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NOTIONS EN BACTERIOLOGIE GENERALE 2 ème partie UE.2.10.S1 Dr Christine VENOT, biologiste Laboratoire GCS de Saintonge.

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1 NOTIONS EN BACTERIOLOGIE GENERALE 2 ème partie UE.2.10.S1 Dr Christine VENOT, biologiste Laboratoire GCS de Saintonge

2 Généralités – définitions Le diagnostic bactériologique ensemble de moyens permettant de confirmer que étiologie infectieuse est d'origine bactérienne.

3 DIAGNOSTIC DIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques

4 DIAGNOSTIC DIRECT : prescription du clinicien : réaliser un examen cytobactériologique Ex : E.C.B.U. Examen Cyto-Bactériologique des Urines

5 DIAGNOSTIC DIRECT : les étapes au labo Examen directJO examen macroscopique 2. Culture permet disoler la bactérie J+2/+4 ce qui permettra l'identification ainsi que létude de sa sensibilité aux antibiotiques, antibiogramme.

6 Les étapes du diagnostic direct aspect macroscopique présence de leucocytes polynucléaires présence de bactéries : coloration de gram

7 Examen macroscopique :

8 Trouble : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire

9 Hématique : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire

10 Consistance : Exemple d'une selle liquide.

11 Examen macroscopique Examen microscopique Etat frais Coloration de GRAM

12 Une préparation est obtenue avec le dépôt d'une goutte du prélèvement entre lame et lamelle, -présence de bactéries - appréciation semi-quantitative (rares, peu nombreux, nombreux, très nombreux...) ou mieux quantitative, exprimée par nombre d'éléments / mm3 ou ml ou par champ.

13 coloration de Gram = oriente le diagnostic

14 Examen après coloration de Ziehl-Neelsen: Les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) compte tenu de la composition de leur paroi sont détectés spécifiquement. Il s'agit du groupe des mycobactéries dont le bacille tuberculeux (Bacille de KOCH/BK) colorées en rouge sur un fonds bleu. EXAMEN /colorant fluorescent (auramine )

15 Recherche de leucocytes (polynucléaires neutrophiles): après coloration bleu de methylène ou MGG:

16 Premières conclusions: Les éléments récoltés de l'examen macroscopique et surtout microscopique fournissent souvent des arguments diagnostiques de très forte présomption qui vont permettre la mise en route d'une thérapeutique adaptée. La culture ou l'isolement de l'agent causal sera, cependant, essentielle. Elle permettra l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux antibiotiques (Antibiogramme).

17 Examen macroscopique Examen microscopique Etat frais/leucocytes Coloration de GRAM Examens « directs » macroscopiques et microscopiques rendu J0

18 Diagnostic direct "examen cyto-bactériologique" = demande J0 Examen macroscopique J0 Examen microscopiqueetat frais J0 après coloration Mise en cultureidentificationJ+2/J+4 antibiogramme

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20 Identification Par ensemencement d'une galerie biochimique adapt é e / automates

21 ANTIBIOGRAMME

22 DIAGNOSTIC DIRECT : La bactérie entière = identification + antibiogramme 2. Un constituant (produits) de la bactérie :. ADN bactérien par PCR,. Capsule : «antigène soluble du pneumocoque dans les urines »

23 DIAGNOSTIC DIRECT : mise en évidence de la bactérie elle-même DIAGNOSTIC INDIRECT : mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques

24 DIAGNOSTIC INDIRECT : sérologie réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques IgG et IGM Il se base sur les conséquences induites chez l'hôte (réaction immunologique), à savoir la production d'anticorps IgM et IgG. La réaction immunitaire ne se développe qu'à partir d'un délai, de l'ordre de 8 à 10 jours. peu utilisé pour les bactéries intérêt uniquement pour les bactéries de croissance difficile Exemple : treponema pallidium = syphilis

25 ANTIBIOGRAMME Notion de résistance bactérienne - Antibiogramme - Spectre clinique - les Bactéries MultiRésistantes BMR

26 Antibiogramme = détermination de la sensibilité dune bactérie aux antibiotiques Disques imprégnés dATB Absence de croissance = sensible Croissance Bactérienne = résistant

27 Réponses de l'antibiogramme à pour but le classement en catégorie clinique au nombre de trois 1/ SENSIBLE 2/ INTERMEDIAIRE 3/ RESISTANT

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29 SENSIBLE: Les souches S, probabilité de succès thérapeutique est acceptable. On doit s'attendre à un effet thérapeutique dans le cas d'un traitement à dose habituelle par voie générale. RESISTANT: Les souches R, forte probabilité d'échec thérapeutique. On doit s'attendre à un echec thérapeutique INTERMEDIAIRE: Les souches I, succès thérapeutique est imprévisible. forment un ensemble hétérogène pour lequel la seule valeur de la CMI n'est pas prédictive

30 Interprétation de l'antibiogramme (données brutes) Les résistances ne s'expriment pas toujours. L'étude des mécanismes de résistance permet d'établir des profils de résistance. Identification de souches difficiles à identifier.

31 SPECTRE CLINIQUE DES ANTIBIOTIQUES (SCA) L'antibiogramme n'est pas nécessaire si il y a prise en compte du spectre clinique des antibiotiques (SCA), Pour deux classes thérapeutique (habituellement sensibles et modérément sensibles) le recours à l'antibiogramme n'est pas nécessaire, cela implique qu'il n'y aura pas d'examen cytobactériologique. La prescription d'un antibiotique sans antibiogramme prend alors en compte la faible probabilité de la présence d'un mécanisme de résistance

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34 Ainsi 4 classes sont proposées au clinicien par espèce bactérienne: - HABITUELLEMENT SENSIBLE - MODEREMENT SENSIBLE - INCONSTAMMENT SENSIBLE - RESISTANTE

35 Demander un examen cyto-bactériologique avec antibiogramme est un acte quotidien, banalisé, Mais la prescription n'est pas toujours nécessaire, compte tenu de la quasi-certitude d'avoir une souche sensible aux antibiotiques.

36 «Je suis très inquiet à lidée de ce quil adviendrait dune population indemne jusquici, si un nouvel agent infectieux, venu dailleurs, venait à sy propager.» « Les maladies infectieuses ne disparaîtront jamais. Il en naîtra toujours de nouvelles; il en disparaîtra lentement quelques unes; celles qui subsisteront ne se montreront plus sous la forme que nous connaissons aujourdhui… » Le destin des Maladies Infectieuses.1926 et 1935

37 Avant la découverte de la pénicilline G

38 Après la découverte de la penicilline G

39 B ACTERIES M ULTI RESISTANTES Aux A NTIBIOTIQUES

40 Les BMR ne sont plus sensible quà un faible nombre dantibiotiques d ou risque dimpossibilité de traitement Nécessité de maitriser leur dissémination

41 Enjeu de santé public Le problème nest pas que celui de linfection mais celui de la dissémination Proportion élevée en France

42 Qui sont elles?

43 2 types de BMR selon le niveau de limplication des soins dans la transmission BMR Endémiques responsables dépidémies BMR sporadiques(rares) Autres BMR

44 BMR Endémiques Staphylococcus aureus Résistant à la Méticilline SARM ou « staph Meti-R » Entérobactéries BLSE« E-BLSE » BMR sporadiques Acinetobacter baumanii Entérocoques R aux Glycopeptiques ERG Autres BMR Entérobactéries Hyper productrice de céphalosporinase Pseudomonas aeruginosa « pyo »

45 Comment devient elles résistantes? Pression de sélection des ATB = création Dissémination

46 France Consommation dantibiotique élevée en France… à lhôpital aussi

47 Consommation dAntibiotiques Pression de sélection sur les bactéries Apparition de multi résistance.

48 Déterminants génétiques

49 Acquisition de R = acquisition dun gène de résistance MUTATION CHROMOSOMIQUE Acquisition de matériel génétique

50 MUTATION CHROMOSOMIQUE 15% des R acquises Naturelles, Rares, Spontanées Spécifiques : 1 ATB / 1espèce bactérienne Sensible à la pression de sélection des ATB Apparaît sous traitement dans la population initiale Peu de transmission

51 Effet de la pression de sélection sur lémergence de mutants

52 Antibiotique 2h

53 Antibiotique 4j

54 Déterminants génétiques MUTATION CHROMOSOMIQUE Acquisition de matériel génétique

55 85% des R acquises résistances Associées à +sieurs ATB Napparaît pas dans la population initiale Capacité > à disséminer épidémies 85% des R acquises résistances Associées à +sieurs ATB Napparaît pas dans la population initiale Capacité > à disséminer épidémies

56 Transfert de matériel génétique par Conjugaison bactérienne

57 Effet de la pression de sélection sur lacquisition de résistance par transfert

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61 Transfert

62 Antibiotique 2h

63 Antibiotique 4j

64 sensible résistant

65 Comment devient elles résistantes? Pression de sélection des ATB = création Dissémination

66 Dissémination par manuportage Réservoirs : excrétas : selles, urines E-BLSE, ERG écoulement, plaie SARM Fosses nasales SARM Transmission par manuportage contact direct avec patient, matériel de soins partagé, environnement proche Autre patient

67 Facteurs de risque dacquisition de BMR présence dans la même unité de porteurs de BMR longue durée de séjour nombre et durée des procédures invasives ratio charge de travail en soins/personnel inadéquat

68 Mode de transmission Multiples vecteurs de résistances Bactéries Eléments transférables portant les gènes de R Mobilité des patients entre les Hôpitaux, entre les Hôpitaux et les collectivités (EHPAD..) Multiplications des voyages et des échanges …..mondialisation des BMR

69 Klebsielle pneumoniae résistante aux carbapenemes Grèce et Israël

70 E faecium résistant à la Vanco

71 SARM Staphylococcus Aureus Résistant à la Meticilline

72 E. Coli R aux C3G

73 Que faire?

74 Sélection / création Bon usage des antibiotiques Que faire?

75 Dissémination / Transmission Procédures dhygiène Que faire?

76 Que faire? dissémination Réservoir Transmission manuportée Précautions standards Hygiène des mains / SHA Ou sont elles?... - Le plus souvent, on ne connait pas les patients porteurs de BMR : colonisation des fosses nasales, du colon … pas de signes cliniques - Pas de dépistage systématique

77 Que faire? dissémination Réservoir Transmission manuportée Précautions standards Hygiène des mains / SHA BMR identifiée Précautions complémentaires type contact à définir avec lHygiéniste : - BMR émergente? Épidémiogène? - résidants EHPAD / Long séjour ?

78 Bien connaitre, pour mieux maîtriser…

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