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Virus à Transmission Entérique MICROBIOLOGIE DCEM1 Mercredi 18 Février 2009 Nicolas LEVEQUE Laboratoire de Virologie CHU Robert Debré - Reims Mail :

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1 Virus à Transmission Entérique MICROBIOLOGIE DCEM1 Mercredi 18 Février 2009 Nicolas LEVEQUE Laboratoire de Virologie CHU Robert Debré - Reims Mail :

2 Virus à Transmission Entérique Entérovirus (poliovirus) Hépatite A Hépatite E Rotavirus Astrovirus Calicivirus Adénovirus

3 A. Virus entériques non responsables de diarrhées

4 1. Classification et structure Un genre de la Famille des Picornaviridae Comprend 89 sérotypes « humains » : Poliovirus 1 à 3 Coxsackievirus A et B Echovirus Enterovirus Les entérovirus

5 Oberste et al., 2001 o Classification actuelle : 4 espèces A, B, C, D Classification en constante évolution EV96 et 97 (Smura et al., J Gen Virol, 2007) EV79-88, EV-97 et EV (Oberste et al., Virus Res., 2007) Genre Rhinenterovirus 1. Classification et structure

6 1. Classification et structure La capside Canyon = zone dinteraction virus/récepteur Pleconaril

7 1. Classification et structure Le génome Petits virus nus à ARN simple brin Daprès Rueckert, 1996 Très conservée Très variable

8 2. Aspects épidémiologiques Antona et al., EJCMID, 2007 Surveillance de la circulation des entérovirus : Laboratoires participant au RSE au 1er janvier 2005

9 Distribution par tranches dâge des diagnostics positifs dinfection à entérovirus, RSE, France, Aspects épidémiologiques Antona et al., EJCMID, 2007 En % du total des prélèvements Age :

10 Saison : Les infections à EV évoluent toute lannée, y compris en hiver, sur un fond endémique avec un pic de mai à octobre 2. Aspects épidémiologiques Antona et al., EJCMID, 2007 Saisonnalité des infections à entérovirus, RSE, France, NB : Semaine 27 ~ Juillet

11 Sérotype : tous les sérotypes sont impliqués mais certains sont particulièrement épidémiogènes et méningotropes exemples : E6, E13, E30 Chomel et al., EJCMID, Aspects épidémiologiques Données du CNR de Lyon

12 2. Aspects épidémiologiques Serotype Total E % E % CV-B %

13 Clinique LCR Gorge Sang Selles 2 mois minimum (poliovirus) 1 à 2 jours 7 à 14 jours Incubation 1 à 2 jours 3. Physiopathologie

14 Les entérovirus en pathologie humaine : Infections fréquentes Asymptomatique ou bénigne dans plus de 90% des cas Gravissime chez limmunodéprimé et le nouveau-né Possibles atteintes cardiaques, hépatiques ou cutanéo- muqueuses Virus neurotropes 4. Clinique

15

16 Polios gris et muelos moelle. Infection de la substance grise de la corne antérieure de la moelle épinière (atteinte des neurones moteurs). Paralysie ascendante en quelques heures (Paralysies Flasques Aiguës ou PFA). Mortalité entre 5 et 10 % par paralysie des muscles respiratoires (poumons dacier). Paralysies résiduelles à des degrés variables. 4. Clinique : La Poliomyélite antérieure aiguë

17 Avant l'ère vaccinale morts infantiles/an 1988 Plan déradication lancé par lOMS Vaccin Polio Injectable (VPI), Inactivé, développé par Jonas Salk, contenant les 3 sérotypes de virus 1+2+3, immunité générale (IgG) Vaccin Polio Oral (VPO), atténué, Sabin, 3 sérotypes, immunité locale + générale 4. Clinique : La Poliomyélite antérieure aiguë

18 VPI Innocuité parfaite Immunogénicité parfaite Pas de retour possible à la neurovirulence Administration parentérale Cher VPO Administration orale et bon marché Immunité locale Immunité collective Possibilité de réversion (1 cas sur 10 7 ) Thermolabile

19 19 4. Clinique : La Poliomyélite antérieure aiguë cas dans 125 pays en en 2005 dans 4 pays

20 Les virus des hépatites –Hépatite A (HAV) –Hépatite B (HBV) –Hépatite C (HCV) –Hépatite D (HDV, agent delta) –Hépatite E (HEV) –Hépatite G (HGV)

21 Virus FamilleAcide nucléique / enveloppe Taux de mortalité % Infection chronique Mode de transmission HAV HBV HCV HDV HEV HGV Picornaviridae Hepadnaviridae Filaviridae Satellite Calicivirus-like Flavivirus ARN / non ADN / oui ARN / oui ARN 0,2-0,4 0, ,2-3 ? non oui non oui (peu sévère) fécal-oral parentéral parentéral fécal-oral parentéral Les virus des hépatites

22 Le VHA 1. Structure Famille des Picornaviridae Genre Hepatovirus Virus nu à ARN+ proche des entérovirus 1 seul sérotype

23 strictement humain Virus strictement humain Contamination fécale-orale Contamination fécale-orale : directe (mains) ou indirecte (coquillages, eau). 2. Épidémiologie –Zone tempérée fin automne sporadique ou petites épidémies limitées endémicité faible – < 15 % des sujets anticorps à 20 ans –Zone tropicale toute lannée anticorps présents chez la plupart des enfants endémicité forte – % des sujets anticorps à 20 ans

24 Incubation variable : 1 mois (4 à 6 semaines) Une hépatite virale évolue en trois phases : Pré-ictérique (4 à 7 jours) : troubles digestifs, asthénie, rash, arthralgies Ictérique (8 à 30 jours) : ictère, oligurie, décoloration des selles Phase de convalescence (plusieurs mois) Il existe des formes cliniques majeures (hépatite fulminante) ou mineures, voire inapparentes (Influence de lâge +++) 3. Clinique

25 Infection aiguëInfection chronique VirusHépatite asymptomatique Hépatite aiguëHépatite fulminante Hépatite Chronique Cirrhose Carcinom e VHA90%10% Rares 0.2 à 0.4% 000 VHB90%10% 1% 10%30%40% VHC95%5% 0 85%20%25% 3. Clinique

26 Sérologie Sérologie / tests ELISA : IgG + IgM (3 mois) PCR sérique 4. Diagnostic de lhépatite A

27 Prévention de lhépatite A hygiène = règles dhygiène (cf transmission fécale-orale, transmission par leau) 5. Prévention Vaccin contre le VHA Vaccin contre le VHA = vaccin inactivé ; 1 injection + rappel à 1 an + rappel à 10 ans (Havrix) vaccin combiné VHA + VHB (Twinrix)

28 –Caliciviridae ARN monocaténaire de polarité positive Virus nu –Épidémies à transmission fécale-orale Asie (Indes), Afrique et Amérique du sud –Hépatite aiguë en 2 à 10 semaines Grave chez femme enceinte, 3ème trimestre (mortalité 20%) –Diagnostic sérologique Le VHE

29 B. Virus entériques responsables de diarrhées

30 Over a 3 day period, one sick fisherman contaminated 23,000 bushels of oysters sold in about 14 states with a single strain of norovirus

31 En 2005: 14 outbreaks on 10 ships Some repeated after cleanup By sequence, some linked to common sources Multiple modes of spread Food, person- to-person

32

33 La majorité des épisodes de gastro-entérite sont dues à des virus Absence de diagnostic étiologique dans la plupart des cas 1910, Ito (Japon) « pseudo-cholera infantile » 1929, Zahorsky (St Louis, USA) « Winter vomiting syndrome » Virus Hiver Bactéries et parasites Été Reflète lamélioration du traitement des eaux Suède : Prévalence étés années 30 = hivers des années 80 Virus responsables de diarrhées

34 Rotavirus Calicivirus Norovirus (virus de Norwalk) et Sapovirus Astrovirus Adénovirus

35 1. Structure des virus Types 40 et 41

36 Famille des Reoviridae ARN génomique bicaténaire en 11 segments Capside icosaédrique Pas denveloppe 7 sérotypes : A à G A, B et C chez lHomme A Monde entier B Chine principalement C rares épidémies 1.1. Les Rotavirus

37 Observés pour la première fois en 1975 en microscopie électronique morphologie en étoile Famille des Astroviridae Virus nu à ARN monocaténaire + 8 sérotypes 1.2. Les Astrovirus

38 Famille des Caliciviridae Dépressions régulières à la surface de la capside calice Virus nus à ARN monocaténaire de polarité positive 2 genres / 2 génotypes : Norovirus et Sapovirus Norovirus = Virus de Norwalk (épidémie de gastro-entérites survenue en 1972 dans la ville de Norwalk (Ohio) 1977 Virus Sapporo 1.3. Les Calicivirus

39 Famille des Adenoviridae, genre Mastadenovirus ADN bicaténaire Capside icosaédrique Pas denveloppe 51 sérotypes « humains » 6 sous-groupe de A à F Adénovirus 40 et Les Adénovirus

40 2. Modes de transmission Fécale-orale Infectivité élevée (10 à 100 particules virales) Transmission directe : Rotavirus, adénovirus Transmission indirecte : virus Norwalk. Grande quantité de virus dans les selles (10 10 virus /ml de selles) Virus nus = résistants en milieu extérieur

41 3. Epidémiologie Pic dincidence des infections sévères entre 6 et 24 mois L'un des premiers motifs de consultation en médecine et principalement en pédiatrie Morbidité élevée / impact économique important 3 millions de consultations médicales/an en France hospitalisations aux USA chez lenfant de <5 ans Coût direct supérieur à 500 millions de dollars. Mortalité > 3 millions de décès annuels dans les PIVD

42 3. Epidémiologie

43 30-50 % des gastro-entérites aiguës de lenfant 70 % des gastro-entérites aiguës dans 1ère année de vie Touchera tous les enfants avant lâge de 5 ans 140 millions de cas/an 18 millions diarrhées sévères (90% des gastro-entérites hospitalisées) 600 à décès 3.1. Épidémiologie des rotavirus

44 3.1. les rotavirus Pays développés : principale cause dhospitalisation des nourrissons 1ere cause dinfections nosocomiales pédiatriques (15 %) Décembre – janvier : concomittantes des épidémies de viroses respiratoires (VRS, grippe) engorgement hôpitaux

45 1.5 à 9% des selles denfants diarrhéiques 1 à 2% des selles denfants asymptomatiques Épidémies de gastro-entérites en collectivité –Hôpitaux, maisons de retraite, crèches … 75% des enfants séropositifs à 10 ans 3.2. les Astrovirus

46 1ère cause GEA dans les pays développés 85% des gastro-entérites tout âge confondu aux Pays-bas Adulte > enfants Épidémies de gastro-entérites collectivités –maisons de retraite, hôpitaux, crèches –bateaux de croisière, … Consommation eau, aliments et coquillages souillés 3.3. les calicivirus

47 Cause endémique de gastro-entérites (5%) dans les collectivités –maisons de retraite, hôpitaux, crèches et orphelinats Tout âge Chez lenfant +++ <6 mois Infections parfois sévères cas dentérocolite nécrosante chez limmunodéprimé 3.4. les adénovirus

48 4. Physiopathologie Multiplication du virus dans les entérocytes Perturbation de lactivité électrolytique Perte deau et électrolytes Excrétion virale très abondante (début +++) Synthèse danticorps IgM, IgG et IgA sécrétoires

49 5. Clinique

50 De courte durée (<7 jours) Début brutal Diarrhées, vomissements Fièvre Douleurs abdominales Déshydratation troubles hydro-électrolytiques Irritabilité, anorexie

51 5. Clinique Diarrhées aqueuses (pas de sang ni de mucus) Nombreuses formes asymptomatiques ou modérées (Adéno et rota +++)

52 5. Clinique VirusDurée moyenne d'excrétion fécale Rotavirus10 jours Calicivirus3 jours Astrovirus12 jours Adénovirus10 jours

53 6. Diagnostic selles Pvt = selles 0 sérologie

54 Test rapide immuno-enzymatique unitaire sur membrane 6. Diagnostic

55 7. Traitements/Prophylaxie 0 traitement antiviral 1 vaccin hygiène Prévention = hygiène (lavage des mains) Traitement symptomatique = réhydratation Voie orale : soluté réhydratation orale (SRO)(sodium-glucose) environ 60 ml toutes les min systématique le nourrisson ne connaît pas la soif ! Voie intraveineuse : Si perte de poids > 10 % poids du corps

56 ROTAVIRUS: Vaccination Principes et généralités: Vaccin oral à virus vivant/immunisation active (Ac neutralisants + IgA) Prévention de la gastro-entérite du nourrisson 2 à 3 doses successives à 1 mois dintervalle Chez le nourrisson à partir de 6 semaines Confère une protection >85 % vis à vis des infections sévères Effet secondaires mineurs: pas dinvaginations intestinales Rota Teq (Merck) Rotarix (GSK)

57 ROTAVIRUS: Vaccination Principes et généralités: Capside icosaédrique formée dune triple couche de protéines Couche externe = VP7 + spicules de VP4 Couche intermédiaire = VP6 Couche interne VP2

58 ROTAVIRUS: Vaccination 3 principales protéines antigéniques : VP4, VP6 et VP7 VP6 groupes A à G (Groupes A, B et C : homme) VP7 antigène de neutralisation (spécificité G = 14 génotypes) VP4 protéine dattachement (spécificité P = 20 génotypes) G1P8,G2P4,G3P8,G4P8 95% des souches en Europe + Émergence de G9P8

59 ROTAVIRUS:Vaccination Rota Teq (Merck) »Vaccin pentavalent: 5 virus réassortants humain/bovins (souches faiblement réplicatives dans lintestin: faible excrétion virale) »Infections sévères à ROTAVIRUS: Taux de protection de 98,2% contre les G1-G4 et de 74% contre un sérotype G non contenu dans le vaccin (protection croisée)

60 RotaTeq®

61 ROTAVIRUS:Vaccination Rotarix (GSK) Vaccin monovalent vivant atténué issu dune souche humaine G1P8 / réplication intestinale et élimination dans les fèces > 50% des enfants vaccinés (GSK) Infections sévères à ROTAVIRUS: Taux de protection de 85 % de 63% contre tous les types dinfections à Rotavirus dans les pays en voie de développement (protection croisée) Réduction de 63% des cas hospitalisation des enfants < 1 AN NEJM 2006, 354, 11-22

62 ROTAVIRUS:Vaccination Rota Teq (Merck) et Rotarix (GSK) Précautions demploi: immuno-dépression congénitale ou médicamenteuse, transfusions sanguines ou dérivés sanguins ou Immunoglobulines dans les 42 jours précédents, affection en cours par le rotavirus, nourrissons <6 semaines Effets indésirables: Fièvre, irritabilité, diarrhées, vomissements Association possible aux autres vaccins pédiatriques homologués antiviraux et antibactériens y compris le vaccin anti- pneumoccocique et les vaccins hexavalents

63 Autres virus responsables de diarrhées : Entérovirus (méningite virale; Coxsackievirus, polio) Coronavirus (syndrome respiratoire, SRAS)

64

65 Cas clinique

66 Le 29 mars 2006, la Ddass du Calvados était informée par la mairie de Hermanville-sur-Mer de la survenue de cas groupés de gastro-entérite parmi des pilotes de chars à voile ayant participé à une compétition organisée sur la plage communale pendant le week-end du 25 au 26 mars Un contact avec le club local de voile permettait de confirmer le signalement dune dizaine de pilotes ayant présenté au cours ou à lissue de la compétition une gastro-entérite aiguë (GEA) associée parfois à des irritations oculaires. Aucun malade nétait signalé parmi les organisateurs et accompagnateurs. La compétition avait regroupé 77 compétiteurs. Des ventes alimentaires (boissons, sandwichs) étaient organisées sur le site de compétition et les pilotes avaient la possibilité de participer le samedi soir à un dîner commun préparé par le Centre régional des oeuvres universitaires et scolaires (Crous) de Caen. Lors des compétitions, les pilotes de chars à voile allongés dans leur engin à environ cinquante centimètres du sol, sont soumis à des projections de sable humide et deau. Daprès la mairie et le club organisateur, les pilotes malades mettaient en cause la présence sur la plage découlements deaux pluviales et deaux usées issues dune station dépuration domestique.

67 Cas clinique Deux premiers cas étaient survenus dans la nuit du 25 au 26 mars (à 22h00 et 02h30) précédant denviron une journée les autres malades. Les symptômes étaient apparus majoritairement groupés entre le 26 mars à 18h00 et le 27 mars à 12h00. Ils correspondaient principalement à une diarrhée (95,2 %), des vomissements (71,4 %), des douleurs abdominales (81 %), des nausées (76,2 %) et une fièvre a priori modérée (61,9 %). Trois cas rapportaient des picotements oculaires. Aucun cas navait été hospitalisé et douze cas (57,2 %) avaient consulté.

68 Cas clinique Diagnostic étiologique ? (sur quels éléments dorientation?) Diagnostic biologique?


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