Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires

Présentation au sujet: "Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires"— Transcription de la présentation:

1 Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires
Laurent Andréoletti (PU-PH) Laboratoire de Virologie Médicale et Moléculaire, EA/IFR53 CHU et Faculté de Médecine de Reims

2 Virus et Infections Respiratoires
Infections respiratoires hautes Rhinite Otite Pharyngite Laryngite Infections respiratoires basses Bronchites Bronchiolites Pneumonies Enfants <2ans/ 0-5 ans Adultes immunocompétents Adultes immunodéprimés Personnes âgées > 65ans Communautaires et /ou Nosocomiales

3 Infections Respiratoires Communautaires
Incidence annuelle de la pneumonie communautaire aiguë Enfants > adultes de moins 75 ans ++ Enfants de moins de 5ans: 34 to 40 cases per 1000 (Europe et USA) Pays en voie de développement =Europe = USA McIntosh K, NEJM, 2002 Etiologie des pneumopathies communautaires aiguës de l’enfant Virale dans 25 à 60 % des cas McIntosh K, NEJM, 2002

4 Virus et Infections Respiratoires Basses de l’Enfant
Bronchiolite cas /an (30 % de la population des moins de 2 ans) Hospitalisations: augmentation de 9 % par an Bronchiolites récidivantes= d’hyperréactivité bronchique  développement de l’asthme infantile Exacerbation de l’asthme infantile consultations /an aux urgences en France (2006)

5 Virus et Infections Respiratoires Basses
de l’Enfant En 2002 McIntosh K, NEJM, 2002

6 Anciens et Nouveaux Virus Respiratoires en 2008
BOCAVIRUS Parvoviridae ADN POLYOMAVIRUS KI & HU Polyomaviridae ADN

7 Virus et Pathologies Respiratoires
Infections respiratoires hautes RVH, Coronavirus , hMPV para influenza: Rhinite VRS, Adenovirus Otite Adenovirus Parainfluenza Pharyngite ParaInfluenza Laryngite Infections respiratoires basses VRS, Influenza ParaInfluenza Coronavirus NL63,HKU hMPV Bocavirus Polyomavirus KI, HU Bronchites Bronchiolites Pneumonies Anciens virus nouvellement identifiés

8 Physiopathologie des Infections virales Respiratoires
VRS: la réponse inflammatoire participe au pouvoir pathogène Days after infection Oppenshaw, 2007 ESCV, Lyon

9 Epidemiologie des infections respiratoires virales

10 Possibilités de co-infections respiratoires
Infections virales au cours du temps chez des enfants souffrant de Bronchiolite RSV HRVs EVs RSV HMPV HRVs EVs HMPV Possibilités de co-infections respiratoires Jacques et al. JCV Jaarti et al. EID 2004

11 Pourquoi documenter les infections virales respiratoires ??
Permet d’établir un diagnostic étiologique Prévention des infections nosocomiales Diminution de la prescription inadaptée d’Antibiotiques Utilisation rationnelle d’antiviraux Suivi épidémiologique et virologique Meilleure prise en charge des patients

12 Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasopharyngé
Prélèvement de référence en pédiatrie chez les 0 à 4 ans (CDC , WHO , 2007)

13 Infection virale respiratoire : Le prélèvement nasal
Prélèvement de référence pour les virus Influenza chez l’adulte (Invs 2008) A Virocult B Pasteur CNR grippe GROG Prélèvement nasopharyngé à stocker à 4°c

14 Diagnostic virologique
Recherche des anticorps = Sérologie = Diagnostic indirect Recherche du virus ou de ses constituants = Diagnostic direct

15 Diagnostic virologique direct
Culture cellulaire classique: MRC-5 MA-104 MDCK MA-104 MA-104 Detection des Antigènes viraux par IF ou techniques EIA Séroneutraisation sur culture par Ac Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire: PCR Temps réel, TA cloning, séquençage des gènes codant pour les protéines de surface ou de capside Standard colorations were performed to detect necroting and healing lesions and allowed to classify the different subgroups of patients and subjects Ev markers of infection were detected in four ventricular samples and in coronary thrombotic sections when it was possible VP1 allowed us to display a protein synthesis activity in cardiac tissues Molecular identification and phylogenetic comparison of EV strains was performed by PCR amplification, TA cloning and sequencing of a part of the VP1 capsid gene

16 Détection des antigènes viraux par Immunofluorescence
Cellule épithéliale respiratoire Influenza A Anticorps monoclonal Influenza B Microscope VRS uv Identification Para influenza I, II, III Adénovirus Rendu des résultats en 4 heures

17 Détection des virus respiratoires par culture cellulaire
Cellule épithéliale respiratoire infectée virus libres Anticorps monoclonaux Cellules permissives En culture Rendu des résultats en 3 à 6 jours

18 Diagnostic virologique moléculaire
Detection moléculaire et identification par séquençage moléculaire: PCR Temps réel TA cloning, séquençage Standard colorations were performed to detect necroting and healing lesions and allowed to classify the different subgroups of patients and subjects Ev markers of infection were detected in four ventricular samples and in coronary thrombotic sections when it was possible VP1 allowed us to display a protein synthesis activity in cardiac tissues Molecular identification and phylogenetic comparison of EV strains was performed by PCR amplification, TA cloning and sequencing of a part of the VP1 capsid gene Développement des test de RT-PCR Temps réel multiplex (9 à 12 virus respiratoires) Augmentation significative des taux de détection des virus respiratoires + 40 à +65 % de positivité

19

20 Barrettes de 8 puces à ADN

21 Exemple d’interprétation d’une puce à ADN Genomica
Exemple d’interprétation d’une puce à ADN Genomica. Positif RSV A et Bocavirus Carré servant à aligner la Grille de lecture RSV A RSV A Carré servant à aligner la Grille de lecture BOC 1 BOC 1 BOC 2 CI Témoin de révélation CI RSV A BOC 1 Témoin de révélation BOC 2 BOC 2 CI Carré servant à aligner la Grille de lecture

22 Diagnostic virologique classique des souches virales
< 3 jours après le début des signes cliniques Ecouvillons- Nez-pharynx-Aspiration Rhinopharyngée Examen immédiat Immunofluorescence (IF), EIA Détection des antigènes NP A&B 30Min. à 2 heures IF RT-PCR 2 jours Virus Influenza A Culture virale, Labo L2 MDCK+Trypsine 2 à 4 jours IF Virus Influenza B Test rapide EIA

23 CONCLUSIONS Virus respiratoires : Rôle dans la bronchiolite
Exacerbation de l’asthme infantile Infections graves chez les greffés de poumons Infections communautaires en réanimation Infections nosocomiales Virus nouvellement découverts: BOCAVIRUS, SAFFOLD, hMPV rôle agent étiologique ou de cofacteur à démonter !! Virus émergents : Recombinaison virus animal et humain: coronavirus, influenza Risque pandémique!! Virus respiratoires : diagnostic classique; culture cellulaire, EIA, IF Virus respiratoires : Diagnostic Moléculaire RT-PCR multiplex, Avenir puces ADN: combinaison: bactéries+virus