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Variabilité sérologique et moléculaire du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) au NIGER. Mr ISSAKA Souley Doctorant Phytovirologue (Cocody/ INRAN),

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1 Variabilité sérologique et moléculaire du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) au NIGER. Mr ISSAKA Souley Doctorant Phytovirologue (Cocody/ INRAN), Mr ISSAKA Souley Doctorant Phytovirologue (Cocody/ INRAN), Dr D. FARGETTE, Phytovirologue (IRD), Dr D. FARGETTE, Phytovirologue (IRD), Dr. S. YACOUBA, Phytopathologiste (ADRAO), Dr. S. YACOUBA, Phytopathologiste (ADRAO), Pr. S. AKE, Phytopathologiste (Université Cocody), Pr. S. AKE, Phytopathologiste (Université Cocody), Mme. A. PINEL, Phytovirologue (IRD), Mme. A. PINEL, Phytovirologue (IRD), Dr A. SIDO, Sélectionneur (INRAN Niger), Dr A. SIDO, Sélectionneur (INRAN Niger), Mr. A. BASSO, Phytopathologiste, (INRAN Niger) Mr. A. BASSO, Phytopathologiste, (INRAN Niger) Mr. H. ABOUBACAR, Malherbologiste, (INRAN Niger) Mr. H. ABOUBACAR, Malherbologiste, (INRAN Niger)

2 Plan de présentation Introduction Introduction Présentation de la panachure jaune Présentation de la panachure jaune Objectifs de létude Objectifs de létude Matériels et méthodes Matériels et méthodes Matériels Matériels Méthodes Méthodes Résultats et discussion Résultats et discussion Conclusion Conclusion Perspectives Perspectives Remerciements Remerciements

3 Introduction Présentation de la panachure jaune: Présentation de la panachure jaune: maladie virale répandue, maladie virale répandue, seul continent africain, seul continent africain, tous les types de riziculture, tous les types de riziculture, toutes les zones rizicoles du Niger (pertes de 20 à 100%), toutes les zones rizicoles du Niger (pertes de 20 à 100%), lutte variabilité sérologique, moléculaire et pathogénique, lutte variabilité sérologique, moléculaire et pathogénique, diversité RYMV étudiée dans plusieurs pays: 6 souches du virus identifiées en Afrique, diversité RYMV étudiée dans plusieurs pays: 6 souches du virus identifiées en Afrique, Niger: variabilité RYMV peu connue (travaux INRAN) Niger: variabilité RYMV peu connue (travaux INRAN)

4 Objectifs de létude Objectifs de létude Étude variabilité sérologique et moléculaire du RYMV - Niger, Étude variabilité sérologique et moléculaire du RYMV - Niger, identification souche du virus, identification souche du virus, détermination origine et parenté phylogéniques, détermination origine et parenté phylogéniques, Connaissance étendue variabilité du RYMV au Niger. Connaissance étendue variabilité du RYMV au Niger.

5 Matériels et méthodes Matériels et méthodes Matériels Matériels - Matériel viral: 23 isolats du RYMV collectés en - Matériel viral: 23 isolats du RYMV collectés en champs et indexés sur IR (en 2004) champs et indexés sur IR (en 2004) Tableau 1 : Origine des isolats étudiés (voir diapo suivante) Tableau 1 : Origine des isolats étudiés (voir diapo suivante)

6 Code isolatOrigineHôteEcologie KAR1KarmaRizBas-fond (Rive Gauche) FIR12FirgouneRizBas-fond (Rive Gauche) DIO14DiomanaRizBas-fond (Rive Gauche) DIO25DiomanaRizBas-fond (Rive Gauche) BON16BonfébaRizBas-fond (Rive Gauche) BON2BonfébaRizBas-fond (Rive Gauche) NAM8NamariRizBas-fond (Rive Gauche) DIA9DiambalaRizBas-fond (Rive Gauche) TOU10ToulaRizBas-fond (Rive Gauche) DAB11DaïbéryRizBas-fond (Rive Gauche) SON12SonaRizBas-fond (Rive Gauche) GAY16GayaRizBas-fond (Rive Gauche) TAR18TaraRizBas-fond (Rive Gauche) SAG20SagaRizBas-fond (Rive Gauche) LIB22LiboréRizBas-fond (Rive Gauche) N'DO1N'doungaRizBas-fond (Rive Gauche) SEB25SéberiRizBas-fond (Rive Gauche) GAT1GatawaniRizBas-fond (Rive Gauche) SAI25Say IRizBas-fond (Rive Droite) SAI2Say IRizBas-fond (Rive Droite) MAL30MalanvilleRizBas-fond (Rive Droite) LAT32LataRizBas-fond (Rive Droite) CAR25Carey gorouRizBas-fond (Rive Droite)

7 Matériels (suite) Matériels sérologiques: Matériels sérologiques: Anticorps monoclonaux (Mabs M, G, E, D et A) spécifiques du RYMV-Niger (IRD Montpellier), Anticorps monoclonaux (Mabs M, G, E, D et A) spécifiques du RYMV-Niger (IRD Montpellier), Matériels Moléculaires: Matériels Moléculaires: - gène PC TOU10, KAR1 et CAR35, - gène PC TOU10, KAR1 et CAR35, - séquences nucléotides PC 6 souches du virus, - séquences nucléotides PC 6 souches du virus, - arbre phylogénétique du RYMV - arbre phylogénétique du RYMV

8 Méthodes Tests sérologiques: TAS-Elisa (décrit par Fargette et al. 2002), Tests sérologiques: TAS-Elisa (décrit par Fargette et al. 2002), Méthode : Méthode : anticorps polyclonal – antigène - anticorps monoclonal (gène PC)- anticorps polyclonal (anti-Ig de souris) conjugué à la phosphatase alcaline, anticorps polyclonal – antigène - anticorps monoclonal (gène PC)- anticorps polyclonal (anti-Ig de souris) conjugué à la phosphatase alcaline, lecture DO à 405nm (4 heures), lecture DO à 405nm (4 heures), Tests moléculaires: RT-PCR (décrite par A. Pinel et al et Traoré et al. 2005) Tests moléculaires: RT-PCR (décrite par A. Pinel et al et Traoré et al. 2005) Méthode : Méthode : extraction ARN viral TOU10, KAR1 et CAR35, extraction ARN viral TOU10, KAR1 et CAR35, transcription et amplification gène de leur PC, transcription et amplification gène de leur PC, séquençage gène de leur PC, séquençage gène de leur PC, Analyse et comparaison séquences de nucléotides obtenues (séquences existantes). Analyse et comparaison séquences de nucléotides obtenues (séquences existantes).

9 Résultats et discussion Résultats partiels Thèse duniversité Tableau 3 : Réactions caractéristiques des isolats testés (voir diapo suivante) Tableau 3 : Réactions caractéristiques des isolats testés (voir diapo suivante) * Test positif: DO >1

10 DO à 4 heuresMab MMab GMab EMab DMab ASouche BON244403S1 CAR S1 DAB S1 DIA943304S1 DIO S1 BON S1 DIO S1 FIR S1 GAT142402S1 GAY S1 KAR144404S1 LAT S1 LIB S1 MAL S1 NAM841104S1 NDO144402S1 SAG S1 SAI S1 SAI244403S1 SEB S1 SON S1 TAR S1 TOU S1

11 Résultats sérologiques (suite) Mabs G, E, M et A: tous les isolats testés, Mabs G, E, M et A: tous les isolats testés, Mab D: aucun isolat, Mab D: aucun isolat, Tous les isolats testés: sérotype S1, Tous les isolats testés: sérotype S1, Absence sérotypes S2 (tous Mabs sauf Mab A) et S3 (tous Mabs), Absence sérotypes S2 (tous Mabs sauf Mab A) et S3 (tous Mabs), souche RYMV-Niger semble homogène, souche RYMV-Niger semble homogène, prédominance souche S1en zone soudano sahélienne (Konaté et al., 1997; N guessan et al., 2000), prédominance souche S1en zone soudano sahélienne (Konaté et al., 1997; N guessan et al., 2000), variabilité sérologique faible (environnement rizicole Niger), variabilité sérologique faible (environnement rizicole Niger), souche RYMV-Niger: moins évoluée, souche RYMV-Niger: moins évoluée,

12 Résultats moléculaires Analyse 3 séquences spécifiques gène PC: Analyse 3 séquences spécifiques gène PC: Souche S1: 3 isolats testés, Souche S1: 3 isolats testés, Confirmation résultats sérologiques, Confirmation résultats sérologiques, Comparaison entre séquences: Comparaison entre séquences: souche S1-AC (S1-Afrique centrale), souche S1-AC (S1-Afrique centrale), Souche nigérienne: parente souches Bénin, Tchad, Nigeria, Cameroun et Togo (Fargette et al., 2004 Traoré et al., 2005), Souche nigérienne: parente souches Bénin, Tchad, Nigeria, Cameroun et Togo (Fargette et al., 2004 Traoré et al., 2005), Confirmation faible diversité sérologique RYMV- Niger. Confirmation faible diversité sérologique RYMV- Niger.

13 * * * * * Souche Afrique Ouest/Centrale Tchad Cameroun Nigéria Niger Bénin Togo nouveaux isolats * Arbre enraciné Méthodes de distance Modèle évolutif Kimura 2 % support de branches Echelle: substitutions/site 90 Phylogéographie du RYMV au Niger

14 Conclusion Les propriétés sérologiques et moléculaires des isolats testés: souche RYMV-Niger homogène, Les propriétés sérologiques et moléculaires des isolats testés: souche RYMV-Niger homogène, Souche parente: souches Bénin, Nigeria et Tchad (limitrophes du Niger), Souche parente: souches Bénin, Nigeria et Tchad (limitrophes du Niger), souche S1-AC (Afrique centrale). souche S1-AC (Afrique centrale).

15 Perspectives Tests sérologiques et moléculaires complémentaires: Tests sérologiques et moléculaires complémentaires: large gamme disolats RYMV, large gamme disolats RYMV, connaissance étendue diversité RYMV-Niger, connaissance étendue diversité RYMV-Niger, Nécessaires études pathogéniques et épidémiologiques: complément étude diversité, Nécessaires études pathogéniques et épidémiologiques: complément étude diversité, Résultats diversité du virus: intégrés programme régional lutte contre le RYMV, Résultats diversité du virus: intégrés programme régional lutte contre le RYMV, Financement complémentaire Financement complémentaire

16 Remerciements IFS, IFS, IRD/Montpellier, IRD/Montpellier, INRAN (Niger), INRAN (Niger), Centre du riz pour lAfrique Centre du riz pour lAfrique

17 MERCI POUR VOTRE ATTENTION THANK YOU AS-SALAM ALEIKOUM


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