Le Monde des virus et des Prions

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1 Le Monde des virus et des Prions
F.Morinet

2 Les Prions

3 Les maladies neurodégénératives
Alzeimer-cortex enthorinal-mémoire patients protéine β amyloide (accumulation extra-cellulaire) protéine Tau(microtubule) Parkinson-noyaux gris centraux(neurones dopaminergiques) patients tremblement protéine α synuclein(corps de Lewy cytoplasmiques) Maladie à Prions: maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ)1-2cas/106/an France MCJv(maladie de la vache folle) 200 décés Atteinte neuronale qui s'étend à d’autres régions du cortex Dennis Science 2012 Hardy N Engl J Med 2012 Polymenidou J Exp Med 2012

4 [P]= nbre de protéines présentant les motifs d’agrégation
[nP]= nbre de fibres agrégées contenant [P] si P augmente [P]n est très grand , le ln est négatif ; ΔG est négatif. La formation de fibrilles est hautement favorable et spontanée La concentration de protéines mal repliées doit donc atteindre un seuil critique pour qu’il y ait formation de fibrilles; il s’agit d’une rupture d’équilibre avec les formes solubles de ces mêmes protéines. Une fois ce seuil atteint il existe un processus de nucléation (cristallisation) assurant la dissémination; ce processus est stochastique et rare expliquant peut-être l’émergence tardive des maladies neurodégénératives. Eisenberg Cell 2012 Simondon in « L’individu et sa genèse physico-biologique » 1995

5 La vie est associée à la production d’entropie et donc aux processus
irréversibles La production de protéines prions et de plaques amyloïdes débouche sur une nouvelle organisation spatio-temporelle; peut on parler de « structures dissipatives »? Prigogine 1998

6 Les maladies à Prions sont des maladies neurodégénératives
transmissibles (matériel de neurochirurgie) résultant de l’accumulation d’une protéine cellulaire normale mutée ce sont donc des maladies conformationnelles Eisenberg Cell 2012 Freed N Engl J Med 2001

7 Carrell Lancet 1997

8 La protéine « Prion » cellulaire
PrPc : 253 AA région N-ter clivage d ’un peptide signal de 22AA région C-ter clivage d ’une région hydrophobe de 23AA incorporation d ’un phospholipide glyco-inositol (GPI) ancrage dans les radeaux lipidiques 40% d ’hélices alpha Aguzzi Physiol Rev 2009

9 Les isoformes anormales de la PrPc
modification post traductionnelle de la PrPc conversion en PrPsc : proteine prion 40% feuillets beta , 30% hélices alpha insoluble en présence de détergent non dénaturant résistante partiellement à la protéinase K accumulation de PrPsc : formation d’agrégats formation de fibrilles amyloides(10% MCJ-100%MCJv) notion de souche(repliement)

10 Protéasome 26s ATP protéine-ubiquitine
ADP + Pi protéine dégradée Ubiquitine recyclée Protéine Prion Goldberg N Engl J Med 2007

11 De nombreux organismes ont des prions
Chévre et mouton(scrapie), bovins(encéphalopathie bovine spongiforme-maladie de la vache folle),vison, chats, cervidés…… Il s’agit le plus souvent de formes infectieuses Colby C S H Biol Perspectives 2011

12 Les protéines Prions peuvent avoir un rôle bénéfique
« La matiére devient plus active » Levure : la forme Prion apparue lors d’un stress permet de résister à une modification de l’environnement Drosophile: Orb2 qui contient un domaine prion joue un rôle dans la mémoire à long terme In vitro: la protéine MAVS s’agrège en forme Prion lui permettant de reconnaitre l’ARN viral et déclencher la synthèse d’Interféron alpha Li Neuron 2012 Ye Cell 2011 Halfmann Science 2010 Prigogine 1998

13 Le Kuru Les maladies humaines à Prions (1)
La maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ) Le syndrome de Gerstmann-Straussler-Scheinker (GSS) L ’insomnie fatale familiale (IFF) L ’angiopathie amyloide cérébrale (AAC) La maladie de la vache folle (MCJv)

14 Les maladies humaines à Prions (2)
Formes sporadiques : MCJ , 90% Formes familiales : MCJ ,5% à 10% , insertion/mutation du géne PRPN mode autosomique dominant, pénétrance variable. MCJ la plus fréquente, mutation au codon 200 Formes iatrogènes : MCJ ,10% , extraits hypophysaires, greffe de cornée greffe de dure-mère, électrodes intra-cérébrales Formes alimentaires : MCJv Cellule nationale de référence des maladies de Creutzfeld-Jakob Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière 2009

15 Les maladies humaines à Prions (3)
MCJ forme sporadique : 62 ans état dépressif 1à 2mois syndrome démentiel (100%) myoclonies (88%) syndrome extra-pyramidal (66%) syndrome cérébelleux (62%) évolution fatale en 6mois

16 Les maladies humaines à Prions (4)
MCJv : ans présentation psychiatrique ataxie cérébelleuse évolution vers le coma et la mort en 14 mois

17 Diagnostic des maladies à Prions
Approches diagnostiques :Biomarqueurs LCR (OMS) NSE Amygdale (MCJv)PrPsc Autres tissus ?? Imagerie IRM (MCJv) Certitudes diagnostiques : Biopsie cérébrale spongiose gliose astrocytaire perte neuronale PrPsc

18 Les Virus

19 Exemples de Virus à ADN Exemples de virus à ARN Réplication virale Origine des Virus Les rétrovirus endogènes La causalité

20 Exemples de Virus à ADN

21 Adénovirus Conjonctivites Pneumopathies

22 Papillomavirus Cancer du col utérin

23 Il existe des cofacteurs à ce processus cancéreux: le tabac.
Le cancer du col utérin est une maladie infectieuse sexuellement transmise. Il se déclare ans après une infection génitale par des papillomavirus oncogènes , types 16 et 18. Pendant ces ans les lésions génitales peuvent être détectées par frottis et traitées par chirurgie si nécessaire. Les protéines E6 et E7 des papillomavirus oncogènes activent le cycle cellulaire. Il existe des cofacteurs à ce processus cancéreux: le tabac. Des vaccins préventifs sont mis sur le marché, des vaccins thérapeutiques sont en cours d’étude. La détection des anomalies du col utérin induites par l’infection à papillomavirus par un frottis reste prépondérante Frazer Annu Rev Immunol 2011 Dervaux Institut de Veille Sanitaire Mars 2007

24 Herpesvirus Bouton de fiévre Herpes génitale Varicelle-Zona
Mononucléose infectieuse

25 Exemples de virus à ARN

26 Grippe A Tractus Respiratoire

27 Coronavirus Syndrome de détresse respiratoire

28 Rage

29 Ebola Fièvre hémorragique

30 VIH-1 SIDA

31 Un nouveau Paradigme (Kuhn)
Une nouvelle Epistémè (Foucault) Temin Des virus à ARN sont capable de se convertir en ADN et s’intégrer au génome cellulaire Temin & Mitzutani Baltimore Découverte de la Réverse Transcriptase

32 Les vecteurs rétroviraux
Ce sont des rétrovirus que l’on a rendu non pathogènes et qui comporte un gène médicament . Il y a production du gène inséré sans production virale. Utiles donc pour les maladies monogéniques # Déficit immunitaire (chaine Υc du récepteur à l’IL-2) bébés bulles 1998 équipe Fischer&Cavazzana-Calvo # Maladie démyélinisante du SNC liée X (Adrenoleucodystrophie) 2007 équipe Cartier&Aubourg # Anomalie de synthèse de l’Hémoglobine (β Thalassemie) 2010 équipe Leboulch-Beuzard Probléme: mutagénèse insertionnelle 2008 Hacein-Bey-Abina APHP-INSERM-Université-Institut Hématologie-CEA

33 Réplication virale

34 Titre viral Virions intracellulaires 1014 1012 1010 Virions extracellulaires 108 Latence 106 104 Eclipse 102 1 Temps heures 4 8 12 16 20 24

35 1) Pol. V 2) Rep TR RT

36 Tous Virus Rougeole Grippe A

37 Lalonde PNAS 2012 Heaton Trends in Microbiology 2011 Gottlinger Cell 2010

38 Dans tous les cas il s’agit d’un processus d’auto-organisation
L’assemblage des protéines virales fait intervenir un processus de nucléation: ex1)Une protéine se lie à l’acide nucléique, elle change de conformation ce qui crée un site d’ancrage ex2)Les protéines de structure s’assemblent à l’aide de protéines chaperones , forment des coques où l’acide nucléique va pénétrer;consommation d’ATP. Des séquences de reconnaissance sur l’acide nucléique assurent l’encapsidation de l’acide nucléique homotypique Dans tous les cas il s’agit d’un processus d’auto-organisation Atlan in « Auto-organisation et émergence dans les sciences de la Vie » 1999

39 « L’organisation d’ensemble d’un édifice multimoléculaire complexe est contenue en puissance dans la structure de ses constituants mais ne se révèle, ne devient actuelle que par leur assemblage…… La structure achevée n’était nulle part, en tant que telle préformée. Mais le plan de la structure était présent dans ses constituants eux-mêmes…..La construction d’une structure n’est pas une création, c’est une révélation. » Monod le Hasard et la Nécessité 1970

40 Origine des Virus

41 Abrescia NGA Ann Rev Biochem 2012

42 Trois hypothèses sont proposées pour l’émergence des virus
1)origine précellulaire (soupe primitive) 2)dérivé d’organismes unicellulaires 3)fragments d’acide nucléique qui ont échappé au contrôle cellulaire Forterre Virus Research 2006

43 Le virus de l’hépatite delta est un viroide –like à ARN
Il posséde une séquence auto catalytique qui clive l’ARN viral Cette séquence est appelé Ribozyme Notre génome comporte de nombreuses séquences identiques au Ribozyme du virus de l’hépatite delta Se pose donc l’origine du virus de l’hépatite delta? Taylor Future Microbiol 2010

44 Ferré-D’Amaré Cold Spring Harbor Perspec Biol 2010

45 Les rétrovirus endogènes

46 Exogene Endogene Porteur Porteur Infection (Maladie) Maladie ?

47 Weiss Retrovirology 2006

48 100 millions d’années infection par des rétrovirus
Virus à ARN possédant une réverse transcriptase Intégration dans la lignée germinale: ENDOGENE Molécules d’ADN avec en 5’ et en 3’ des LTR Les LTR sont rendus silencieux par méthylation des CpG Constituent 7 à 8% du génome humain Certains participent à la formation du placenta Activation d’oncogènes cellulaires ?? Engel Nature Medicine 2010

49

50 Comment dater l’intégration d’un rétrovirus endogéne?
Le rétrovirus s’intègre grâce aux LTR situés aux extrémités du génome viral Les deux LTR ont une séquence identique Apparition de mutations dans les LTR durant les divisions cellulaires Par exemple 4 mutations dans le LTR 5’ et 6 dans le LTR 3’ Donc en moyenne 5 mutations par LTR Si le LTR fait 400pb , on aura 5/400 mutations par site soit 0,0125 On divise 0,0125 par le nombre de mutations par site du génome cellulaire Soit 0,0125 / =5,7 millions d’années Plus l’intégration du rétrovirus endogène est ancienne ,plus il y a des mutations au niveau des LTR Feschotte Nature Review Genetics 2012

51 La causalité

52 Problème de la causalité
David Hume (XVIIIème siècle) scepticisme Karl Popper(XXème siècle) Réfutabilité

53 HIV Is Not the Cause of AIDS
Peter Duesberg Science 1988,241,514, 517 Postulats de Koch (XIXème siècle)