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Projet de biologie moléculaire ou de physiologie But : Recherche bibliographique Organisation dun projet Rédaction dun protocole expérimental Bonnes pratiques.

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1 Projet de biologie moléculaire ou de physiologie But : Recherche bibliographique Organisation dun projet Rédaction dun protocole expérimental Bonnes pratiques de laboratoire Démarche scientifique en biologie moléculaire Durée : 20h de travail préparatoire, 20h de travail expérimental (CIME-bio) Sujets : 1. Mesure de linteraction antigène-anticorps par SPRiFB & DD 2. Mesure de la spécificité de lhybridation de lADN par la modification électrochimique du pH localVS & DD 3. Dosage de la créatinineFB 4. Invalidation de gèneMW 5. Expression de protéine fluorescenteMW Evaluation : étude bibliographique, rapport davancement du projet, cahier de laboratoire, soutenance orale Note : certains projets pourront se prolonger sur le projet dinstrumentation de 3A

2 1.Mesure de linteraction antigène-anticorps par SPRi La détermination des constantes dassociation et de dissociation vis- à -vis de lantigène est un des éléments clés pour lutilisation dun anticorps monoclonal en biotechnologie. La technique de SPRi permet de déterminer ces paramètres et de mesurer des concentrations. Notre but est dimmobiliser trois peptides sur un prisme de SPRi et de mesurer les constantes dassociation et de dissociation danticorps monoclonaux correspondants. Techniques à mettre en œuvre: Fonctionalisation de surface Résonance plasmonique de surface Au SH NH 2 COH NH 2 Peptide glutaraldehyde cystamine SAM peptide of interest Antibody

3 2.Mesure de la spécificité de lhybridation de lADN par la variation électrochimique du pH de surface Un paramètre clé pour lutilisation des biopuces ADN est la mesure de la spécificité de lhybridation sonde-cible. Lhybridation dépend de la température, du pH et de la concentration ionique Notre but est dimmobiliser deux sondes sur une surface conductrice, de réaliser lhybridation avec un ADN fluorescent et de mesurer la dissociation de lADN cible en appliquant des impulsions de courant sur la surface. On étudiera la relation Fluorescence(Courant) en fonction de la spécificité sonde-cible Techniques à mettre en œuvre: Fonctionalisation de surface Electrochimie Microscopie de fluorescence Au SH NH 2 COH NH 2 DNA glutaraldehyde cystamine SAM probe Fluorophore DNA target DNA microscope potentiostat V V ref I

4 3.Dosage de la créatinine La créatinine est un produit de dégradation de la créatine phosphate, une forme de stockage dénergie dans les muscles. Elle est entièrement éliminée par les reins, la mesure de sa concentration dans le sérum permet donc dévaluer la fonction rénale Notre but est de parvenir à doser la créatinine dans la salive et non dans le sérum dans un test portable simple. Pour cela nous évaluerons la sensibilité aux interférences dune méthode utilisée en clinique Techniques à mettre en œuvre: Spectroscopie Diagnostic in vitro Service de Néphrologie CHU Grenoble créatininepicrate Composé coloré (520 nm)

5 4. Invalidation de gène dans lamibe Dictyostelium discoideum La délétion dun gène permet dobtenir un mutant null qui nexprime plus la protéine ciblée. Lanalyse du comportement du mutant permet deattribuer un rôle fonctionnelle à la protéine. Notre protéine cible est SHK2, une kinase contenant un somaine SH2 Techniques à mettre en œuvre: PCR, clonage, culture cellulaire et transformation caractérisation du mutant Stratégie pour lobtention de mutant « null »

6 5. Expression dune protéine fluorescente Le couplage dune protéine à la GFP (green fluorescent protein) rend la protéine fluorescente et observable en temps réel dans la cellule. Sa localisation cellulaire dans différentes conditions peut être suivie. Notre protéine cible est SHK2, une kinase contenant un somaine SH2 Techniques à mettre en œuvre: PCR, clonage, culture cellulaire et transformation observation par microscopie fluorescence shkB Schéma du plasmide de surexpression de protéine recombinante-GFP


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