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Microbiologie Formation correspondants. Écologie.

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1 Microbiologie Formation correspondants

2 Écologie

3 Origine des microorganismes Flore endogène : flore propre à lindividu (flore cutanée, muqueuse, digestive…) Flore exogène : Autre individu : soignant, patient Environnement : eau, air, surfaces…

4 VIRUS Transmission par le sang et liq biologique : Hépatites B et C, HIV, CMV…… Transmission respiratoire : VRS, RhinoV, VZV, grippe… Transmission par contact cutanéo-muqueux Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)…. transmission par voie digestive : RotaV…. Transmission interhumaine TTT lourds, vaccins

5 Parasites et champignons Ectoparasites : poux, gale… Champignons : Levures : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus

6 Parasites - champignons Transmission interhumaine : gale, poux Environnement : Aspergillus, (poux) Flore endogène : Candida

7 BACTERIES Staph aureus : 19 % Ecoli : 25 % Pyo = P aeruginosa : 11 %

8 Classification des bactéries Forme : Cocci Bacilles Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram – Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies

9 Cocci à Gram + Staphylocoques Aureus Epidermidis Autre Staph blanc Streptocoques Strepto A Strepto B Pneumocoque Autre Strepto Enterocoque

10 Bacilles à Gram + Corynébactéries Anaérobie : Clostridium difficile

11 Bacilles gram - Enterobactéries : Ecoli Klebsiella Enterobacter Proteus Salmonelles, …. Autres BGN : P aeruginosa A baumannii Haemophilus… Legionella

12 BACTERIES CG+ BG- BG+

13 Classification « fonctionnelle » des bactéries Pathogène stricte commensalessaprophytes réservoirHomme maladeHomme sain (flore) environnement pathogénicité+++ intrinsèque - à + potentielle - à + limitée Type dinfection : Communautaire Nosocomiale Professionnelle exempleM tuberculosisE coli, SAPaeruginosa, legionelle

14 Corps humain : cellules – bactéries Peau : Staphylocoques Coryne… Flore digestive : Enterobactéries, Ana (CD) Enterocoque… VAS : Strepto, Neisseria, ana… Flore génitale : Lactob, strepto, enteroB… Flore endogène

15 Principales espèces S aureus : flore cutanée (nez) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée…. S epidermidis Flore cutanée ILK, ISO (os)…. Clostridium difficile : Flore digestive colite enterocoque Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

16 E coli : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…) Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut- muq…)

17 Pseudomonas aeruginosa Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… Acinetobacter baumannii : Environnement (peau) Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

18 Les bactéries multirésistantes (BMR)

19 définition Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.

20 Les principales BMR SA résistant à la méticilline (SARM) S aureus résistant aux glycopeptides Entérobactéries résistant aux C3G P aeruginosa résistant à la ceftazidime Entérocoque résistant à la vancomycine A baumannii résistant aux βlactamines

21 Risques liés aux BMR Virulence proche souches sauvages Mais erreur TTT +++ Impasses TTT Diffusion +++ Coût +++ Transfert de résistances

22 SARM en Europe 2002 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

23 SARM en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at:

24 P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

25 E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

26 E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

27 Maitrise des BMR Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la bonne dose, au bon moment Précautions standard +/- précautions complémentaires Utilisation de SHA +++ Signalement (dossier, chambre, brancardiers…)

28 Exemple de BMR : E coli sauvage BLSE : Diminution du Ø dinhibition « bouchon de champagne »

29 Exemple de BMR : P aeruginosa sauvage Multi R

30 Surveillance des IAS

31 Coût des IAS Coût humain : 5 à 10 % des patients hospitalisés 4000 DC par an en France Coût économique Direct : 300 à 700 M / an 75 % : hospitalisation 20 % : antibiotique 5 % : biologie Indirect ?

32 Surveillance épidémiologique Définition : Système d information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention. BUTS : Il est utilisé comme outil dévaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention

33 Programme de prévention Étape diagnostic = identification du problème (surveillance) Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations… Étape de suivi : Audit : évaluation des pratiques surveillance des IN : évaluation des résultats

34 Pourquoi surveiller détecter et quantifier un risque Détecter les événements inhabituels = outil dalerte Détecter les dérives = outil de vigilance Évaluer les mesures mises en place = outil dévaluation définir des priorités, des objectifs améliorer la qualité des soins Sensibiliser lensemble du personnel

35 Comment surveiller les IAS Indicateurs simples et pertinents Méthode rigoureuse : Définir la période : continue, discontinue Avoir un (des) référentiel(s) Définir : les IN surveillées Les actes à risque Les patients La population de létude (numérateur)…

36 Les enquêtes Prévalence : Photographie à un instant (réservoir) Enquête « un jour donné » = transversale Incidence : Film (durée) Évolution = longitudinale

37 Les enquêtes Patient 1 Patient 2 Patient 3 Patient 4 Patient 5 Patient 6 Patient 7 t0t0 t1t1 P P = 2/4 I = 3/7 Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100 Taux dincidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou nbre de patients présents X 100)

38 prévalence Enquête un jour donné, transversale Inclus tous les cas « actifs » Peu précise, estimat° des IN Ne permet pas de voir les bouffées épidémiques Facile à mettre en œuvre sensibilise

39 incidence Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus Détermination plus précise des IN Bouffées épidémiques Identification des facteurs de risque Très lourde, temps +++

40 prévalenceincidence définition Enregistrement un jour donné des IN actives chez tous les patients présents (ancien + nouveaux cas) Enregistrement continue de tous les nx cas dIN survenant dans une population donnée, pendant une période donnée Type détude Évalue un réservoir Mesure la vitesse dapparition de linfection transversaleLongitudinale et prospective Période courte (1j) Période longue (3 mois ou 100 patients) Non exhaustive (échantillon)exhaustive

41 réseaux Surveillance globale Surveillance ciblée sur une population à risque ou un facteur de risque : Ex : taux dincidence des IU rapporté à 100 jours de sondage Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… Méthodologie Comparaison Transparence

42 BMR CCSE : évolution de lincidence (JH) des infections à BMR de 2000 à 2005


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