Mr ISSAKA Souley Doctorant Phytovirologue (Cocody/ INRAN),

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1 Variabilité sérologique et moléculaire du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) au NIGER.
Mr ISSAKA Souley Doctorant Phytovirologue (Cocody/ INRAN), Dr D. FARGETTE, Phytovirologue (IRD), Dr. S. YACOUBA, Phytopathologiste (ADRAO), Pr. S. AKE, Phytopathologiste (Université Cocody), Mme. A. PINEL, Phytovirologue (IRD), Dr A. SIDO, Sélectionneur (INRAN Niger), Mr. A. BASSO, Phytopathologiste, (INRAN Niger) Mr. H. ABOUBACAR, Malherbologiste, (INRAN Niger)

2 Plan de présentation Introduction Présentation de la panachure jaune
Objectifs de l’étude Matériels et méthodes Matériels Méthodes Résultats et discussion Conclusion Perspectives Remerciements

3 Introduction Présentation de la panachure jaune:
maladie virale répandue, seul continent africain, tous les types de riziculture, toutes les zones rizicoles du Niger (pertes de 20 à 100%), lutte variabilité sérologique, moléculaire et pathogénique, diversité RYMV étudiée dans plusieurs pays: 6 souches du virus identifiées en Afrique, Niger: variabilité RYMV peu connue (travaux INRAN)

4 Objectifs de l’étude Étude variabilité sérologique et moléculaire du RYMV - Niger, identification souche du virus, détermination origine et parenté phylogéniques, Connaissance étendue variabilité du RYMV au Niger.

5 Matériels et méthodes Matériels
- Matériel viral: 23 isolats du RYMV collectés en champs et indexés sur IR (en 2004) Tableau 1 : Origine des isolats étudiés (voir diapo suivante)

6 Code isolat Origine Hôte Ecologie KAR1 Karma Riz
Bas-fond (Rive Gauche) FIR12 Firgoune DIO14 Diomana DIO25 BON16 Bonféba BON2 NAM8 Namari DIA9 Diambala TOU10 Toula DAB11 Daïbéry SON12 Sona GAY16 Gaya TAR18 Tara SAG20 Saga LIB22 Liboré N'DO1 N'dounga SEB25 Séberi GAT1 Gatawani SAI25 Say I Bas-fond (Rive Droite) SAI2 MAL30 Malanville LAT32 Lata CAR25 Carey gorou

7 Matériels (suite) Matériels sérologiques:
Anticorps monoclonaux (Mabs M, G, E, D et A) spécifiques du RYMV-Niger (IRD Montpellier), Matériels Moléculaires: - gène PC TOU10, KAR1 et CAR35, - séquences nucléotides PC 6 souches du virus, - arbre phylogénétique du RYMV

8 Méthodes Tests sérologiques: TAS-Elisa (décrit par Fargette et al. 2002), Méthode : anticorps polyclonal – antigène - anticorps monoclonal (gène PC)- anticorps polyclonal (anti-Ig de souris) conjugué à la phosphatase alcaline, lecture DO à 405nm (4 heures), Tests moléculaires: RT-PCR (décrite par A. Pinel et al et Traoré et al. 2005) extraction ARN viral TOU10, KAR1 et CAR35, transcription et amplification gène de leur PC, séquençage gène de leur PC, Analyse et comparaison séquences de nucléotides obtenues (séquences existantes).

9 Résultats et discussion Résultats partiels Thèse d’université
Tableau 3 : Réactions caractéristiques des isolats testés (voir diapo suivante) * Test positif: DO >1

10 DO à 4 heures Mab M Mab G Mab E Mab D Mab A Souche BON2 4 3 S1 CAR35 DAB11 2 DIA9 DIO14 BON16 DIO25 FIR12 GAT1 GAY16 KAR1 LAT32 LIB22 MAL30 1 NAM8 NDO1 SAG20 SAI27 SAI2 SEB25 SON12 TAR18 TOU10

11 Résultats sérologiques (suite)
Mabs G, E, M et A: tous les isolats testés, Mab D: aucun isolat,    Tous les isolats testés: sérotype S1,  Absence sérotypes S2 (tous Mabs sauf Mab A) et S3 (tous Mabs), souche RYMV-Niger semble homogène, prédominance souche S1en zone soudano sahélienne (Konaté et al., 1997; N’ guessan et al., 2000), variabilité sérologique faible (environnement rizicole Niger), souche RYMV-Niger: moins évoluée,

12 Résultats moléculaires
Analyse 3 séquences spécifiques gène PC: Souche S1: 3 isolats testés, Confirmation résultats sérologiques,  Comparaison entre séquences: souche S1-AC (S1-Afrique centrale), Souche nigérienne: parente souches Bénin, Tchad, Nigeria, Cameroun et Togo (Fargette et al., 2004 Traoré et al., 2005),  Confirmation faible diversité sérologique RYMV- Niger.

13 Phylogéographie du RYMV Afrique Ouest/Centrale
au Niger Souche Afrique Ouest/Centrale • nouveaux isolats * • Arbre enraciné • Méthodes de distance • Modèle évolutif Kimura 2 • % support de branches • Echelle: 0.005 substitutions/site * * Niger Bénin Togo * * * 90 Tchad Cameroun Nigéria

14 Conclusion Les propriétés sérologiques et moléculaires des isolats testés: souche RYMV-Niger homogène, Souche parente: souches Bénin, Nigeria et Tchad (limitrophes du Niger), souche S1-AC (Afrique centrale).

15 Perspectives Tests sérologiques et moléculaires complémentaires:
large gamme d’isolats RYMV, connaissance étendue diversité RYMV-Niger, Nécessaires études pathogéniques et épidémiologiques: complément étude diversité, Résultats diversité du virus: intégrés programme régional lutte contre le RYMV, Financement complémentaire

16 Remerciements IFS, IRD/Montpellier, INRAN (Niger),
Centre du riz pour l’Afrique

17 MERCI POUR VOTRE ATTENTION
THANK YOU AS-SALAM ALEIKOUM