Etienne Danchin & Amandine Campan Présentation interne, pôle Santé des Plantes, Sophia - Antipolis Mercredi 21 avril 2010 Grille PACA ProActive : retour.

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1 Etienne Danchin & Amandine Campan Présentation interne, pôle Santé des Plantes, Sophia - Antipolis Mercredi 21 avril 2010 Grille PACA ProActive : retour d'utilisation dans le cadre de projets de recherche en biologie

2 Exemple 1 : projet MIE Projet : Détection de transferts horizontaux de gènes (organismes non métazoaires ↔ nématodes) 1 ère étape : Tester la présence des gènes de nématodes chez d'autres métazoaires. – Données : Protéomes prédits de 16 espèces, soit > 390 000 séquences – Outil : OrthoMCL, pour regrouper les protéines des différentes espèces si elles sont orthologues

3 OrthoMCL : – Comparer chaque séquence avec toutes les séquences du jeu (« BLAST tout contre tout ») – Créer les groupes de protéines orthologues => Calculs relativement importants Exemple 1 : projet MIE

4 Temps de calcul observés Grille PACA ProActive : < 1 journée Ordinateur de bureau (4 CPU, 6 Go RAM) : ~ 9 jours Exemple 1 : projet MIE => Gain de temps non négligeable

5 Projet : Identification de gènes de nématodes impliqués dans le parasitisme 1 ère étape : Identification de gènes spécifiques aux nématodes. Similaire exemple 1 (OrthoMCL) mais données plus nombreuses (25 espèces, > 570 000 séquences) Exemple 2 : projet NEMATARGETS => On aurait pu utiliser la grille Ordinateur de bureau (4 CPU, 6 Go RAM) : ~ 18 jours (observé) Grille PACA ProActive : ~ 1-2 jour(s) (estimé)

6 Exemple 2 : projet NEMATARGETS => Comparaison de chaque séquence du jeu d'intérêt avec toutes séquences de NR => Calculs également relativement importants 2 nde étape : Comparer des séquences protéiques d'intérêt avec les séquences publiques Données : Jeu de séquences d'intérêt : > 17 000 Base de séquences publiques NR (NCBI) : > 10 millions Outil utilisé : BLAST

7 Temps de calcul estimés Grille PACA ProActive : ~ 1-2 jours Ordinateur de bureau (4 CPU, 6 Go RAM) : ~ 2 à 5 jours* Exemple 2 : projet NEMATARGETS Gain de temps Machine personnelle disponible pour d'autres tâches => Prévu d'utiliser la grille pour cela (futur proche) * selon paramètres utilisés (filtre ou non, seuil de e-value...) et tests