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Samedi 2 novembre 201311 1 Les selles. samedi 2 novembre 201322 1.Les infections intestinales.

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1 samedi 2 novembre Les selles

2 samedi 2 novembre Les infections intestinales

3 samedi 2 novembre anatomie – physiologie du TD

4 samedi 2 novembre

5 55

6 Flore normale a. Nature

7 samedi 2 novembre à à 10 5 UFC par g 10 8 UFC par g UFC par g (10 5 en culture car EOS)

8 samedi 2 novembre b. Rôles digestion de molécules comme la cellulose (très partielle chez lhomme). Les produits de fermentation (éthanoïque, éthanol…) peuvent être absorbés. réduction du volume de déchets protection contre les infections : la flore commensale « occupe le terrain » production de vitamines et des métabolites évoqués ci-dessus dégradation de molécules comme la bilirubine sécrétée par le foie stimulation du système immunitaire

9 samedi 2 novembre c. Origine de la flore Le fœtus est stérile. Il est contaminé très rapidement quil naisse par voie vaginale ou césarienne, par la flore de lenvironnement et en particulier de la mère. Les premiers biberons ou le sein de la mère apportent évidemment des microorganismes. Dès le premier jour, les E. coli sont détectés dans les selles.

10 samedi 2 novembre Mécanismes des diarrhées infectieuses généralités Diarrhées : Vomissements :

11 samedi 2 novembre Origine des flores pathologiques

12 samedi 2 novembre Différents mécanismes pathologiques A. Intoxinations Entérotoxine staphylococcique (botulisme) Toxines de microalgues Mycotoxines

13 samedi 2 novembre Différents mécanismes pathologiques B. Infections Première étape : lADHÉSION Deuxième étape : laction sur les cellules

14 samedi 2 novembre Deuxième étape : laction sur les cellules par des toxines cytotoniques (sécrétoires)

15 samedi 2 novembre par destructions cellulaires 1 Toxines en jeu : altération du métabolisme lyse des cellules enzyme perforine désorganisation du cytosquelette

16 samedi 2 novembre par destructions cellulaires 2 Réaction inflammatoire : 2 Dissémination :

17 samedi 2 novembre Modèle Shigella - Listeria Modèle Salmonella Exemples Modèle viral

18 samedi 2 novembre BILANS tableau à mettre

19 samedi 2 novembre Traitement lutte contre la déshydratation lutte contre les microorganismes utilisation dantidiarrhéiques

20 samedi 2 novembre Analyse dune selle pathologique

21 samedi 2 novembre Macroscopie Lobservation macroscopique permet de noter : la consistance de la selle (liquide, moulée, molle, pâteuse, dure … ). Une selle dure n est é videmment pas diarrh é ique. la présence de glaire et/ou de sang la couleur la présence de vers parasites (oxyures, ascaris, ténia…).

22 samedi 2 novembre Microscopie Même si l examen n est pas toujours « rentable », il est utile. État frais sans coloration : présence de pus, mucus, levures, hématies … présence de parasites comme les AMIBES et GIARDIA pour les protozoaires, ou dœufs ou larves pour les HELMINTHES. présence de bactéries à mobilité particulière (polaire comme Vibrio ou Pseudomonas, particulière comme Campylobacter…) présence de résidus digestifs Le lugol facilite la détection de lamidon… La soudan III permet de détecter des lipides anormaux avant ou après chauffage.

23 samedi 2 novembre Gram : Équilibre Gram + Gram - présence de bactéries particulières comme les Campylobacter

24 samedi 2 novembre Cultures Vu limportance de la flore commensale : on ne peut isoler et identifier toutes les microorganismes. La coproculture standard comprend, face à une diarrhée aigu ë, la recherche de : Salmonella Shigella Yersinia enterocolitica Campylobacter spp. On ajoute dans les cas suivants :

25 samedi 2 novembre Cultures On ajoute dans les cas suivants : en cas de voyage récent « en pays tropical » : si syndrome cholériforme : Vibrio cholerae, ETEC sinon dautres bactéries comme Aeromonas, EIEC… en cas de diarrhée chez des hospitalisés traités par antibiothérapie : recherche de Clostridium difficile et de ses toxines en cas de soupçon de « tiac » (intoxination) à S. aureus : recherche des toxines de S. aureus. en cas de soupçon dEHEC : recherche des gènes des shiga ou vérotoxines par PCR puis tentative disolement des bactéries intestinales. Chez le jeune bébé : recherche EPEC (discuté ). On noublie pas : les parasites (nombreux mais sur demande) les virus (Rotavirus en particulier) chez les enfants

26 samedi 2 novembre problème Depuis de nombreuses années, on recherche les EPEC dans le cas des gastroentérites de nourrissons. MAIS la dernière édition du REMIC nen parle pas…

27 samedi 2 novembre Salmonella-Shigella J1 : Isolement sur gélose Hektoen ou chromogène incubé 24 à 48 h à environ 35°C. Pour les porteurs, un mileiu denrichissement est ensemencé en parallèle. J2 : Repérage des colonies suspectes (lac, sac, sal - et H 2 S V). Tester en uréase rapide 5 colonies si possible. Réaliser, pour les colonies uréase -, une galerie miniaturisée à laide de lUrée-Tryptophane. Un antibiogramme est fait en parallèle. Si un bouillon denrichissement a été fait, isoler sur Hektoen et recommence la procédure. J3 Lectures et, si Salmonella ou Shigella identifiées, alors sérogroupage

28 samedi 2 novembre Yersinia enterocolitica Isolement sur gélose Yersinia CIN (peptone, mannitol, désoxycholate, cristal violet, CEFSULODINE, IRGASAN, NOVOBIOCINE (CIN), incubé 48 h à 35°C. Identification des colonies suspectes Antibiogramme et sérogroupage éventuel (Yersinia enterocolitica pour O3 et O9)

29 samedi 2 novembre Campylobacter lisolement sur gélose au sang de mouton additionnée dun cocktail dantibiotiques incubée à 42°C en atmosphère MICROOAÉROPHILE (SKIRROW : Vancomycine, polymyxine B, Triméthoprime ) Puis identification des colonies suspectes par une galerie biochimique et antibiogramme (Voir cours)

30 samedi 2 novembre EPEC des nourrissons Depuis de nombreuses années, on recherche les EPEC dans le cas des gastroentérites de nourrissons. MAIS la dernière édition du REMIC nen parle pas…

31 samedi 2 novembre Vibrio cholerae J1 : Isolement sur gélose TCBS incubé 24 à 37°C. Ensemencement dune eau peptonée alcaline repiquée 3 fois à 3 heures dintervalle sur TCBS (donc J1+3h, J1+6h, J1+9h) J2 : Repérage des colonies suspectes (sac +, et H 2 S -). Tester en loxydase et identifier les colonies suspectes (galerie miniaturisée. J3 : Lectures et, si Vibrio cholerae identifiée, alors sérogroupage

32 samedi 2 novembre Clostridium difficile Les recherches imposent : la recherche des toxines par immunoenzymologie lisolement sur gélose au sang de mouton additionnée dun cocktail dantibiotiques (amphotéricine B, cyclosérine, céfoxitine) en incubation anaérobie. Puis identification des colonies suspectes (odeur de crottin de cheval…) par une galerie biochimique (Voir ana é robies)

33 samedi 2 novembre Autres microorganismes Face à une diarrhée, un milieu non sélectif peut montrer de nombreuses colonies dun agent pouvant être mis en cause comme : des Staphylococcus aureus, des champignons (essentiellement Candida albicans) des Streptococcus agalactiae… ou des Listeria monocytogenes dans des contextes particuliers.

34 samedi 2 novembre Virus Seuls les rotavirus sont recherchés, pour les nourrissons ou les enfants en bas-âge par : des tests utilisant des latex des tests immunoenzymatiques au microscope électronique…

35 samedi 2 novembre Parasites Les parasites (oeufs dhelminthes et formes végétatives ou kystes de protozoaires sont normalement recherchés sur demande au laboratoire de parasitologie… Le laboratoire de « bactériologie » est évidemment capable de signaler la présence de parasites (examen macroscopique) et des formes évoquées (examen microscopique). Notons la possibilité de découverte de Trichomonas (vaginalis des IST ou intestinalis commensal).

36 samedi 2 novembre BILAN Face à une diarrhée aig ü e, après les examens macro et microscopiques, réaliser les ensemencements suivants (dans le cadre métropolitain) : une gélose Hektoen une gélose Yersinia CIN une gélose de Skirrow en microaérobiose une gélose lactosée au BCP

37 samedi 2 novembre samedi 2 novembre Merci de votre attention !!!! Réalisé par Jean-No ë l Joffin ao û t 2006 Au laboratoire de SAINT BRICE ! Critiques : Bilan … au tableau !


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