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La stringence dune hybridation entre acides nucléiques : a) A)est influencée par la température du milieu réactionnel b)est influencée par la salinité

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1 La stringence dune hybridation entre acides nucléiques : a) A)est influencée par la température du milieu réactionnel b)est influencée par la salinité du milieu réactionnel c)sera dite « élevée » ou « forte » si la concentration en sels est faible d)sera plus élevée ou forte si la sonde et les séquences criblées proviennent des espèces différentes Pendant la réplication de lADN : les nouvelles chaînes dADN commencent toujours avec une amorce dARN le brin tardif est constitué par les fragments Okazaki les erreurs sont éliminées par une activité 5-3 exonucléase une activité ligase est essentielle La transcription chez les eucaryotes : est lenchainement des ribonucléotides dans le sens 3-5 est assurée par une ARN polymérase ARN dépendant est toujours sous le contrôle des facteurs de transcription donne un transcrit primaire qui contient uniquement des exons Dans une cellule eucaryote : a.Il y a plusieurs ADN polymérases différentes b.Les ARNm porte une coiffe à lextrémité c.La traduction se déroule dans le noyau d.Les ribosomes se composent de deux sous-unités de 60S et 40S

2 X-gal est un produit chimique: a.Qui facilite la transformation des bactéries b.Pour faire la différence entre les plasmides recombinants et non-recombinants c.Qui donne une résistance aux antibiotiques d.Qui est métabolisé par lenzyme Eco R1 Les enzymes de restriction : a.coupent des liaisons hydrogène b.reconnaissent très souvent des séquences palindromiques c.sont des protéines d.reconnaissent toujours les séquences de 6 nucléotides Pendant lélectrophorèse de lADN : a.Les molécules dADN sont dénaturées b.les molécules sont séparées par leur charge c.les petites molécules migrent plus vite que les grandes molécules d.les molécules migrent vers le pôle positif Lesquelles des constats suivants sont vrais : a.La nucléase S1 digère lADN et lARN b.Le Klenow a une activité transcriptase inverse c.Eco R1 reconnait la séquence 3 GAATTC 5 d.La ribonucléase H est utilisée pendant la réplication de lADN

3 Pendant la réaction PCR ( Polymerase Chain reaction): La synthèse de lADN est toujours dans le sens A chaque cycle le nombre de chaine dADN est doublé 2.On dénature lADN à 72°C 3.On utilise les amorces de 9 nucléotides Pendant la traduction dun ARNm : Le codon dinitiation 5AUG3 sapparie avec la séquence 5CAU3 de lanticodon de lARNt Le codon dinitiation AUG se trouve à lextrémité 5 de lARN La traduction arrête quand la séquence poly A est reconnue par le ribosome Les codons Stop sont UAA, UGA et UAG En ce qui concerne linformation génétique dans le noyau dune cellule humaine : les chromosomes sont tous de la même taille une minorité de lADN code les protéines les télomères se trouvent aux extrémités des chromosomes la présence de plus ou de moins de 46 chromosomes est toujours létale Dans une banque ADNc : on trouve uniquement les séquences qui codent des acides aminés les ADNc sont de même taille le nombre de copie dun ARNm varie selon la transcription du gène correspondant les clones contiennent toujours un site EcoR1

4 Les sondes : sont toujours des molécules dADN radioactives peuvent être dADN ou dARN doivent être simple brin pendant lhybridation peuvent être non-radioactives Dans une banque génomique : on trouve uniquement des séquences qui codent des protéines on trouve des séquences chevauchantes la taille des inserts varie selon la taille des gènes dans le génome les séquences des promoteurs ne sont pas présentes On utilise deux enzymes de restriction différent dans le clonage dans un plasmide pour : être sûr de la digestion de plasmide augmenter les chances de produire des molécules recombinantes avoir un clonage orienté empêcher le plasmide de se re-circulariser Les histones : assurent lempaquetage de lADN chez les eucaryotes et chez les procaryotes contiennent les acides aminés lysine et arginine, qui donnent une charge positive peuvent être modifié par acétylation et méthylation sont des protéines synthétisées dans le noyau

5 Cochez la ou les réponses juste(s) : Toutes les cellules dans le corps humain contiennent 46 chromosomes Le chromosome Y détermine le sexe dun embryon Le transcriptome représente toutes les séquences présentes dans le noyau Les individus avec le syndrome de Down ont un chromosome en moins Un (e) chercheur va synthétiser de lADNc avant de le cloner dans un plasmide coupé avec Eco R1. Il /elle veut le cloner utilisant des linkers EcoR1. Il/elle va utiliser les enzymes dans lordre suivant pour préparer linsert : ligase, EcoR1 méthylase, nuclease S1, EcoRI nuclease S1, EcoR1 méthylase, EcoR1, ligase Nucléase S1, EcoR1 méthylase, ligase, EcoR1 ligase, nuclease S1, EcoR1, EcoR1 méthylase Les ARNm chez les cellules eucaryotes : porte un queue poly A à lextrémité 3 sont transcrits par ARN polymérase II sont lus par le ribosome dans le sens 3 5 ne porte que les séquences codantes

6 Un nucléotide A est mis en face dun nucléotide G par erreur pendant la transcription de lADN. Ce changement: a)va toujours donner une protéine avec un seul acide aminé différent b)va forcément changer tous les acides aminés après le changement c)peut navoir aucun effet sur les protéines produites par la cellule d)est normalement plus grave quand le nucléotide changé est le troisième dans un codon Soit la portion de séquence du brin non transcrit d'un gène eucaryote …5 AAT TTT CCG CAT GAA TTA CCC 3… Quelle est la portion de séquence de l'ARN messager correspondant ? a)3 UUA AAA GGC GUA CUU AAU GGG 5 b)5 UUA AAA GGC GUA CUU AAU GGG 3 c)5 AAU UUU CCG CAU GAA UUA CCC 3 d)3 AAT TTT CCG CAT GAA TTA CCC 5 les nucléosomes : 1.sont des complexes de protéines trouvés chez les eucaryotes 2.assurent un premier niveau de compaction de lADN qui senroule autour dun octamère dhistones 3.jouent un rôle dans la régulation de lexpression des gènes 4.sont constitués à partir de quatre protéines de séquences différentes La PCR (Polymerase Chain Reaction) : a)La synthèse de lADN est toujours dans le sens 3 5 b)On utilise en général une ADN polymérase qui provient des mitochondries c)Peut être utilisée pour faire une mutagenèse d)On utilise des amorces de petit taille (entre 6 et 9 nucléotides)

7 Vous clonez un fragment de 4kb, dont la carte est la suivante : 2,5kb EcoR1HindIIIEcoRI 1,5kb au site EcoRI dun plasmide de 3 kb. Le site multiple de clonage de ce plasmide contient un site HindIII et un site EcoRI. Quels types de fragments vous attendez-vous à obtenir après une digestion du plasmide recombinant avec lenzyme HindIII : a)des fragments de taille variable car le clonage est non-orienté b)des fragments de 1,5kb et 5,5kb ou 2,5kb et 4,5kb c)un fragment de 7kb d)des fragments de 3kb et de 4kb Pendant lélectrophorèse des molécules dADN linéaires sur un gel dagarose : a)Les molécules les plus petites migrent le plus vite b)Les molécules dADN migrent vers le pôle positif c)Les molécules dADN migrent vers le pôle négatif d)La séparation des molécules dépend en partie de la durée de lélectrophorèse Lépissage : a)est une étape de la maturation des ARN pré-messagers eucaryotes b)est assuré par lARN polymérase I c)se fait dans le cytoplasme après la transcription d)peut être dit « alternatif » et dans ce cas, est un moyen dobtenir des protéines différentes à partir dun même gène

8 Dans une cellule procaryote on trouve : des ribosomes 70S des mitochondries les introns dans lADN lARN pol ymérase II Lesquels des constats suivants sont vrais : a)lARN polymérase nest pas impliquée dans la réplication de lADN b)lARN polymérase possède une activité correction sur épreuves c)lARN polymérase peut commencer sans nécessiter damorce d)Les 3 types dARN dans une cellule eucaryote son transcrits par des polymérases différentes Les linkers, utilisés pendant le clonage des ADNc sont : a)Méthylés avant leur ligation aux molécules dADNc b)De lADN double brin c)De lADN qui contient un site de restriction d)Sont ajoutés après la méthylation de lADNc

9 Vous cultivez des souches d E.coli en absence ou en pr é sence de lactose. Vous r é alisez une hybridation sur puce à ADN en marquant l ADNc des bact é ries ayant pouss é sans lactose par un fluorochrome rouge, les autres par un fluorochrome vert: a)Les spots correspondant aux g è nes exprim é s qu en pr é sence de lactose seront color é s en rouge b)Les spots correspondant aux g è nes exprim é s qu en absence de lactose seront color é s en vert c)Les spots correspondant aux g è nes exprim é s dans les deux cas seront color é s en jaune d)Les spots correspondant aux g è nes non exprim é s seront color é s en jaune On r é alise une exp é rience de western blot: Lors de l é tape de transfert on r é alise un montage en empilant les é l é ments n é cessaires dans l ordre suivant : 1) é lectrode positive, 2) papiers imbib é s d é lectrolyte, 3) membrane de nitrocellulose, 4) gel de prot é ines, 5) papiers imbib é s d é lectrolyte, 6) é lectrode n é gative On utilise une immunoglobuline appel é e HRP qui se lie directement à la prot é ine que l on souhaite d é tecter On utilise un substrat fluorescent (comme par exemple la fluoresc é ine) qui apr è s action de la HRP sera d é tect é à l aide d un film photographique Il ne faut pas oublier de r é aliser un t é moin de charge qui permet de connaitre la taille des prot é ines. En ce qui concerne les mol é cules d ADN inject é es dans le pronoyau mâle pendant la production des souris transg é niques: Elles s int è grent toujours sur le chromosome X Elles doivent être lin é aires Plusieurs copies peuvent être int é gr é es dans le g é nome Elles doivent inclure un promoteur pour être exprim é es

10 Les plasmides Ti des agrobact é ries : 1.Sont simple brin 2.contiennent une r é gion vir portant des g è nes essentiels à l infection 3.sont des petits plasmides inf é rieurs à 10 kb 4.poss è dent des g è nes impliqu é s dans la synth è se des hormones v é g é tales Pour produire des souris knock-out il faut: Injecter l ADN lin é aire dans les cellules ES Des souris mâles vasectomis é es Traiter les cellules ES avec de l ampicilline Faire une s é lection avec G418 Lors de la r é g é n é ration in vitro de plantules à partir de cals : 1.une concentration é quivalente de cytokinine et d auxine entraine la formation d amas cellulaires indiff é renci é s 2.on utilise la propri é t é de totipotence des cellules v é g é tales en culture in vitro 3.en jouant sur les concentrations d auxine et de cytokinine on peut orienter la diff é renciation 4.un exc è s de cytokinines par rapport aux auxines entraine la formation de racines

11 Un Southern blot : Permet de d é tecter la pr é sence d une s é quence d ARN d int é rêt, par exemple un transcrit, au sein d un extrait d ARN totaux N é cessite l utilisation d un anticorps primaire sp é cifique qui est utilis é comme sonde Peut être r é alis é à l aide d une sonde chaude dont la pr é sence est r é v é l é e grâce à un film photographique Comporte une é tape de saturation de la membrane de nitrocellulose avec de l albumine de s é rum de b œ uf (BSA) La souris est un bon mod è le g é n é tique pour les maladies qui touchent l homme parce que: Elles sont des mammif è res Les mutations chez l homme et la souris donnent toujours le même ph é notype L organisation g é nomique de l homme et de la souris est tr è s semblable Les souris ont une reproduction rapide Dans le syst è me de transg é n è se v é g é tale, le vecteur binaire est un plasmide : 1.qui porte un site multiple de clonage 2.qui porte des g è nes de synth è se d auxine et de cytokinine 3.qui contient un g è ne de s é lection 4.d é pourvu de l ADN de transfert

12 Afin de détecter les virus présents sur des plants de Nicotiana clevelandii cultivés en plein champ, on extrait les acides nucléiques de plantes puis on les hybride avec une puce constituée d'une membrane sur laquelle ont été déposés des oligonucléotides permettant de détecter de nombreux virus à ARN de plantes. Les résultats obtenus après un rinçage à 55°C sont présentés dans la figure 1 ceux obtenus après un rinçage à 65°C sont présentés dans la figure 2. Figure 1: résultat de l'hybridation des acides nucléiques extraits de plants avec une puce permettant la détection de nombreux virus à ARN (les dépôts d'oligonucléotides sont répétés 3 fois). La température de rinçage après hybridation est de 55°C. Figure 2: résultat de l'hybridation des acides nucléiques extraits de plants avec une puce permettant la détection de nombreux virus à ARN (les dépôts d'oligonucléotides sont répétés 3 fois). La température de rinçage après hybridation est de 65°C. le lavage à 55°C est plus stringent la plante est infectée par deux virus la plante est infectée par trois virus la stringence des lavages est importante pour la spécificité de détection

13 Lors de la transgénèse végétale on réalise une co-culture des cellules végétales et dagrobactéries lADN de transfert sintègre toujours à la même position dans le génome on peut utiliser des antibiotiques on utilise des hormones végétales Dans un Southern blot : la migration par électrophorèse se fait dans des conditions dénaturantes pour empêcher la formation de structures secondaires lagent dénaturant est lurée ou le formaldéhyde lADN dintérêt est dénaturé par la soude lADN dintérêt est coupé en petits fragments par sonication (ultrasons) Lépissage, dans les cellules eucaryotes : est un processus nécessaire et indispensable pour la maturation dun ARN primaire peut entraîner la production de plusieurs protéines à partir dun même gène se fait en même temps que la transcription requiert des séquences consensus que lon retrouve dans tous les gènes Le système cre-lox peut-être utilisé pour : effacer un gène/exon dans un seul tissu effacer un gène/exon à un moment donné pendant la vie dune souris intégrer un gène dans le génome des cellules ES introduire des mutations ponctuelles dans le génome

14 Les 2 hormones utilisées pendant la transgenèse sont : 1.lœstrogène et la progestérone 2.la testosterone 3.les 2 hormones : la Luteinising hormone (LH) et la Follicle Stimulating Hormone(FSH) 4.lhormone thyroïdienne

15 La technique des puces à ADN est basée sur le principe : de la complémentarité des bases et de lantiparallélisme entre deux chaines dADN de linteraction de lADN avec des anticorps de linteraction de protéines exprimées avec un anticorps de la complémentarité entre une molécule dARN et une protéine Le vecteur binaire est un plasmide : Moins grand que le plasmide Ti possédant un site multiple de clonage possédant des gènes de synthèse dauxine et de cytokinine qui ne porte pas la région de virulence des plasmides Ti Dans un Northern ou un Southern blot : la stringence de lhybridation augmente avec la concentration en SDS la stringence de lhybridation diminue avec la concentration en sel la sonde peut être de lARN simple brin radioactif le transfert du gel sur la membrane se fait par électrophorèse Le gène Sry chez la souris : sexprime juste après la naissance code un facteur de transcription donne une souris mâle quand il sexprime chez les souris XX se situe uniquement sur le chromosome X

16 Lesquelles des étapes suivantes sont essentiels pour faire une souris knock- out : linjection des cellules ES dans un blastocyste un traitement des cellules ES avec de lampicilline lintroduction du gène Neo dans le génome des cellules ES lexpression du gène de lélastase Pour transformer les bactéries avec un plasmide il faut : prendre les bactéries en phase exponentielle de croissance mettre les bactéries dans un tampon qui contient du calcium ajouter du X-gal faire un choc thermique à 42°C En utilisant les puces à ADN, il est possible : didentifier des cellules tumorales didentifier des microorganismes présents dans leau détudier les protéines de diagnostiquer des maladies infectieuses Dans un western blot, le SDS sert à : conserver la structure tertiaire des protéines permettre la migration des protéines en fonction de leur taille donner une charge aux protéines en fonction de leur taille couper les protéines qui sont trop grandes


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