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Présentation au sujet: "Pour parler avec centra En restant cliqué sur ce bouton En cliquant sur ce bouton Le micro est sur fond jaune lorsquil est activé"— Transcription de la présentation:

1 Pour parler avec centra En restant cliqué sur ce bouton En cliquant sur ce bouton Le micro est sur fond jaune lorsquil est activé

2 Enseigner au collège la classification et lévolution avec PHYLOGENE

3 Le téléchargement et linstallation Le téléchargement nécessite une inscription préalable pour recevoir les annonces: - de mises à jour du logiciel - de mises en ligne de nouvelles collections

4 Le téléchargement et linstallation Le fichier téléchargé est un fichier compressé. Il convient donc de la décompresser avec un décompacteur (WinZip, Winrar, 7zip…). La décompression peut se faire nimporte où. Deux possibilités à prendre en compte: -Téléchargement de la version de base - téléchargement des collections Vous devez obtenir une arborescence telle que celle présentée ci-contre:

5 Le contexte pédagogique Au collège Classification et histoire évolutive (sixième) Renouvellement des faunes et des flores au cours du temps (troisième) Places des fossiles dans la classification Cinquième et quatrième) Etablissement de liens de parenté (troisième) Au lycée Unité du monde vivant (seconde) Place de lHomme dans lévolution (première L) Parenté entre êtres vivants actuels et fossiles (terminale S)

6 Le contexte scientifique Les bases de la cladistiqueLes caractères et les états de caractèreLe sens dune classification emboîtéeLe sens dun arbre de parenté Le statut et les attributs de lancêtre communLa place des fossiles dans la classification

7 Le contexte scientifique Les bases de la cladistique « La cladistique vise à reconstruire la phylogénie dun taxon par distinction, au sein dun caractère, de létat primitif de létat dérivé. » « Seuls les états dérivés partagés sont des signes dapparentement exclusif. Les regroupements sur la base détats dérivés partagés conduisent à la création de groupes monophylétiques. » Classification phylogénétique du vivant (Guillaume Lecointre, Hervé Leguyader. Ed BELIN)

8 Le contexte scientifique Les caractères et les états de caractère La polarisation des caractères est une étape préalable à létablissement de toute phylogénie. Elle consiste à définir létat primitif et le ou les état(s) dérivé(s) dun caractère. Deux critères sont utilisés pour cette opération: o Le critère dextra-groupe (Utilisation dune espèce à lextérieur du groupe détude dont les états de caractère seront considérés comme primitifs) o Le critère ontologique (Ordre dapparition des états au cours du développement embryonnaire). *Les qualités de primitif et dérivé sont relatives au groupe étudié. Etats dérivés dans le groupe Tarsier, Macaque, Chimpanzé, Orang-outang Etat primitif dans le groupe Tarsier, Macaque, Chimpanzé, Orang-outang

9 Le contexte scientifique Le sens dune classification emboîtée Se retrouvent dans une même boîte, les taxons qui partagent un même caractère. L'emboîtement traduit un partage de caractères de plus en plus nombreux. « Cette structure en groupes emboîtés est un argument important pour établir lidée dévolution » Enseigner la classification et lévolution. Monique Dupuis et Jean-Claude. Hatier 2008 HATIER

10 Le contexte scientifique Le sens dun arbre de parenté Un arbre traduit graphiquement les liens de parenté entre les taxons étudiés. Les branches de larbre traduisent la transmission avec modification des caractères étudiés. Les nœuds correspondent aux origines communes ou ancêtres communs.

11 Le contexte scientifique Le statut et les attributs de lancêtre commun Lancêtre commun est une reconstitution. Il possède des caractères hérités et des innovations quil a transmis à toute sa descendance.

12 Le contexte scientifique La place des fossiles dans la classification Les fossiles par leur âge et leur positionnement dans larbre de parenté donnent un cadre temporel aux innovations visibles chez les différents ancêtres communs.

13 Le contexte scientifique La place des fossiles dans la classification Les fossiles permettent de visualiser les transformations des caractères.

14 Décrire la biodiversité: de lobservation à la matrice (sixième) 1)Choisir une collection 2)Observer pour déterminer les caractères de regroupement 3)Comparer pour déterminer la présence ou labsence des caractères choisis 4)Compléter la matrice taxons/caractères Ex: la mâchoire pour la collection vertébrés Le glossaire reprend le vocabulaire scientifique Comment décrire la biodiversité ?

15 Organiser la biodiversité: de la matrice aux groupes emboîtés(sixième) 1)Regrouper les caractères et les taxons dans le tableau 2)Traduire le tableau en groupes emboîtés 3)Rejouer le scénario 4)Sauvegarder/charger les tableaux et les groupes 5)Enregistrer/ouvrir un groupement emboîté 6)Imprimer le groupement emboîté Comment organiser la biodiversité ? Tableau de correction pour lordre des colonnes « Les organismes vivants sont classés en groupes emboîtés définis uniquement à partir des attributs quils possèdent en commun »

16 1)Ouvrir une matrice de référence. 2)Classer et afficher larbre de parenté 3)Les caractères de lancêtre et les groupements emboîtés (caractères hérités et innovations) 4)Limpression et la sauvegarde des arbres de parenté Caractères hérités et innovations de lancêtre Relation caractères/arbre/groupement « Les espèces apparaissent et disparaissent au cours des temps géologiques. Leur comparaison conduit à imaginer entre elles une parenté, qui sexplique par lévolution. » Tous parents: des groupes emboîtés à larbre de parenté (troisième)

17 Personnaliser Phylogène Créer une « configuration » Il est possible de créer des configurations personnalisées avec des taxons et des caractères choisis. Il est possible dexclure ou de lancer directement des activités. Le fichier.cph généré peut être directement ouvert avec phylogène en sélectionnant lexécutable lors de la première ouverture

18 Personnaliser Phylogène Les dessous du Phylini repertoires] Chemin-Collections= Spécifie le chemin des collections si elles ne sont pas dans larborescence [config] TypePolytom=hard afficher-arbre=oui enlever-taxon=non Collection-defaut= ColorerDerive=oui TabOblig=oui CodAuto= ModeCollege=non CodageExige=non La polytomie (plusieurs branches partent du même point) est vraie et non liée à une incertitude (soft) qui conduit le "chercheur" à mettre plusieurs taxons descendant d'un même ancêtre sans pouvoir choisir et préciser qui descend de qui. Les algorithmes ne sont pas les mêmes et par défaut il est préférable de choisir "hard" (dixit D. Goujet) Doit être à oui dans la version Lycée Doit être non dans la version collège Dans la version actuelle non est conseillé Si non, passage aux activités Classer, Grouper, Polariser, Arbre sans ouverture préalable explicite dune matrice par lutilisateur Si oui, le menu affiche les activités destinées au collège (Version Collège) Si oui, activité de codage (Polariser) obligatoire pour passer à lArbre au Lycée Si non, accès à lactivité Arbre avec le codage de référence de la collection ouverte Plusieurs de ces déclarations initiales dans phylini sont prises en compte dans les configurations (cph = configuration phylogene) ou ignorées, et pourraient disparaître ultérieurement de phylini.ini

19 Les collections Décrire et organiser la biodiversité SIXIEME Collection étang/jardin Collection Vertébrés collège Collection ménagerie Collection Santo Collection Arthropodes

20 Les collections TROISIEME Létablissement des liens de parenté Evolution de la biodiversité Lorigine commune des êtres vivants Transmission des caractères avec modification Le cadre temporel de lévolution Place de lHomme dans le monde vivant Collection Vertébrés collège Collection Forêt houillère Collection Unité du vivant Collection origine des Tétrapodes Collection fossiles Collection Vertébrés collège Collection Unité du vivant Collection Primates collège

21 Les ressources en ligne

22 Les ressources en ligne

23 Les ressources en ligne FORUM DOCUMENTATION

24 Remerciements A Jean-Claude HERVE Jean-François MADRE et Naoum SALAME


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