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Introduction à la bioinformatique Ce cours est supporté par Chemical Computing Group & Jonathan Pevsner (JHU)

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Présentation au sujet: "Introduction à la bioinformatique Ce cours est supporté par Chemical Computing Group & Jonathan Pevsner (JHU)"— Transcription de la présentation:

1 Introduction à la bioinformatique Ce cours est supporté par Chemical Computing Group & Jonathan Pevsner (JHU)

2 Ce quest la bioinformatique Interface entre la biologie et lordinateur Analyse de proteines, gènes et génomes à laide dalgorithmes et de banques de données Génomique : analysis de génomes. Donner un sens aux milliards de paires de bases de DNA qui sont séquencées

3 [1] Élaborer un modèle de transcription. Où et quand un gène va sexprimer [2] Prédire les épissages alternatifs du RNA [3] Établir les voies de transduction ; prédire la réponse cellulaire à un stimulus [4] Déterminer les codes de reconnaissance entre protein:DNA, protein:RNA, protein:protein [5] Prédire ab initio la structure des protéines Principaux défis de la discipline

4 [6] Design de petites molécules (inhibiteurs) [7] Expliquer lévolution des protéines. [8] Expliquer la spéciation. [9] Développer des manières systématiques de décrire la fonction des gène et des proteines.

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10 Homo sapiens (6.9 millions entrées) Mus musculus (5.0 millions) Zea mays (896,000) Rattus norvegicus (819,000) Gallus gallus (567,000) Arabidopsis thaliana (519,000) Danio rerio (492,000) Drosophila melanogaster (350,000) Oryza sativa (221,000) Organismes les plus séquencés dans Genbank

11 National Center for Biotechnology Information (NCBI)

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13 PubMed National Library of Medicine (serv. de recherche) 11 millions citations ds MEDLINE liens vers journaux online PubMed tutorial (via Education side bar)

14 BLAST Basic Local Alignment Search Tool Outil NCBI pour recherche de similarité analyse banques de DNA et protéines > 80,000 recherches par jour

15 OMIM Online Mendelian Inheritance in Man catalogue des désordres génétiques chez Hs edité par Dr. Victor McKusick & al. JHU

16 TaxBrowser browser pour divisions principales des organismes (archaea, bacteries, eucariotes, virus) informations taxonomiques données moleculaires sur organismes disparus

17 Structure Molecular Modelling Database (MMDB) structures de Protein Data Bank (PDB) Cn3D (a 3D-structure viewer) vector alignment search tool (VAST)

18 [1] LocusLink (RefSeq) [2] Entrez (Unigene, Nucléotides., Protéines, Gènes et Génomes) [3] EBI et Ensembl [4] ExPASy Sequence Retrieval System (EXpert Protein Analysis SYstem)) Plusieurs façons daccéder à la séquence dun gène ou dune protéine

19 [1] LocusLink with RefSeq LocusLink : un bon point de départ Infos sur chaque gène ou protéine à partie De plusieurs banques. RefSeq : numéro daccès sion unique pour chaque DNA (NM_006744) ou protéine (NP_ ) RefSeq: séq. la plus stable (consensus)

20 Ce quest un accession number ? Étiquette qui identifie une séquence. Série de lettres et/ou chiifres qui correspondent à une séquence moléculaire. Exemples (pour retinol-binding protein, RBP4): X02775GenBank genomic DNA sequence NT_030059Genomic contig N An expressed sequence tag (1 of 170) NM_006744RefSeq DNA sequence (from a transcript) NP_007635RefSeq protein AAC02945GenBank protein Q28369SwissProt protein 1KT7Protein Data Bank structure record protein DNA RNA

21 À propos de RefSeq RefSeq ne donne quun seul # accès pour un gène ou une protéine. Il peut y avoir des centaines de # accès à un gène dans GenBank mais il ny en aura quun seul dans RefSeq (plusieurs sil existe des épissages variables.

22 ??? pour Mme NCBI sur gène protéine

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24 Entrez intègre les éléments suivants:

25 UniGene Projet qui vise à assigner un cluster de séquences à un seul gène Pour RBP4 il a un seul # accès Hs Qui donne la liste de toutes les entrées GenBank pour cette protéine (incluant EST)

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27 Plug the figures … and press …


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