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AIDE DU LABORATOIRE DE BACTERIOLOGIE POUR LA PRESCRIPTION DES ANTIBIOTIQUES N.Frebourg CHU de ROUEN.

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1 AIDE DU LABORATOIRE DE BACTERIOLOGIE POUR LA PRESCRIPTION DES ANTIBIOTIQUES N.Frebourg CHU de ROUEN

2 LES ENJEUX DE L’ANTIBIOTHERAPIE EMPIRIQUE Prise en charge du patient Prélèvements Résultats bactériologiques Antibiothérapie probabiliste Modification éventuelle de l’antibiothérapie 48 – 72 h

3 Notion de spectre d’un antibiotique  Habituellement Sensible Peut inclure des bactéries dont le % de résistance s ’étend de 30 à 70 % ! Infections peu sévères  ttt empirique Infections graves  Antibiogramme  Modérément Sensible Catégorie Intermédiaire Infections peu sévères  ttt empirique  Résistante Résistance naturelle Résistance acquise de prévalence très élevée

4 ESPECES SENSIBLES : - Aérobies à Gram + : Corynebacterium diphtheriae, Enterococcus faecalis, Erysipelothrix rhusiopathiae, Listeria monocytogenes, Nocardia asteroïdes, streptococcus, Streptococcus bovis, Streptococcus pneumoniae ( %). - Aérobies à Gram - : Actinobacillus actinomycetemcomitans, Bordetella pertussis, capnocytophaga, eikenella, Escherichia coli ( %), …………………… Exemple de l’amoxicilline Avant l’harmonisation européenne : catégorie INCONSTAMMENT SENSIBLE

5 LES RAISONS DE L’ECHEC - AB inefficace sur les bactéries en cause - Emergence d’une bactérie résistante - Concentration insuffisante dans le foyer - Temps de contact insuffisant - Pic trop faible Adaptation aux germes Adaptation à l’ATB Augmentation de la dose Changement de molécule Association Reprise chirurgicale Dosage AB Changement de mode d’administration Solutions

6 ROLE DU BACTERIOLOGISTE  Optimisation du prélèvement  Antibiothérapie empirique Ecologie bactérienne, fréquence des résistances acquises  Adaptation de l’antibiothérapie Diagnostic bactériologique Antibiogramme et son interprétation CMI, associations, dosages…  Maîtrise des épidémies Dépistage des bactéries multirésistantes Mise en évidence des phénomènes épidémiques

7 - Avant toute antibiothérapie - Site bien choisi  le moins contaminé possible - Mode de prélèvement - Milieux de transport - Prélèvements multiples - Délai d’acheminement Le prélèvement

8 Modes de prélèvement Prélèvement liquide Prélèvement solide Prélèvement très peu abondant (pour examen direct) (risque de retard diagnostique pour les prélèvements polymicrobiens)

9 Les hémocultures 1 heure

10 Les hémocultures - systèmes automatisés - détection précoce - délai habituel = 5 jours - hémocultures avec délai de positivité

11 Un laboratoire ouvert 24h/24 - LCR - Liquides péritonéaux et pleuraux - PBDP, Brosses, PTT, AET (de Réanimation) - Valves d’endocardites - Liquides articulaires - Liquides amniotiques et « périphériques » - Liquides de vitré, humeur aqueuse - Hémocultures quantitatives … et tout prélèvement demandé et justifié...

12 Délai d’acheminement des prélèvements Prélèvements sans milieu de conservation (PL ++, pvts respiratoires..) Hémocultures avec délai de positivité ECBU Hémocultures standards

13 Le travail « extemporané »  Examen direct - faisabilité - sensibilité - spécificité - valeur pronostique

14 Les pièges de l’examen direct

15  Cytologie (quantitative ou qualitative)  Antigènes solubles - sang, LCR méningites - urines légionelles, pneumocoque Le travail « extemporané »

16 Délai habituel des cultures h staph., strepto, entérob., pseudom j anaérobies 3 -6 semmycobactéries, Brucella, Bartonella  Conservation des ensemencements Suppurations  48 h (anaé : 5 jours) Urines  24 h (48h) Liqu. articulaires  7 j (Brucella : 21 j) Abcès cérébral  15 j Inf. sur prothèse  15 j Cornée, vitré  15 j

17 La recherche des anaérobies - Milieux de transport adaptés - Non systématique - Plus longue que la recherche des aérobies

18 Suivi d’une culture : la 24ème heure Ex. Liquide péritonéal - Caractère mono/polymicrob. - Orientation d’identification milieux chromogènes tests simples - Quantification éventuelle - Mise en œuvre de l’ABG Réponses partielles

19 Antibiogramme direct (liquides péritonéaux) -E.coli Pénicillinase -R AMC -S TZP -E.faecalis S AMX ATB direct

20 CTX ETPTZP CTX AMC E.coli Pse E.cloacae Cse dérépr. Entérococcus S AMX AMC ETPETP TZP CTX ETP -E.coli Pénicillinase -E.faecalis S AMX Antibiogramme direct (liquides péritonéaux)

21 OFX SXT ETP FT AMC CTX FOS Antibiogramme direct (urines)

22 L’antibiogramme : une constante ? PBDP, Brosse  10 3 LBA  10 5 AET  KT  10 3 ECBU  10 4 LA  10 4  Nature du prélèvement  Caractère mono ou polymicrobien  Pathogénicité des germes  Seuil de positivité des cultures quantitatives

23 Brosse protégée  Streptocoque 10 2  Levures  Entérobactérie < 10 2 Pas d’antibiogramme L’antibiogramme : une constante ?

24 PBDP  S.aureus 10 2 ABG à discuter Brosse protégée  Entérobactérie 10 5  Pneumocoque 10 4 ABG systématique

25 Délai de résultat de l ’antibiogramme Technique classique : h Automatisé : h

26 Allongement du délai de l’antibiogramme  Colonies non isolées (cultures polymicrobiennes)

27  Polyclonalité Allongement du délai de l’antibiogramme

28  Tests supplémentaires - Résistance à la méticilline ? antibiogramme (24h) tests rapides de confirmation Ac monoclonal (30’) PCR mecA (2h) - Sensibilités diminuées CMI

29 Diagnostic moléculaire en bactériologie  A partir de prélèvements  bactéries peu cultivables Méningites décapitées Coqueluche Tuberculose Rickettsies, bartonella autres…. PCR spécifique ou universelle  A partir de cultures  bactéries difficiles à identifier PCR « universelle »  Séquençage

30 Diagnostic moléculaire des infections bactériennes 16S BLAST PCR Identification au rang de genre ou d’espèce Chromosome bactérien

31 Diagnostic moléculaire des infections Limites - inhibiteurs de la PCR - pas d’antibiogramme La biologie moléculaire complète la bactériologie conventionnelle, elle ne la remplace pas.

32 PCR et résistance aux antibiotiques RésistanceGène StaphylocoquesméticillinemecA EntérocoquesglycopeptidesvanA, vanB.. M.tuberculosisrifampicinerpoB

33 Déroulement de l ’analyse bactériologique Produit pathologique Cyto - ED Culture Identification Antibiogramme Identification Antibiogramme Isolement 30 ’ J1 J2 J4 J3 pure polymicrobienne J5 PCR spécif PCR 16S Séquençage

34 Antibiogramme : le principe Il explore l’activité bactériostatique de l’antibiotique - paramètre le plus fiable - le plus aisément quantifiable - bonne correlation bioclinique

35 10 6 bactéries/ml 00,250,501248mg/l 10%<0,01%

36 Interprétation de l’antibiogramme cC CC CMI SensibleIntermédiaireRésistant  Concentrations critiques - étude de populations bactériennes - possibilités d’emploi thérapeutique  Adéquation CMI / réponse clinique

37 Lecture interprétative de l’antibiogramme Déduction du mécanisme de résistance Correction des résultats Limiter les échecs thérapeutiques Principe Réalisation Règles d’interprétation Lecture individuelle ou par un système expert

38 Interprétation de l’antibiogramme L’exemple des staphylocoques Le biologiste doit savoir interpréter l’ATB ! Le clinicien aussi… Staphylocoque et bétalactamines Pénicilline G R Oxacilline S Amoxicilline ? Augmentin ? Cefotaxime ? Imipénème ?…..

39 Interprétation de l’antibiogramme L’exemple des staphylocoques  Résistance à la méticilline-

40 La C.M.I. une grandeur phénoménologique, pas une constante biologique Soumise aux aléas  de l’inoculum  du temps de contact avec l’antibiotique  des conditions expérimentales

41 Effet inoculum

42 CMI : quand et comment - SystématiquePneumocoques SDBL et béta-lactamines - A demanderStaphylocoques et glycopeptides Situations difficiles (endocardites…) Echecs, multirésistance, germes rares..

43 Surveillance du traitement antibiotique Labo de bactério CMI Labo de pharmaco Dosages AB Maximiser le T > CMI AB temps dépendants Optimiser la Concentration QI (pic/CMI) > 8 AB Cc dépendants

44 Surveillance du traitement antibiotique  Associations d’antibiotiques  Intérêt des associations - élargir le spectre ++ - être synergique (1 + 1 = 3) - diminuer le risque de sélection de mutants R ?  Recherche de la synergie au laboratoire - Méthodes de référence (échiquier) - Méthodes rapides - disques d’antibiotiques - bandelettes (E-test)

45 E-test et recherche de synergie CMI cipro + ceftaz : 0.75 mg/L (Sensible) CMI cipro : > 32 mg/L (Résistant) CMI ceftaz : 64 mg/L (Résistant)

46 Surveillance du traitement antibiotique  Associations d’antibiotiques  Fractional Inhibitory Concentration (FIC) CMI de A en prés. de B + CMI de B en prés. de A CMI de ACMI de B  0,5  Synergie > 0,5 - 1  Addition > 1 < 2  Indifférence  2  Antagonisme

47 La CMB Non déterminée en pratique courante CMB /CMI 1 – 2 Antibiotique bactéricideAntibiotique bactériostatique CMB /CMI 4 – 16CMB /CMI > 32 Tolérance Béta-lactamines Aminosides Quinolones Vancomycine Fosfomycine Rifampicine Métronidazole Tétracyclines Macrolides Lincosamides Acide fucidique Furanes Phenicoles Bétalactamines Et Streptocoques Vancomycine Et Pneumocoque Paramètres non évalués par l’antibiogramme

48  Phénomène de la tolérance CMB / CMI  32  Caractère Cc-dépendant ou Tps-dépendant de l ’AB  Effet post-antibiotique

49 Bactériologiste et maîtrise des épidémies - Connaître l’écologie bactérienne d’un service - Identifier une épidémie - Détecter le portage de bactéries multirésistantes

50 Surveillance de la colonisation par les BMR Réanimation Recherche de SARM Ecouvillon nasal + axillaire Recherche de BLSE et d’acinetobacter Ecouvillon rectal À l’entrée Hebdomadaire Autres services Patients connus Détection de BMR dans site infecté Ecouvillon hebdomadaire Lever l’isolement après 2 écouvillons négatifs Maintenir l’isolement pendant tout le séjour en Réa

51 CONCLUSIONS COMMUNIQUER … pour - choisir les analyses - transmettre les résultats - optimiser le traitement - connaître l’écologie


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