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Apport du laboratoire dans le diagnostic et le traitement des infections Le prélèvement. Lexamen au laboratoire. Les relations entre le laboratoire et.

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1 Apport du laboratoire dans le diagnostic et le traitement des infections Le prélèvement. Lexamen au laboratoire. Les relations entre le laboratoire et le service demandeur.

2 Le prélèvement : conditions générales (1) dans les règles de soins et dhygiène avant ladministration dantimicrobiens. le plus tôt possible dans le processus infectieux -au plus près du foyer initial (ou des lésions secondaires ) -éventuellement au niveau de la porte dentrée et sur les voies d excrétion.

3 Le prélèvement : conditions générales (2) quantité la plus importante possible de matériel. méthodes différentes selon les micro- organismes recherchés, les organes à prélever, le type des lésions, lenjeu du diagnostic.

4 Le prélèvement : conditions générales (3) éviter la contamination des prélèvements (bactéries de lenvironnement et bactéries commensales) -> respect des règles dhygiène -> matériel stérile à usage unique. -> dispositifs spéciaux -> décontamination de la surface à prélever

5 Le prélèvement : conditions de recueil dans un récipient : stérile, à usage unique étanche et fermé hermétiquement identifié : nom et prénom du malade, nature et site du prélèvement. date et heure du prélèvement. introduit dans un sac plastique étanche et fermé hermétiquement

6 Le prélèvement : conditions de transport (1) idéalement : prélèvement effectué au laboratoire. si transport de < 30 mm pour les petits échantillons ou de < 2 heures pour les autres : tube sec stérile. si transport de > 2 heures : –inoculation dans un flacon dhémoculture anaérobie et dans un tube sec stérile. –conservation :- tube stérile: à +4°C * - flacon: à 37°C (ou t° ambiante) si transport de >24 heures: milieu de transport type Portagerm * sauf échantillons respiratoires et LCR

7 Le prélèvement : conditions de transport (2) cas spéciaux* nécessitant la congélation du prélèvement : recherche de - virus enveloppés, - Bartonella * contacter le laboratoire avant de prélever

8 Le prélèvement : refus d analyse échantillons –reçus dans des récipients non étanches –mal conservés –non étiquetés –inappropriés aux analyses prescrites même type d échantillon quun échantillon reçu le même jour ( sauf hémoculture, LCR ou en cas d aggravation de la situation clinique ).

9 Examen au laboratoire Diagnostic direct : mise en évidence de lagent infectieux Diagnostic indirect : mise en évidence de la réaction de lorganisme à la multiplication de lagent infectieux = sérologie

10 Les étapes de l examen bactériologique classique examen microscopique culture tests de sensibilité aux antibiotiques

11 L examen microscopique (1) effectué directement sur le prélèvement, à létat frais et après coloration de Gram (ou autre:ex, Z. Neelsen) résultats le jour même du prélèvement détecte la présence de: - bactéries (si suffisamment nombreuses) - polynucléaires neutrophiles

12 L examen microscopique (2): les bactéries flore polymorphe ou monomicrobienne cocci ou bacilles, mobiles ou non Gram+ ou Gram - -> indications pour le choix des milieux à ensemencer -> base pour interprétation du résultat des cultures. -> indications pour la mise en place du traitement

13 Coloration de Gram: cocci à gram positif

14 Coloration de Gram: bacilles à Gram négatif

15 L examen microscopique (3): les polynucléaires neutrophiles la présence de polynucléaires neutrophiles* ± altérés est en faveur dune infection bactérienne. *cas des liquides de ponction : recherche par coloration cytologique (May Grunwald Giemsa)

16 La culture (1) sur différents milieux* : solides, liquides, enrichis, sélectifs, en aérobiose et parfois en anaérobiose. colonies en milieu solide et trouble en milieu liquide isolement impératif pour distinguer les différentes espèces présentes. *certaines espèces requièrent des milieux et des conditions de mise en culture spéciaux (mycobactéries, Rickettsies, Chlamydia).

17 La culture (2) résultats obtenus habituellement en 24 heures ( mais parfois plusieurs jours ou semaines selon les bactéries). -> permet de faire la détection des bactéries qui nont pas été observées à lexamen microscopique. lappréciation quantitative des bactéries présentes. l identification des différentes espèces et si nécessaire lantibiogramme.

18 L identification de la culture (1) effectuée par étude des caractères culturaux et biochimiques avec des trousses d identification commercialisées (gammes API) habituellement en quelques heures ( 24 heures ou moins )

19 L identification de la culture (2): cas des bactéries à croissance lente et/ou difficile -> étude des caractères génotypiques hybridation avec des sondes spécifiques en utilisant des trousses commercialisées (ex: sonde pour mycobactéries), résultats en quelques heures.

20 Test de sensibilité aux antibiotiques effectué par la technique de lantibiogramme résultats en 24 h. -> aide à la mise en place du traitement spécifique: -indispensable en cas déchec du traitement ou de rechute. - utile pour les espèces concernées par la résistance acquise* *résistance naturelle = partagée par toutes les souches d une même espèce. résistance acquise = concerne seulement certaines souches de l espèce.

21 Techniques de détection rapide 1. recherche d antigènes solubles. 2. amplification génique.

22 Recherche d antigènes solubles dans les urines, le LCR. en utilisant des anticorps connus, spécifiques de la bactérie recherchée résultats rapides (1 à 2 heures) pour : – des infections à bactéries de croissance difficile (légionelle,pneumocoque) – des infections décapitées (méningite) limites : manque de sensibilité

23 Amplification génique principe : multiplier le génome (une fraction spécifique) de la bactérie sans multiplier la bactérie diverses techniques dont la PCR intérêt : rapidité (1 journée) et sensibilité (sauf BK) pour la mise en évidence directement dans le prélèvement de bactéries à croissance lente ou /et difficile (et de nombreux virus) quand des trousses sont disponibles dans la commerce

24 Relations entre le laboratoire et le service demandeur -le service clinique doit fournir les renseignements utiles à la qualité de l analyse: éléments cliniques, traitements pouvant interférer dans l analyse, contexte épidémiologique … - linterprétation des résultats et lélaboration de la stratégie thérapeutique doivent être faites après confrontation des résultats avec les données cliniques.

25 La sérologie (1) = mise en évidence danticorps dans le sang par formation de complexes antigène- anticorps, en utilisant des antigènes spécifiques du micro-organisme recherché diverses techniques de révélation des complexes:agglutination, fluorescence…

26 La sérologie (2) sang prélevé sur tube sec stérile résultats en heures 2 prélèvements pour mettre en évidence la montée du taux des anticorps: un le plus tôt possible et lautre environ 15 jours plus tard en bactériologie: réservé aux cas de diagnostic direct difficile (ex: brucellose, légionellose, mycoplasmes, chlamydia…) très utilisé en virologie et parasitologie

27 Bactéries et antibiotiques

28 Structure des bactéries Bactérie = Cellule procaryote Paroi Membrane cytoplasmique Cytoplasme Chromosome circulaire

29 Les antibiotiques Cible: les différentes voies métaboliques des bactéries

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31 ANTIBIOTIQUES INTERVENANT DANS LA SYNTHESE DE LA PAROI -LACTAMINES GLYCOPEPTIDES FOSFOMYCINE BACITRACINE

32 Cible daction des béta-lactamines

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34 ANTIBIOTIQUES ACTIFS SUR LES MEMBRANES POLYMYXINES

35 ANTIBIOTIQUES INHIBANT LA SYNTHESE OU L'EXPRESSION DE LADN QUINOLONES RIFAMPICINE INHIBITEURS DE LA SYNTHÈSE DES FOLATES : SULFAMIDES ET TRIMETHOPRIME 5-NITRO-IMIDAZOLÉS NITROFURANES

36 ANTIBIOTIQUES INHIBANT LA SYNTHESE DES PROTEINES MACROLIDES ET APPARENTES TETRACYCLINES AMINOSIDES CHLORAMPHENICOL ACIDE FUSIDIQUE

37 Synthèse des protéines

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40 Les champignons et les anti fongiques

41 Caractéristiques des champignons Cellules qui produisent de lénergie (glycogène), se reproduisent (spores) Paroi rigide (polysaccharides) Membrane cytoplasmique (ergostérol) Noyau avec membrane nucléaire Cytoplasme avec des mitochondries

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50 Les virus

51 Structure virale Un acide nucléique, ADN ou ARN Un complexe protéique protecteur, la capside Une enveloppe (membrane lipidique) facultative

52 La multiplication virale Virus = être très simple incapable de se multiplier seul Pas de matières premières Pas de sources dénergie Pas denzymes Seulement linformation génétique pour la réplication: utilisation de la machinerie de la cellule infectée

53 LA MULTIPLICATION DU VIRUS DANS LA CELLULE CIBLE LA MULTIPLICATION DU VIRUS DANS LA CELLULE CIBLE A : Attachement B : Pénétration C : Décapsidation D : Réplication E : Synthèse des protéines virales (par traduction des ARNm viraux) F : Assemblage G : Libération des virions néoformés par bourgeonnement ou fusion-lyse

54 Les antiviraux Ne visent pas les virus eux-mêmes qui sont métaboliquement inertes Bloquent le cycle de multiplication des virus, à différentes étapes

55 PRINCIPAUX ANTIVIRAUX PRINCIPAUX ANTIVIRAUX PÉNÉTRATION ET DÉCAPSIDATION T-20 ou pentafuside= FUZEON® T-20 ou pentafuside= FUZEON® Produit actif sur le virus de limmunodéficience humaine : inhibiteur de fusion Produit actif sur le virus de limmunodéficience humaine : inhibiteur de fusion Amantadine = (MANTADIX®) = Chlorhydrate d'amino-L-adamantane Action sur les virux grippaux (Influenzavirus A et B) Action sur les virux grippaux (Influenzavirus A et B) Amantadine

56 1. Inhibiteurs par compétition avec un nucléotide naturel ou par terminaison de chaîne = Analogues nucléosidiques (analogues de base ou de sucre de lacide nucléique) ex: - aciclovir ou ZOVIRAX® (herpes virus) - ganciclovir ou CYMEVAN® (cytomégalovirus) - ganciclovir ou CYMEVAN® (cytomégalovirus) - zidovudine (AZT) ou RETROVIR*® (Hiv) - zidovudine (AZT) ou RETROVIR*® (Hiv) -lamivudine (3TC) ou EPIVIR®,…. -lamivudine (3TC) ou EPIVIR®,…. RÉPLICATION RÉPLICATION incorporation au cours de la synthèse de lacide nucléique viral

57 2. Inhibiteurs non nucléosidiques denzyme virale Névirapine (VIRAMUNE®) Efavirenz ou SUSTIVA®,… Action sur le VIH Action sur le VIH Névirapine

58 3. Incorporation directe à lADN viral Acide phosphonoformique (FOSCAVIR®) = PFA = foscarnet Action sur les virus herpes simplex, varicelle-zona, cytomégalovirus… Action sur les virus herpes simplex, varicelle-zona, cytomégalovirus…

59 MATURATION inhibiteurs de protéases Nelfinavir ou VIRACEPT® Saquinavir ou INVIRASE Saquinavir ou INVIRASE Action sur les virus de limmunodéficience humaine Action sur les virus de limmunodéficience humaine

60 LIBÉRATION Inhibiteurs de la neuraminidase Inhibiteurs de la neuraminidase 4- guanidino-Neu5Ac2en = Zanamivir ou RELENZA® 4- guanidino-Neu5Ac2en = Zanamivir ou RELENZA® Oseltamivir ou TAMIFLU® Oseltamivir ou TAMIFLU® Action sur les virus grippaux (Influenzavirus A et B) Action sur les virus grippaux (Influenzavirus A et B) Zanamivir

61 Schéma de multiplication du VIH et cibles thérapeutiques

62 Les interférons Dégradation des ARN messagers par activation dune ribonucléase arrêt de la production des protéines virales


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