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UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: ED N°3 (2014) Diagnostic bactériologique des infections ORL (les streptocoques), Endocardites.

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1 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: ED N°3 (2014) Diagnostic bactériologique des infections ORL (les streptocoques), Endocardites et hémocultures

2 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Plan et Objectifs 1 ère partie: infections Oto-rhino-laryngologiques (ORL) et streptocoques –Composition de la flore oropharyngée –Epidémiologie des infections ORL Otite moyenne aiguë Angine –Famille des Streptococacceae (Streptococcus, Enterococcus): Caractères microbiologiques Classification Pouvoir pathogène 2 ème partie: Bactériémies et endocardites –Physiopathologie –Hémocultures : réalisation et interprétation –Epidémiologie des endocardites

3 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: 1 ère Partie Flore oropharyngée, infections Oto-rhino-laryngologiques (ORL) et streptocoques

4 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Flore oro-pharyngée (et autres BG- du groupe HACCEK) Espèces pathogènes occasionnelles (pneumocoque, méningocoque, Staphylococcus aureus, streptocoques β-hémolytiques) : portage sain transitoire Actinomyces (anaérobies) Corynebacterium Staphylococcus Streptococcus Fusobacterium (anaérobies) Haemophilus Neisseria/ Moraxella Genres principaux ! (Streptococcaceae) (Micrococcaceae) (Pasteurellaceae)

5 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Les streptocoques Cocci Gram + en chainettes ou diplocoques Ne pousse bien que sur sang, Streptococcus Flores oropharyngée et digestive Hémolyse α Hémolyse β Pneumocoque (S. pneumoniae): capsule, Optochine S Pneumonie, Otite, Méningite... Streptocoques αH. commensaux Sérogroupage de Lancefield: A à V (S. mitis, S. oralis,…)

6 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Sérogroupes de Lancefield : structure des streptocoques Polyoside C : Antigènes polysaccharidiques définissant les sérogroupes de Lancefield : de A à V Streptocoque du groupe A (SGA), du groupe B (SGB) etc… Streptocoque β-hémolytique

7 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Laslo, 2 ans, amené chez le pédiatre pour fièvre et pleures inconsolables… Le pédiatre pratique un examen otoscopique Tympan droit bombé, collection purulente rétro tympanique : (OMA) Otite Moyenne Aiguë purulente

8 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Epidémiologie bactérienne des Otites Moyennes Aiguës (OMA) Haemophilus influenzae :~40% Streptococcus pneumoniae : ~ 30% = pneumocoque (pas de pénicillinase) Moraxella (Branhamella) catarrhalis : ~ 7% (90% pénicillinase +) Bacille Gram – (ou coccobacille) Cocci Gram – Cocci Gram + (diplocoque ou courtes chaînettes) Infection virale Inflammation de loreille moyenne aspiration de germes de la flore oropharyngée Surinfection avec bactéries virulentes (~2/3 cas) (10-30% pénicillinase +) Plus rarement : Streptocoque du groupe A, Staphylococcus aureus…

9 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Laslo est traité par lassociation amoxicilline + acide clavulanique Deux jours après la fin du traitement, il est toujours fébrile Laslo est envoyé chez un médecin ORL qui pratique une paracentèse (incision du tympan après nettoyage du conduit auditif et prélèvement du pus, réalisée après échec de lantibiothérapie probabiliste) Décrivez la démarche danalyse bactériologique de ce pus

10 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Analyse dun pus ORL – J1 Examen direct au microscope Anaérobiose Atmosphère enrichie à 5% CO 2 Incubation à 37°C

11 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Analyse dun pus ORL – J2 Résultat des cultures (coccobacille) Culture sur gélose chocolat uniquement Bacille Gram – (coccobacille) Exigeant en hémine (X) et NAD (V) Culture sur les 2 milieux Cocci Gram + Culture sur les 2 milieux Hémolyse α Cocci Gram + Sensible à loptochine Haemophilus influenzae Antibiogramme : recherche dune pénicillinase Streptococcus pneumoniae Antibiogramme et mesure des CMI aux β-lactamines

12 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Pneumocoque : mesure de la Concentration minimale inhibitrice (CMI) par méthode E-test CMI Pénicilline G = 0,5 mg/l Cest un pneumocoque de sensibilité diminuée aux pénicillines Mutations sur la cible : Protéine Liant la Pénicilline (PLP) (Pneumocoque sensible si CMI < 0,1 mg/l)

13 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Traitement des OMA H. influenzae, M. catarrhalis pénicillinase : associer amoxicilline et acide clavulanique ou donner une céphalosporine orale S. pneumoniae modification des PLP : augmenter les doses damoxicilline

14 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux S. pneumoniae de sensibilité diminuée à la pénicilline en France

15 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux S. pneumoniae de sensibilité diminuée à la pénicilline en Europe S. pneumoniae de sensibilité diminuée à la pénicilline isolé dOMA : 60% en France en 2000… Pourquoi ? Felmingham, JAC, 2000 Baquero, AAC, 1999

16 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Consommation des ATB en Europe en doses quotidiennes / 1000 hab. ~ 50% pour des rhinopharyngites toujours virales… Goossens, Lancet, 2005

17 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Laslo, 6 ans, amené chez le généraliste pour fièvre et dysphagie. A l'examen de la gorge, il existe une angine érythémato- pultacée. Faut il donner un antibiotique ?

18 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Etiologie des angines …Que faire pour Laslo ? +++

19 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Test de diagnostic rapide (TDR) du streptocoque du groupe A (SGA) Devant une angine érythémateuse ou érythémato-pultacée, il est recommandé de pratiquer un TDR chez tous les enfants à partir de 3 ans. Les scores cliniques nont aucune valeur chez lenfant. Sensibilité >90% Spécificité >95%

20 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Le TDR est positif Le médecin veut prescrire de lamoxicilline (traitement de première intension recommandé) mais la maman signale que Laslo était devenu « tout rouge » la dernière fois quil en a reçu… –Que va faire le médecin ?

21 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Le TDR est positif On peut craindre une allergie aux β-lactamines –Le médecin propose un macrolide –Le SGA est toujours sensible aux β-lactamines ( du pneumocoque) mais il peut être résistant aux macrolides Il envoie un deuxième écouvillon au laboratoire pour culture et antibiogramme Que va faire le laboratoire sur cet écouvillon ?

22 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Examen bactériologique dun écouvillon damygdale Cocci Gram + Culture sur gélose au sang à 37°C Angine érythémateuse Angine de Vincent E.D. non contributif Colonie β-hémolytique Sérogroupage de Lancefield A C E.D. du frottis (Gram) Association fusospirillaire Pas de culture agglutinats Antibiogramme

23 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Famille des Streptococcaceae, endocardite…

24 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Laslo part jardiner avec sa cousine Rose et son grand-père Gaston… Sa grand-mère oublie le traitement. Deux jours plus tard, Rose présente une éruption cutanée généralisée et Gaston un placard inflammatoire du bras gauche, là où il sétait blessé avec un rosier. Il est emmené par le SAMU aux urgences car son état général se dégrade rapidement. Quelles pathologies présentent Rose et Gaston? Quelles en sont les causes?

25 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Facteurs de virulence du streptocoque β-hémolytique du groupe A (Streptococcus pyogenes) Invasion et nécrose des tissus mous, bactériémie Dermo-hypodermite +/-nécrose Derme Hypoderme Aponévrose Muscle Épiderme «Bactérie mangeuse de chair» scarlatine Exotoxines : provoquent parfois léruption cutanée de la scarlatine (pathologie bénigne / angine streptococcique) et/ou un choc toxinique (inf. sévère) Groupes de Lancefield Pouvoir pathogène du SGA (S. pyogenes) dû à :. Ag externes Capsule Protéine M Substances élaborées: Enzymes: Hyaluronidase (détruit le tissu conjonctif) Streptokinase (dégrade la fibrine) Streptodornase (DNase) Toxines: Streptolysine O hémolysine (ß-Hémolyse)

26 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Trois semaines plus tard, Rose consulte en néphrologie pour une hématurie et Laslo se plaint de douleurs articulaires des genoux et des coudes. Quelles pathologies présentent Rose et Laslo? Quelles en sont les causes ? Que risque Laslo ?

27 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Maladies post- streptococciques Diagnostic sérologique: ASK antistreptokinase ASD antistreptodornase ASLO antistreptolysine O Groupes de Lancefield Pouvoir pathogène du S. G. A ( S.pyogenes ) dueà:. Agexternes ProtéineM Substancesélaborèes : Enzymes : Hyaluronidase(détruit le tissu conjonctif) Streptokinase (dégrade la fibrine) Streptodornase (DNase) Toxines: StreptolysineO hémolysine (ß-H /gélose au sang). Le traitement antibiotique des angines à SGA a pour but principal la prévention du RAA. (pas de risque de RAA avec les autres streptocoques) Réactions immunologiques croisées (Ac auto-immuns) ~1-3 semaines après linfection à SGA Rhumatisme Articulaire Aiguë (RAA) Risque de lésion de lendocarde (valves cardiaques) Glomérulonéphrite Aiguë (GNA) RAA : 1 ère cause de valvulopathie cardiaque dans les pays en voie de développement, quasi disparu en France métropolitaine.

28 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: 2 ème partie Bactériémies et endocardites

29 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Bactériémie et sepsis 1.La bactériémie = passage de bactéries dans le sang Passage transitoire dans la circulation sanguine de bactéries viables. A létat normal, il ny a pas de bactéries dans le sang circulant : il est stérile Mais, on observe des bactériémies physiologiques (sans conséquences cliniques) Exemple : période post-prandiale, lors du brossage des dents. 2.Les états septiques = réaction de lorganisme à linfection Sepsis : Signes généraux inflammatoires (fièvre +/- frissons) liés à un foyer infectieux pouvant entrainer une bactériémie Risque de métastases septiques (foyers infectieux secondaires). Sepsis sévère : Sepsis + défaillance organe et/ou hypotension. Choc septique : Hypotension sévère résistante au traitement. Rôle des exotoxines et/ou de lendotoxine des bacilles Gram - (Lipide A du LPS).

30 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Origine des infections bactériémiques A partir dun foyer infectieux : Recherche de la porte dentrée (bactérie concernée) +++ : Urinaire : pyélonéphrite, prostatite à E. coli Cutanée : Staphylococcus aureus, SGA Pulmonaire : pneumocoque Digestive : entérocoques, entérobactéries Matériel infecté : Cathéter, sonde, prothèse… Origine lymphatique (translocation digestive) : Salmonella (fièvre typhoïde), Brucella (fièvre de Malte), Listeria…. Origine circulatoire : endocardite.

31 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Gaston, 70 ans, est hospitalisé en réanimation Il présente un sepsis (fièvre et frissons) avec choc (hypotension et perte de connaissance) Il existe une infection purulente et nécrosante des tissus mous au niveau de sa blessure Un prélèvement de pus est réalisé ainsi que 6 flacons dhémoculture Décrivez la réalisation des hémocultures

32 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Hémoculture - prélèvement Trois séries de 2 flacons dhémoculture (aérobie et anaérobie) remplis de bouillon de culture ensemencés directement par linfirmière avec ml de sang (enfant 2 ml ) Problème : Risque de contamination+++ lors du prélèvement par la flore cutanée : staphylocoques à coagulase négative, corynébactéries… 1 flacon avec O 2 pour les germes aérobies et 1 flacon sans O 2 pour les germes anaérobies (! flacons spéciaux pour mycobactéries) ++ Après désinfection du pli du coude et du bouchon du flacon

33 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Hémoculture - analyse Lexamen direct du sang juste après le prélèvement est inutile car la plupart des bactériémies ont < 10 bactéries/ml de sang Culture : Flacons mis en incubation à 37°C dans un automate qui détecte une multiplication bactérienne par CO 2 dans le flacon Si flacon détecté positif : Examen au GRAM du bouillon, appel téléphonique, identification et antibiogramme 1-6 jours Automate GRAM Isolement sur gélose Flacon détecté positif

34 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Le lendemain Un flacon aérobie est détecté positif, la culture révèle un streptocoque du groupe A (Streptococcus pyogenes) Un flacon anaérobie est détecté positif, la culture révèle un staphylocoque à coagulase négative (Staphylococcus epidermidis) Comment interpréter ces deux résultats?

35 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Interprétation dune hémoculture positive 1-Bactérie pathogène : contamination du flacon dhémoculture peu probable Rechercher le foyer infectieux Geste chirurgical ? ATB et/ou Posologie adaptés? Origine alimentaire infection associée possible –Brucella –Salmonella Origine oropharyngée ou cutanée –Méningocoque méningite, purpura fulminans –Pneumocoque –Haemophilus influenzae –Pasteurellaabcès cutané (morsure) –Staphylococcus aureus –SGA Origine : flore digestive –Entérobactéries –Entérocoques –Listeria monocytogenes méningite selon âge/statut immunitaire –SGBméningite néonatale, infection ostéo-articulaire atteinte ostéo-articulaire méningite, pneumonie, infection ORL infection cutanée, ostéo-articulaire, pleuropulmonaire Infection urinaire, infection des voies biliaires, péritonite

36 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Interprétation dune hémoculture positive 2-Bactérie peu pathogène : contamination possible Flore cutanée : –Staphylocoques à coagulase négative, corynébactéries, Propionibacterium Flore oro-pharyngée : –Streptocoques α-hémolytiques Environnement : –Bacillus Interpréter selon le terrain, le nombre dhémocultures positives, si doute : répéter les hémocultures ++ Patient immunocompétent, sans facteur de risque : contamination probable Grand immunodéprimé, porteur de cathéter/sonde, grand brulé… : Vigilance ! Répéter les hémocultures Prélever les foyers potentiels (sang au cathéter, urine sur sonde, flore cutanée/digestive…) Lésion pré-existante de lendocarde ( Echographie cardiaque): Possible greffe de bactéries des flores oropharyngée et cutanée endocardite Répéter les hémocultures +++

37 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Laslo, 30 ans, suivi pour une insuffisance mitrale liée à un RAA, Il est hospitalisé pour une fièvre avec majoration dun essoufflement. Léchographie cardiaque montre une végétation sur une valve mitrale Que doit-on redouter? Quels examens microbiologiques doit-on réaliser ? Que doit-on dire au laboratoire?

38 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Endocardite bactérienne Infections bactériennes de lendocarde (valves +++) Survenue : Généralement sur des lésions valvulaires préexistantes : valvulopathies du cœur gauche (RAA, athérome…) Sur prothèse valvulaire (15%) précoce (inoculation per-opératoire) ou tardive Sur cœur apparemment sain (30 à 40 % des cas) mode de révélation dune valvulopathie infra-clinique

39 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Endocardite : Physiopathologie Soins dentaires : Flore oropharyngée Blessure, piqûre : Flore cutanée Bactériémie transitoire Colonisation du dépôt fibrinoplaquettaire végétations infectées Lésion valvulaire avec dépôt fibrinoplaquettaire Tumeur, lésion entérique : Flore digestive Foyer infectieux

40 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Epidémiologie bactérienne des endocardites Staphylocoques (~50%) –Staphylococcus aureus30-40 % –Staphylocoque à coagulase nég % HACCEK 1-5 % Haemophilus, Actinobacillus, Cardiobacterium, Capnocytophaga, Eikenella, Kingella = Bacilles Gram négatif de culture lente et difficile Streptocoques (~30%) –Streptocoques α -hémolytiques15-20 % –Streptocoques β-hémolytiques 5 % –Streptococcus bovis/gallolyticus % (S.G.D) Entérocoques (~10%) Autres (entérobactéries, levures, et germes non cultivables) Flore cutanée Flore oropharyngée Flore digestive

41 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Diagnostic microbiologique dune endocardite Hémocultures +++ (à répéter si première série négative) –La bactérie doit être retrouvée dans plusieurs hémocultures pour éliminer une contamination –Il faut signaler au laboratoire la suspicion dendocardite allongement de la durée dincubation (germes à croissance lente : groupe HACCEK, Brucella, streptocoques déficients, levures) Serodiagnostic des germes non cultivables (Chlamydia, Coxiella burnetii, Bartonella, Mycoplasma) si hémocultures négatives Culture et PCR sur valve cardiaque si résection

42 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux A Retenir - Streptocoques Classification des streptocoques : –Selon lhémolyse –Sérogroupes de Lancefield (polyoside C) –Pouvoir pathogène selon le sérogroupe Pneumocoque : –Caractères (capsule, sensibilité à loptochine) –Pouvoir pathogène (ORL, pulmonaire, méningite) –Mécanisme de résistance aux β-lactamines (PLP) Entérocoques : –Flore digestive, résistance aux céphalosporines, pouvoir pathogène (urines, voies biliaires, endocardite)

43 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux A Retenir – Infections ORL Principaux composants de la flore oropharyngée –Streptocoques α-hémolytiques –Neisseria (commensales) –Autres (staphylocoques, HACCEK, anaérobies) Epidémiologie des otites moyennes aiguës (OMA) et mécanismes de résistances des principaux germes : –Pneumocoque –Haemophilus influenzae Epidémiologie des angines érythémateuses –Streptocoques β-hémolytiques (SGA++, SGC, SGG) –Virus Prise en charge dune angine érythémateuse (TDR du SGA et/ou culture)

44 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux A Retenir – Bactériémies Réalisation dune hémoculture –Prélèvement –Prise en charge au laboratoire Interprétation dune hémoculture –Selon le germe isolé –Selon le terrain –Recherche du foyer infectieux Endocardite –Diagnostic microbiologique –Epidémiologie des germes


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