolf S/V = f ( S ) 2.4.8 C pènicilline Vitesse spécifique (en µg.L-1.mn-1) µg.L-1 Angie Ech 15,0 3,3 28,5 13,5 3,2 27,9 12,0 3,1 27,1 9,0 2,9 25,0 7,5 2,7 23,6 6,0 2,4 21,7 3,0 1,7 15,5 Angie Echantillon 4,44 36,11 5 4 Vm = 1 / a (en µg.L-1.mn-1) Km = b / a (en µg.L-1)

15 2.4.8 2. Antibiotique. 2.2. Résistance.
Calculer les Vm et Km des 2 enzymes grâce aux 4 représentations classiques. 2.2. Résistance. Eadie - Hofsize V = f ( V/S ) 2.4.8 C pènicilline Vitesse spécifique (en µg.L-1.mn-1) µg.L-1 Angie Ech 15,0 3,3 28,5 13,5 3,2 27,9 12,0 3,1 27,1 9,0 2,9 25,0 7,5 2,7 23,6 6,0 2,4 21,7 3,0 1,7 15,5 Angie Echantillon 4,44 36,11 5 4 Vm = b (en µg.L-1.mn-1) Km = a (en µg.L-1)

16 Eisenthal et Cornish-Bowden
2. Antibiotique. Calculer les Vm et Km des 2 enzymes grâce aux 4 représentations classiques. 2.2. Résistance. Eisenthal et Cornish-Bowden Angie Echantillon 2.4.8 C pènicilline Vitesse spécifique (en µg.L-1.mn-1) µg.L-1 Angie Ech 15,0 3,3 28,5 13,5 3,2 27,9 12,0 3,1 27,1 9,0 2,9 25,0 7,5 2,7 23,6 6,0 2,4 21,7 3,0 1,7 15,5 Angie Echantillon 4,44 36,11 5 4 Angie Echantillon 4,44 36,11 5 4 Vm (en µg.L-1.mn-1) Km (en µg.L-1)

17 activité = Vm / Vextrait
2. Antibiotique. Indiquer l'activité des deux extraits en µg.mn-1.mL-1 d'extrait. 2.2. Résistance. activité = Vm / Vextrait 222,2 1805,6 Vm (en µg.L-1.mn-1.mL-1) 2.4.9 Angie Echantillon 4,44 36,11 5 4 Angie Echantillon 4,44 36,11 Vm (en µg.L-1.mn-1) Km (en µg.L-1)

18 e est exclusivement en L.cm.mol-1
3. Conformation. 2. Antibiotique. Que nous apprends ce type d'étude sur la conformation d'une protéine. 2.2. Résistance. Les parties polaire sont en contact avec le milieu aqueux, tandis que les partie apolaires sont situées à l’intérieure de la protéine. Pourquoi n'avons nous pas le droit de l'appeler coefficient d'extinction molaire? 2.5.1 e est exclusivement en L.cm.mol-1 Peut-on localiser le site actif de cette manière? Si les sites actifs se comportent de façon différente, c’est qu’ils sont différents.