La presse médicale – Médecine factuelle

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1 La presse médicale – Médecine factuelle
Pr Xavier MORANDI Service de Neurochirurgie CHU Rennes

2 « Evidence-based medicine »
La médecine factuelle est l’utilisation consciencieuse, explicite et judicieuse des meilleures données disponibles pour la prise de décisions concernant les soins à prodiguer à chaque patient, […] une pratique d’intégration de chaque expertise clinique aux meilleures données cliniques externes issues de recherches systématiques. Connaissances explicites # connaissances implicites

3 La médecine factuelle – « evidence-based medicine »
n’est pas suffisante…

4 Mais, sans l’expertise clinique, la pratique risque de tomber
sous la tyrannie de la preuve, puisque même les plus excellentes preuves externes peuvent être inaplicables ou inappropriées au patient spécifique

5 Le processus de la médecine factuelle implique 4 étapes:
1- formulation d’une question clinique claire et précise 2- recherche dans la littérature d’articles cliniques pertinents et appropriés sur le problème 3- évaluation critique de la validité et de l’utilité des résultats trouvés, i.e niveau de preuve 4- mise en application des résultats de l’évaluation dans la pratique clinique pour une prise en charge personnalisée de chaque patient

6 L’analyse cognitive du travail
La notion de conflit cognitif : un problème potentiel, une opposition : entre l’acte chirurgical et l’état du patient à l’intérieur même du système de travail 3 niveaux de contrôle cognitif régulant le comportement: SRK (Rasmussen, 1986): Le niveau basé sur les habiletés (Skills) Le niveau basé sur les règles (Rules) Le niveau basé sur les connaissances (Knowledge)

7 L’analyse cognitive du travail
Hypothèses : La capacité de traiter plusieurs niveaux de contrôle cognitif augmente en fonction du niveau d’expertise et en fonction de la complexité du cas Plus le chirurgien sera « expert », plus l’articulation entre les niveaux de contrôle sera forte (corrélation entre eux). Plus le cas clinique sera difficile, plus les régulations se feront selon les trois niveaux de contrôle cognitif pour le neurochirurgien expert (corrélation avec la difficulté du cas).

8 Étude des verbalisations des neurochirurgiens en phase préopératoire :
6 neurochirurgiens divisés en trois niveaux d’expertise : novice, intermédiaire, expert; 9 cas cliniques de difficulté croissante.

9 Intermediates Experts Novices
Different needs of information according to the level of expertise of surgeon related to the complexity of the surgical case Novices

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12 Le fonctionnement d’une revue scientifique (1)
Objectif: favoriser la connaissance par la diffusion des faits et des idées. Politique éditoriale: le domaine scientifique considéré peut être large (N Engl J Med) ou étroit (J Metastases). Selon les revues, on trouve à des degrés divers les différents types de publications MAIS souvent une majorité d’articles originaux. Rôle du comité de rédaction (Editor, Associate Editors) - Expertiser le contenu scientifique des manuscrits: correspond t’il aux objectifs scientifiques de la revue? Juger la valeur scientifique. - Assurer le fonctionnement des différentes rubriques du journal. - Promouvoir la revue: séries thématisées, publications d’abstracts de congrès, numéro spécial dédié à un sujet particulier…

13 Le fonctionnement d’une revue scientifique (2)
Fonctionnement du comité de rédaction: Rédacteur en chef et rédacteurs associés doivent partager la culture scientifique de la discipline, l’expérience de la publication et de la rédaction scientifique, l’impartialité du jugement et une parfaite indépendance. La sélection des manuscrits est réalisée par des experts (lecteurs, reviewers…) MAIS l’avis du comité de rédaction est déterminant. Comment trouver des experts? L’expertise est le plus souvent anonyme et ils classent en argumentant le manuscrit dans une catégorie: 1 = rejeté; 2 = révisions majeures; 3 = révisions modérées; 4 = révisions mineures, 5 = accepté sans révision Le taux d’acceptation varie selon les revues: 5% Lancet, 15% JNS, 50% Rev Neurol…

14 Le fonctionnement d’une revue scientifique (3)
Cheminement du manuscrit

15 Les différents types d’expressions écrites (1)
L’article original: c’est un compte-rendu d’un travail de recherche. Les auteurs rapportent leur méthode de travail, donne les résultats de leurs recherches, et discutent ces résultats. La structure résulte de la logique scientifique: IMRAD (Introduction, Matériel et méthodes, Résultats, and/et Discussion). Il ne doit pas contenir de digression sur ce qui n’est pas en rapport avec le travail. L’article original diffère de l’article didactique dont le but est d’enseigner les lecteurs = tout message ou pulsion pédagogique doit être banni. La thèse de doctorat et le mémoire: Ils ont les mêmes objectifs et la même structure que l’article original.

16 Les différents types d’expressions écrites (2)
L’éditorial: est une forme d’article très prisée et le plus lu dans les grandes revues médicales. Il est écrit à la demande du comité de rédaction d’une revue par UN auteur qui fait autorité sur le sujet. Il y donne une libre opinion, analyses des travaux publiés, formule des hypothèses ou propose des thèmes de recherche. Le cas clinique ou le fait clinique: a pour but de rapporter une observation et de la commenter brièvement. Ce qui est rare n’est pas toujours intéressant! Il doit apporter des éléments originaux concernant la physiopathologie, l’intérêt d’une démarche diagnostique ou le traitement d’une maladie. Certaines revues proposent également des discussions anatomo-cliniques ou des conférences cliniques.

17 Les différents types d’expressions écrites (3)
La lettre à la rédaction: est adressée à l’éditeur d’une revue dans le but d’être publiée. Elle doit être brève et concerne soit un cas clinique court, soit un commentaire au sujet d’un article publié dans la même revue ou les résultats préliminaires d’un travail de recherche. Elle peut s’intégrer dans un forum de discussion. La revue générale: est une analyse exhaustive des connaissances sur un sujet. Le sujet doit être précis. Il faut exposer les sources et les critères qui ont fait sélectionner ces sources. Il faut analyser la méthodologie et la validité des résultats rapportés dans les sources. Il faut faire un résumé des résultats pertinents et suggérer des orientations de recherche pour des travaux futurs.

18 Les différents types d’expressions écrites (4)
La mise au point: consiste à faire le point sur un sujet limité à partir de publications récentes et de l’expérience personnelle d’auteurs dont les travaux font autorité sur ce sujet. C’est une rubrique intermédiaire entre l’éditorial et la revue générale et est généralement structurée comme un éditorial. Les auteurs doivent éviter la simple juxtaposition de résultats contradictoires MAIS doivent expliquer les contradictions, donner leur opinion personnelle et des suggestions pour résoudre les points controversés. L’analyse commentée: faite par UN auteur, elle consiste à analyser puis à commenter des articles parus au cours des derniers mois dans d’autres revues. Deux parties: 1) résumé de l’article; 2) commentaire critique de l’article. Certaines revues font systématiquement apparaître l’analyse commentée des lecteurs à la fin de chaque article.

19 Les différents types d’expressions écrites (5)
Les méta-analyses: sont une forme particulière de mise au point. Elles se font à partir d’études prospectives randomisées qui ont été faits et sont surtout réalisées pour tenter de résoudre des problèmes thérapeutiques. Théoriquement, les méta-analyses donne le meilleur niveau de preuve scientifique MAIS les biais sont fréquents. L’article didactique ou pédagogique: a pour but d’enseigner les lecteurs sur un sujet. Il n’est habituellement pas soumis à la critique.

20 Niveau de preuve en médecine factuelle
Gradation des recommendations Niveau de preuve selon le type de données

21 HAS

22 Une mesure quantitative simple de la performance d’un journal est
Nombre de périodiques scientifiques « peer-reviewed » en 2005 est d’environ Environ articles/an Conséquences: vaste choix pour chercher de l’information et pour publier! Une mesure quantitative simple de la performance d’un journal est l’ « IMPACT FACTOR » : IF = nombre articles revue cités durant (Y-1) + (Y-2)/nombre articles publiés dans revue durant (Y-1) + (Y-2) IF 2004 NEJM = (2003) (2002) / 366 (2003) (2002) = 38,6 IF 2010 JNS = 450 (2009) (2008) / 162 (2009) (2008) = 3, 21

23 En 1955, Eugene Gardfield = ISI (Institute for Scientific Information) propose un système bibliographique « Citation Indexes for Science » (CIS) dont l’objectif est de créer une base de données de la littérature scientifique L’IF a été initialement conçu au début des années 80 comme un moyen d’évaluation quantitative des publications référencées dans un journal donné L’hypothèse était que plus un journal est cité, plus il influence la communauté scientifique… L’IF d’un journal est calculé par l’ISI pour l’ensemble des journaux contenus dans la base de données du SCI (Science Citation Index) et publié dans le JCR (Journal Citation Reports) En 2005, 6035 journaux scientifiques sont indexés au JCR avec un IF variant de 49, 8 à 0, 004 Une 50taines sont suivis pour une éventuelle indexation

24 Donc, plus l’IF est élevé, meilleur est le journal!??? As a result:
Les chercheurs soumettent préférentiellement si IF élevé = carrière Les éditeurs des journaux à IF élevé sont submergés Les subventions pour la recherche = IF élevé Les évaluations des équipes labellisées = IF élevé Mais cette course à l’IF est-elle sensée?? Quels sont les facteurs qui biaisent le calcul de l’IF?

25 1) Couverture médiatique et préférence linguistique de l’ISI
Le SCI couvre seulement ¼ des journaux « peer-reviewed » Préférence pour les journaux en langue anglaise Auto-citations parmi les scientifiques anglophones Un calcul IF spécifique des journaux non Anglais dans leur pays respectifs seraient utiles en complément du SCI Aujourd’hui, l’Anglais est la langue des sciences tout comme l’Allemand l’était au 19ème et début du 20ème et le Latin ou le Grec plus anciennement

26 2) Différences entre les différents domaines de recherche
Articles dans les domaines récents et/ou en pleine expansion tels la biologie ou la bioinformatique citent souvent des références plus récentes que ceux provenant de domaines plus traditionnels tels les mathématiques ou la physique Ces journaux ont souvent des intervalles de temps court entre soumission et publication et une grande partie des papiers sont cités dans les deux années suivant leur publication Mais beaucoup de journaux ont des demi-vies de citation longues (âge moyen des articles cités durant l’année pour laquelle cet index est reporté). Ainsi, les domaines ayant une littérature plus durable sont pénalisés Un domaine donné de recherche est souvent cité par des domaines reliés (ex: médecine clinique dépend énormément des sciences fondamendales = sciences fondamentales en médecine sont citées 3 à 5 fois plus que la médecine clinique)

27 3)- Algorithme utilisé pour le calcul de l’IF
La publication régulière dans un journal de papiers non-citables qui seront donc inclus dans le numérateur mais pas dans le dénominateur, peut augmenter très significativement l’IF L’algorithme ne prend pas en compte la composition du type de publication dans un journal: article original, revue, note technique, méta analyse, cas clinique (ex: une revue sera plus fréquemment citée qu’un article original) Il a été démontré que la longueur d’un papier avait une corrélation + avec le nombre de citation de ce papier Il a été démontré que les publications en ligne avait un impact + sur l’IF du journal et que la gratuité jouait un rôle majeur (ex: BMC Bioinformatics a eu comme premier IF à 5,4 en 2004 pour un journal sorti en Le journal Bioinformatics né en 1982 n’a qu’un IF a 5,7…mais il n’est pas en « open access ») Cet effet va sûrement augmenter dans les prochaines années avec le développement de nouveaux moteurs de recherche à forte pénétration comme Google Scholar

28 4)- Précision de la saisie par ISI
Les publications provenant de « consortium » ne sont référencées que depuis peu par ISI La saisie des données est faites principalement par un logiciel de reconnaissance optique des caractères Une citation incorrecte (3 à 12% des cas) n’est pas reconnue et donc pas inclus dans la base ISI = baisse de l’IF du journal mal cité!

29 5)- IF est calculé pour un journal tandis que les citations concernent des articles
Seul un petit nombre d’articles d’un journal sont régulièrement cités mais tous les autres articles de ce même journal peu ou pas cités en bénéficient…EX: NATURE 2004: 89% des citations du journal étaient générées par seulement 25% des articles! Des articles invalides ou frauduleux continuent d’être cités. EX: en 2002, Schön et al ont publiés dans Nature et Science un article sur la superconductivité des cristaux. Il a été prouvé plus tard que les auteurs avaient falsifié leurs résultats….

30 6)- Manipulation active de l’IF
Le fait que les chercheurs préfèrent publier dans des journaux à IF élevé peut tenter les éditeurs de faire monter artificiellement leur IF/ Certains éditeurs suggérant « fortement et implicitement » la citation d’articles de leur propre journal. EX: Smith et al: Journal accused of manipulating impact factor. BMJ 1997 Le journal « Leukemia » a été accusé par un journal concurrent « Leukemia Research » de demander aux auteurs de citer plus d’articles publieés dans ce journal…. Et il y a d’autres exemples!

31 Alors, quelles alternatives?
Van Leeuwen et Moed: Development and application of journal impact measures in the Dutch science system. Scientometrics 2002;53: Journal to Field Impact Score (JFIS): 1- Le JFIS prend en compte les articles originaux, les notes techniques, les lettres et les revues à la fois dans le numérateur et le dénominateur 2- Le JFIS est normalisé à un domaine en comparant l’impact du journal avec la moyenne de citation des domaines qu’il couvre 3- Le JFIS prend en compte la répartition relative entre les 4 types de papiers 4- Le JFIS est calculé sur une fenêtre de temps flexible et variable et souvent supérieure à 2 ans Mais les auteurs suggèrent que plusieurs indicateurs doivent être utilisés pour mesurer l’impact bibliométrique d’un journal…

32 Asai: Adjusted age distribution and its application to impact factor and immediacy index. J Am Soc Inf Sci 1981;32:172-4 Les statistiques seraient plus précises si la période de calcul était basée sur des mois plutôt que sur des années = « Adjusted Impact Factor » Glänzel: A bibliometric study on aging and reception processes of scientific literature. J Inf Sci 1995 Suggèrent d’étendre l’intervalle de saisie sur 3ans… Sombatsompop: A modified method for calculating the Impact Factors of journals in ISI Journal Citation Reports. Scientometrics 2004;60:217-35 Proposent le Cited Half-Life Impact Factor (CHA-IF) en remplaçant la période de citation de 2 ans par la demi-vie de citation…

33 Hirst: Discipline impact factor: a method for determining core journal lists. J Am Soc Information Sci 1978;29:171-2. Propose le Disciplinary Impact Factor (DIF) prenant en compte le nombre de citations dans le domaine considéré plutôt que dans l’ensemble de la base SCI. Hofbauer etal.:Euro-Factor – The new european scientific currency. Vienna, Vicer publishing; 2002

34 A quelle question répond l’IF?
L’IF mesure uniquement le taux de citation moyen de tous les articles citables d’un journal (article original, note technique, revue) Selon Gardfiel (BMJ 1996) « impact factor simply reflects the ability of journals and editors to attract the best papers available » A quelle question ne répond pas l’IF? L’IF ne mesure pas la qualité d’un article ou des auteurs. (H number)

35 Conclusions