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Microbiologie Formation correspondants 2010 Dr C. Simac.

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1 Microbiologie Formation correspondants 2010 Dr C. Simac

2 Écologie

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4 Cellule animale bactériemycesvirus noyaueucaryoteprocaryoteeucaryote Acides nucléiques ADN ARN ADN ARN ADN ARN ADN OU ARN reproducti on mitose Bourgeon nement - sexuée Cellule hôte

5

6 Origine des microorganismes Flore endogène : flore propre à lindividu (flore cutanée, muqueuse, digestive…) Flore exogène : Autre individu : soignant, patient Environnement : eau, air, surfaces…

7 Classification « fonctionnelle » des µ-org Pathogène stricte commensalessaprophytes réservoirHomme maladeHomme sain (flore) environnement pathogénicité+++ intrinsèque - à + potentielle - à + limitée Type dinfection : Communautaire Nosocomiale Professionnelle exemplesM tuberculosis virus E coli, SA Candida Paeruginosa, Legionelles Aspergillus

8 Réservoir : Patient Personnel environnement µ-org : Bactérie, virus, champignons.. Receveur : patient transmission

9 Classification des virus Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale Diagnostic : culture difficile (cellules), PCR, sérologie

10 VIRUS Transmission par le sang et liq biologique : Hépatites B et C, HIV, CMV…… Transmission respiratoire : VRS, RhinoV, VZV, grippe… Transmission par contact cutanéo-muqueux Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)…. transmission par voie digestive : RotaV…. Transmission interhumaine TTT lourds (anti-viraux), vaccins

11 Parasites et champignons Parasites : Ectoparasites : poux, gale, puces… Transmission inter-humaine (poux – gale…) Environnement : poux de poules…. Transmission – épidémie – traitement contraignant en cas dépidémie

12 Champignons : Levures : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus

13 Champignons Environnement : Aspergillus, Pneumopathies Infections systémiques graves ISO Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés

14 BACTERIES Staph aureus : 19 % Ecoli : 25 % Pyo = P aeruginosa : 11 %

15 Classification des bactéries Forme : Cocci Bacilles Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram – Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies

16 Cocci à Gram + Staphylocoques Aureus Epidermidis Autre Staph blanc Streptocoques Strepto A Strepto B Pneumocoque Autre Strepto Enterocoque

17 Bacilles à Gram + Corynébactéries Anaérobie : Clostridium difficile

18 Bacilles gram - Enterobactéries : Ecoli Klebsiella Enterobacter Proteus Salmonelles, …. Autres BGN : P aeruginosa A baumannii Haemophilus… Legionella

19 Gram +Gram - cocciStaph Strepto Neisseria bacillesListeria Clostridium Pseudomonas Entérobactéries Acinetobacter Légionelles

20 Autres bactéries : Peu concernés par les IAS Mycobactéries Chlamydiae Mycoplasmes

21 BACTERIES CG+ BG- BG+

22 Corps humain : cellules – bactéries Peau : Staphylocoques Coryne… Flore digestive : Enterobactéries, Ana (CD) Enterocoque… VAS : Strepto, Neisseria, ana… Flore génitale : Lactob, strepto, enteroB… Flore endogène

23 Principales espèces S aureus : Habitat : flore cutanée (nez) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée…. S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)…. Clostridium difficile : Habitat : Flore digestive colite enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)

24 E coli : Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…) Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut- muq…)

25 Pseudomonas aeruginosa Habitat : Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… Acinetobacter baumannii : Habitat : Environnement / peau Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…

26 Les bactéries multirésistantes (BMR)

27 définition Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.

28 Les principales BMR SA résistant à la méticilline (SARM) S aureus résistant aux glycopeptides Entérobactéries résistant aux C3G (BLSE) P aeruginosa résistant à la ceftazidime Entérocoque résistant à la vancomycine A baumannii résistant aux βlactamines

29 Risques liés aux BMR Virulence proche souches sauvages Mais erreur TTT +++ Impasses TTT Diffusion +++ Coût +++ Transfert de résistances

30 SARM en Europe 2002 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

31 Pas de données < 1 %1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: 5 à 10 %

32 P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

33 E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

34 E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS) Pas de données < 1 % 1 à 5 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % 5 à 10 % EARSS data. Available at:

35 Maitrise des BMR Limiter lapparition des BMR : Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la bonne dose, au bon moment Limiter lutilisation des ATB, à lhôpital et en ville

36 Maitrise des BMR Limiter la diffusion des BMR Précautions standard +/- précautions complémentaires Dépistage Signalement Utilisation des SHA

37 Exemple de BMR : E coli sauvage BLSE : Diminution du Ø dinhibition « bouchon de champagne »

38 Exemple de BMR : P aeruginosa sauvage Multi R

39 Surveillance des IAS

40 Coût des IAS Coût humain : 5 à 10 % des patients hospitalisés 4000 DC par an en France Coût économique Direct : 300 à 700 M / an 75 % : hospitalisation 20 % : antibiotique 5 % : biologie Indirect ?

41 Surveillance épidémiologique Définition : Système d information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention. BUTS : Il est utilisé comme outil dévaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention

42 Programme de prévention Étape diagnostic = identification du problème (surveillance) Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations… Étape de suivi : Audit : évaluation des pratiques surveillance des IN : évaluation des résultats

43 Pourquoi surveiller détecter et quantifier un risque Détecter les événements inhabituels = outil dalerte Détecter les dérives = outil de vigilance Évaluer les mesures mises en place = outil dévaluation définir des priorités, des objectifs améliorer la qualité des soins Sensibiliser lensemble du personnel

44 Comment surveiller les IAS Indicateurs simples et pertinents Méthode rigoureuse : Définir la période : continue, discontinue Avoir un (des) référentiel(s) Définir : les IN surveillées Les actes à risque Les patients La population de létude (numérateur)…

45 Les enquêtes Prévalence : Photographie à un instant (réservoir) Enquête « un jour donné » = transversale Incidence : Film (durée) Évolution = longitudinale

46 Les enquêtes Patient 1 Patient 2 Patient 3 Patient 4 Patient 5 Patient 6 Patient 7 t0t0 t1t1 P P = 2/4 I = 3/7 Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100 Taux dincidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou nbre de patients présents X 100)

47 prévalence Enquête un jour donné, transversale Inclus tous les cas « actifs » Peu précise, estimat° des IN Ne permet pas de voir les bouffées épidémiques Facile à mettre en œuvre sensibilise

48 incidence Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus Détermination plus précise des IN Bouffées épidémiques Identification des facteurs de risque Très lourde, temps +++

49 prévalenceincidence définition Enregistrement un jour donné des IN actives chez tous les patients présents (ancien + nouveaux cas) Enregistrement continue de tous les nx cas dIN survenant dans une population donnée, pendant une période donnée Type détude Évalue un réservoir Mesure la vitesse dapparition de linfection transversaleLongitudinale et prospective Période courte (1j) Période longue (3 mois ou 100 patients) Non exhaustive (échantillon)exhaustive

50 réseaux Surveillance globale Surveillance ciblée sur une population à risque ou un facteur de risque : Ex : taux dincidence des IU rapporté à 100 jours de sondage Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… Méthodologie Comparaison Transparence

51 BMR CCSE : évolution de lincidence (JH) des infections à BMR de 2000 à 2005


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