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Le peignage moléculaire de l'ADN génomique Un nouveau test diagnostique de la Dystrophie Facio-Scapulo-Humérale Karine Nguyen, Pierre Walrafen, Charlène.

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1 Le peignage moléculaire de l'ADN génomique Un nouveau test diagnostique de la Dystrophie Facio-Scapulo-Humérale Karine Nguyen, Pierre Walrafen, Charlène Chaix, Catherine Vovan, Rafaelle Bernard, Shahram Attarian, Jean Pouget, Nathalie Dufrane, Anne Vannier, Aaron Bensimon, Nicolas Lévy Département de Génétique Médicale /UMR Inserm U 910 Marseille

2 FSHD : une maladie génétique complexe 3 ème dystrophie musculaire en fréquence (1/10000 à 1/20000) Autosomique dominante à pénétrance incomplète et expressivité variable ~ 1/3 de cas sporadiques: pénétrance incomplète mutations de novo mosaïques somatiques

3 FSHD répétitions (< 35 Kb) Telomere FRG2 TUB4Q FRG1 D4Z4 DUX4C Telomere Telomere 4qB 4qA normal FSHD FRG2 TUB4Q FRG1 FRG2 TUB4Q FRG1 D4Z4 D4Z4 DUX4C DUX4C normal 11 - >100 répétitions (35 - >300 Kb) Telomere FRG2 TUB4Q FRG1 Homologie 10q26 D4Z4 DUX4C FSHD : une anomalie moléculaire complexe Locus 4q35

4 FSHD : un diagnostic moléculaire complexe Chr. 4 p13E11 EcoRI BlnI Chr. 10 EE/B EE PFGE 23 Southern blot sur ADN génomique

5 L'exploration des patients est incomplète Environ 20% de diagnostic ambigu Variants génomiques mal diagnostiqués Mosaiques somatiques fréquentes Translocations entre D4Z4 du chr4 et du chr10 Délétions non canoniques (p13E11) FSHD : un diagnostic moléculaire complexe E E+B 2 UR E E+B

6 La technologie: le peignage moléculaire de l'ADN Analyse d'une molécule d'ADN génomique unique molécules d'ADN de haut poids moléculaire, individualisées, étirées, fixées, linéaires et parallèles Facteur d'étirement constant, conversion 1µm = 2 kb 100 génomes sur une lame, fibres de 100kb à 2 Mb de long Bensimon et al., Science 1994

7 10 6 Le peignage moléculaire de l'ADN couplé au Code Barre Génomique RépétitionsDistanceLongueur Couleur Cartographie physique de grandes régions génomiques à la résolution de 1 kb et à l'échelle d'une molécule d'ADN unique

8 4qB 10q(A) 4qA D4Z qA qB chr. 10 chr. 4 Cartographie physique du locus FSHD design des sondes

9 Visualisation directe des 4 allèles chez un patient FSHD : résultats 4qA (10.4 kb) 4qB (66.3 kb) 10q (99 kb) 10q (152 kb) 10 kb

10 4q 10q All 4q 10q FSHD : résultats

11 FSHD: mosaïque somatique All 4q 10q 4q 10 kb 10q Foetus Mother E E+B 2 UR

12 4q 10q All 4q 10q 4q 10 kb FSHD: mosaïque somatique

13 10q 50 kb10 kb20 kb D4Z4 Remaniements complexes… FSHD : résultats

14 Le peignage comme nouveau test diagnostique de la FSHD Visualisation directe et simultanée des 4 allèles en 1 seule manip Détection des mosaïques, des remaniements complexes Test rapide, fiable, sensible et spécifique Supprime les inconvénients liés à la technique du SB Nouvel outil de recherche pour explorer la région Le peignage moléculaire de l'ADN


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