La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Quantitative trait loci analysis of egg and meat production traits in a red junglefowl X White Leghorn cross Analyse des QTL déterminant les caractères.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Quantitative trait loci analysis of egg and meat production traits in a red junglefowl X White Leghorn cross Analyse des QTL déterminant les caractères."— Transcription de la présentation:

1 Quantitative trait loci analysis of egg and meat production traits in a red junglefowl X White Leghorn cross Analyse des QTL déterminant les caractères de production dœufs et de viande dun croisement entre Red Junglefowl et White Leghorn. France C. Dobler A.-L. Shaffii A

2 Présentation du sujet : But de létude: Rechercher les loci (QTL) responsables des variations quantitatives des caractéristiques de production de viande et dœufs via le phénotypage et le génotypage.

3 Matériel : Animaux: Population de volailles F2 issue dun croisement entre White Leghorn et Red Junglefowl.

4 Matériel : Animaux: Pourquoi ce croisement ? Red junglefowl est une souche sauvage et a donc un génotype plus éloigné de la White Leghorn que les autres souches domestiques. But: maximiser les différences entre les souches.

5 Matériel : Animaux: Au total : 806 animaux de génération F2 (à partir de 41 F1) répartis en 6 lots denviron 150 individus. 243 utilisés pour lanalyse de la viande 181 pour lanalyse générale des œufs 175 pour lanalyse organoleptique des oeufs

6 Matériel : Caractères étudiés: Pour la viande: Poids et couleur du foie. Poids, couleur et pH des muscles du blanc et de la cuisse 24h post-abattage.

7 Matériel : Caractères étudiés: Pour les œufs: Poids et taille Épaisseur de la coquille Propriétés organoleptiques

8 Matériel : Précisions : Les volailles sont abattues sur place pour éliminer le facteur stress du au transport qui influence la qualité de la viande (pH, viande PSE, aptitude à retenir leau…)

9 Méthodes : mesure des caractères Pour la viande : Les caractères sont mesurés à lâge de 200 jours Le foie est disséqué de la carcasse et classé sur une échelle de 1 (normal) à 6 (anormal: trop pâle) en fonction de sa couleur évaluée de façon empirique.

10 Méthodes : mesure des caractères Pour la viande : Les muscles du blanc et des cuisses sont disséqués et pesés. Le pH est évalué via un pH-mètre portable. La couleur est évaluée via un colorimètre Minolta (mesure de la réflectance de surface modulée par 3 paramètres: la pâleur, la rougeur, laspect jaune)

11 Méthodes : mesure des caractères Pour les œufs : Collectés à 190 jours, évaluation de 1-3 œufs par poule, 1 cote par œuf. Cote organoleptique de 0 (-) à 100 (+++) attribuée par 6 juges entraînés.

12 Méthodes : mesure des caractères Pour les œufs: 6 appréciations relatives à: Lodeur (de faible à forte) La couleur (pâle à intense) La consistance crémeuse (de sec à crémeux) La stabilité (de coulant à ferme) Le goût (de faible à fort) Larrière-goût (de faible à fort)

13 Méthodes : mesure des caractères Pour les œufs: La résistance de la coquille est mesurée via la force requise pour la casser entièrement. (TA-HDI Texture Analyser)

14 Méthode : Le génotypage Génotypage et cartographie réalisés grâce à 160 marqueurs couvrant 29 autosomes + le chromosome Z, soit une distance de 3356 centiMorgans (cM) au total, répartie en intervalles de 21 cM en moyenne. Carte de liaison génique établie en utilisant la méthode du CRI-MAP

15 Méthode : Lanalyse statistique des données Les données récoltées sont analysées par cartographie à intervalles standards grâce à la méthode de régression par les moindres carrés.

16 Méthode : Lanalyse statistique des données Méthode de l « interval mapping »: détermination de la position dun QTL entre deux marqueurs phénotypiques ou génotypiques et en utilisant la méthode LR (Likelihood Ratio)

17 Méthode : Lanalyse statistique des données Analyse des gonosomes via QXPAK Analyse intra-sexe pour mettre en évidence les différences dexpression des QTL selon les sexes. Tant leffet « dadditivité » que celui de « additivité + dominance » ont été modélisés. Deux effets fixes sont inclus dans le modèle: leffet du sexe (sauf pour les œufs) et leffet du lot (E). (rappel: P=G+E)

18 Méthode : Lanalyse statistique des données Le poids de la carcasse à labattage est utilisé comme covariable pour contrôler leffet des différences de taille des oiseaux (effets NA). Rappel: G=A+NA De même pour le poids des œufs qui est inclus comme covariable dans toutes leurs mesures saufs les organoleptiques ou leffet de la taille semble nul.

19 Méthode : Lanalyse statistique des données Leffet de loutbreeding a été testé pour chaque locus QTL grâce à loption « infinitesimal allele » du programme danalyse QXPAQ. Leffet du nombre variable dœufs pondus par animal à été pris en compte grâce à loption « accuracy ».

20 Méthode : Lanalyse statistique des données Les seuils de signification on été calculés via la statistique F grâce à des tests de permutation. 3 seuils ont été déterminés: un pour les effets additifs (A), un pour les effets additifs+dominants (A+D), un pour linteraction de sexe (I). (Rappel: G=A+D+I) Minimisation des faux positifs en augmentant le seuil de signification.

21 Résultats et conclusions Plusieurs locis responsables des caractères quantitatifs (=QTL) tant pour la viande que pour les œufs ont pu être mis en évidence.

22 CaractèreChromosomePosition (cM) Poids du foie187 Couleur du foie4225 pH du blanc7155 pH du blancE47W2418 Épaisseur moyenne de la coquille 5145 Goût de loeuf884 Odeur de loeufE22C19W2834 Résultats et conclusions

23 En plus, les analyses séparées pour les 2 sexes ont permis didentifier des QTL en plus de ceux déjà répertoriés antérieurement.

24 CaractèreChromosomePosition (cM) Poids du foie187 Poids du foie 844 Poids du foie (mâle) Poids du foie (femelle) Couleur du foie (femelle) 4222 pH du blanc (mâle) pH du blanc (femelle) pH du blanc (mâle) pH du blanc (femelle) Minolta Blanc b ( Mâle ) 1034

25 Quels usages feriez-vous des résultats en tant que futur(e) vétérinaire ?

26 Intérêt de létude en sciences vétérinaires: Aboutir à des applications de routine en élevage afin de maximiser la productivité via une optimisation de la sélection:=> utilisation des marqueurs géniques correspondant aux QTL les plus économiquement intéressants. => sélection et croisement. On passe dun sélection phénotypique traditionnelle à une sélection moléculaire (génique) qui permettra peut-être de créer des races ultra-performantes en terme de productivité.

27 Critiques éventuelles: Une seule étude réellement comparable réalisée par Navarro and al. naboutit pas aux mêmes QTL. Des études antérieures affirment la présence de zones clés («hot-spots») concernant les paramètres de production des œufs, mais aucun QTL correspondant na pu être mis en évidence par cette étude. Au contraire, les QTL relatifs aux propriétés de ces hot- spots semblent se trouver dans des zones tout à fait différentes du génome.

28 Critiques éventuelles: Très peu danalyses ont été menées en général autour des caractères économiques les plus importants. La taille de léchantillon (nb dindividus mais aussi nb total dœufs analysés) est faible: certains QTL nont dc pas pu être mis en évidence. Utilisation dune souche sauvage (red junglefowl) empêche les extrapolations aux croisements effectivement réalisés en élevage.

29 Perspectives: Cette étude est à considérer comme un préliminaire à lidentification génique et à une sélection assistée par des marqueurs de ces gènes impliqués dans les caractères de productivité.

30 Bibliographie: Wright D. and al (2006) Quantitative trait loci analysis of egg and meat production traits in a red junglefowl X White Leghorn cross. Animal Genetics, 37, personal.une.edu.au/~jvanderw/07_Interval_mapping_of_QTL.PDF personal.une.edu.au/~jvanderw/07_Interval_mapping_of_QTL.PDF


Télécharger ppt "Quantitative trait loci analysis of egg and meat production traits in a red junglefowl X White Leghorn cross Analyse des QTL déterminant les caractères."

Présentations similaires


Annonces Google